Ему удалось вторым изданием выпустить в свет свой трактат «О строении человеческого тела». Это было лишь короткое счастливое мгновение за все эти годы, а потом все пошло по-прежнему. Потянулись длинной чередой один за другим однообразные дни.
Но вот пришел конец пребыванию Везалия при императорском дворе. Его покровитель Карл V отрекся от престола, удалился в монастырь и вскоре умер. На престол вступил Филипп II, злобный садист, ненавидевший весь мир, желчный, злой человек. Он не любил Везалия и открыто высказал ему свою неприязнь. Этим поспешили воспользоваться многочисленные завистники и недруги придворного лекаря. А их было немало. Расположение Карла к Везалию вызывало к нему неприязнь у многих придворных. Были и лекари, которые стремились занять место Везалия. Они не остановились перед сплетнями и грязными доносами, пытаясь очернить его в глазах Филиппа II. Отношение нового императора к Везалию ухудшилось еще более. От Филиппа можно было ожидать всего, и никто не удивился бы, если бы он решил выдать своего придворного врача в руки инквизиции.
Везалий чувствовал, что ему надо как можно быстрее уехать из Брюсселя. Он сделал попытку вырваться из-под власти нового императора, обратился с просьбой отпустить его в Италию. Но своенравный Филипп категорически воспротивился этому. Лакей может покинуть своего хозяина лишь тогда, когда тот сам решит изгнать его. Что ж, и тут приходилось смириться. Ведь он был подневольным императора.
Нестерпимая тоска терзала его сердце. Теперь он не мог и думать об исследовательской работе. При Филиппе суровые запреты церкви анатомировать трупы вновь коснулись Везалия. Ему, было предписано заниматься только своими непосредственными обязанностями. Монарху нужен был лекарь, а не ученый, которого интересовало строение организма. Пусть этим занимаются в университетах. А лекарю надлежит исцелять придворных особ. За это ему платят жалованье.
Обстановка для Везалия была тяжелой. Он чувствовал, что недоброжелатели следят за ним, чтобы при первой возможности сообщить императору о нарушении его запретов. Везалий с горечью писал об этом времени: «Я не мог прикоснуться рукой даже к сухому черепу, и тем менее я имел возможности производить вскрытия».
Однако как ни старался Везалий не давать повода церковникам для каких бы то ни было обвинений, это оказалось не в его силах. Церковь давно искала предлог для того, чтобы свести с ним счеты. У инквизиторов была хорошая память, они не забыли прошлого. Но если при Карле V церковники не решались начать преследование Везалия, то при Филиппе почувствовали, что долгожданный момент наступил.
На Везалия вновь полились потоки клеветы. В довершение всего ему было предъявлено ложное обвинение в том, что он анатомировал живого человека.
Везалий пытался доказать свою невиновность, но все было тщетно. Он должен был повиноваться. Приговор церкви был категоричен: придворный медик Андрей Везалий должен был во искупление грехов отправиться на поклонение в «святые места» ко гробу господню…
В конце концов, все могло кончиться хуже, успокаивали его друзья. Для инквизиции этот приговор был достаточно мягким. Другим естествоиспытателям пришлось расплачиваться куда более дорогой ценой. Что поделаешь, надо смириться и совершить паломничество в Иерусалим, как предписано церковью.
Ранним утром на купеческом корабле, отплывавшем из Венеции, Андрей Везалий отправился в путь…
В один из октябрьских дней 1564 года на острове Занте, омываемом водами Ионического моря, в маленьком домике, окруженном зарослями маквиса, умирал великий человек. Современники именовали его «несравненным», «гением природы», «славой врачебного искусства». Поэты посвящали ему свои стихи. Его имя называли в ряду величайших ученых мира. А он умирал вдалеке от родной земли, от семьи, одинокий и затравленный, словно преследуемый по пятам зверь. Так трагически закончил жизнь замечательный ученый Андрей Везалий.
О последнем периоде его жизни имеются слишком скудные сведения. По одним из них, которые представляются наиболее достоверными, он, возвращаясь из Иерусалима, тяжело заболел, высадился на острове Занте, где и умер в одиночестве. По другим — корабль, на котором он плыл, потерпел кораблекрушение и был выброшен на остров Занте, где и скончался «великий паломник».
Везалий разделил участь многих передовых ученых, которым церковь не простила выступлений против ее канонов.