Поводом для возобновления внутричеченского конфликта уже в конце 1996 года стал вопрос о модели государства и взаимоотношений. Но Аслану Масхадову удалось оперативно провести выборы и стать в феврале 1997 президентом Чеченской Республики. Признание Кремлем законности проведенных выборов фактически означало, что Чечне предоставлена реальная независимость. Надежды на демонстрацию преимуществ статуса субъекта Российской Федерации не оправдались, поскольку авторитет закрепившихся у власти группировок был основан только на конфронтации с Россией и безусловном обеспечении государственной независимости Чечни. Отложенный вопрос о статусе Чечни в ней самой считался решенным.
В течение 1997 года Чечня была исключена из сферы внимания российских политиков, стремящихся забыть провал военной операции. Именно поэтому практически полностью была проигнорирована информация о стремительной криминализации Чечни, а также об использовании этого неподконтрольного Москве анклава в качестве базы для российских преступных группировок. Чечня стала перевалочной базой для торговцев оружием и наркотиками, местом, где скрываются преступники, объявленные в розыск. Сюда переправлялись краденые автомобили, возобновлялось производство оружия, наркотиков, фальшивых денег и документов. Захват заложников превратился в выгодный промысел.
В условиях обострения противоречий между полевыми командирами, закрепившими за собой различные территории, и Грозным, Масхадов предпринимает попытки добиться компромисса путем включения в состав правительства наиболее признанных лидеров оппозиции. 1 апреля 1997 он официально объявил о назначении первыми вице-премьерами М.Удугова, М.Дошукаева и террориста Ш.Басаева. Неоднократные чистки в чеченском правительстве, завершаются к концу года его роспуском и формированием в новом составе под руководством Басаева.
Влияние Басаева в Чечне подтверждает и серия терактов — взрывы на вокзалах в Армавире-2 и Пятигорске, повлекшие за собой человеческие жертвы, а также нападение чеченских боевиков 22 декабря 1997 происходит на воинскую часть в Буйнакске, которое сопровождается человеческими жертвами и большим материальным ущербом.
Тяжелая и нестабильная политическая и социально-экономическая ситуация в Республике вынуждает ее руководство добиваться скорейшего подписания договора с федеральным центром. При этом предпринимались энергичные меры по оказанию воздействия на позицию России через зарубежные страны. 12 мая 1997 года подписан договор “О мире и принципах взаимоотношений между Российской Федерацией и Чеченской Республикой” и Соглашение об основных экономических отношений между Москвой и Грозным. К этому моменту складывается иллюзия, что Чечня может быть умиротворена фактической независимостью и экономической самостоятельностью за счет доходов от транзита каспийской нефти.
Несмотря на усилия правительства А.Масхадова, направленные на укрепление основ государственности и установление порядка в Чечне, реальной властью на местах по-прежнему обладали полевые командиры, большая часть которых не собиралась разоружаться и подчиняется правительству. Практически в каждом районе республики отряды боевиков сохранили свои структуры — штабы, военные базы, службы безопасности и даже тюрьмы. Они не считали войну законченной и в любой момент готовы были приступить к боевым действиям и совершению террористических актов.
Поскольку разрушенное войной и грабежами хозяйство Чечни практически не давало иных способов самообеспечения, кроме криминальных, официальные власти Грозного оказались бессильными перед волной преступности и не смогли разоружить боевые отряды, поделившие Чечню на зоны влияния. Безоглядная борьба за абсолютную свободу и полную независимость стала причиной абсолютного же беззакония и анархии. Масхадову приходилось лавировать между интересами различных группировок, сохраняя лишь видимость единства Чечни. При этом реального государственного строительства и восстановления экономики Республики Масхадов организовать не смог. Существование Чечни было обеспечено лишь практически открытыми границами с Россией, российской электроэнергией и энергоносителями, российским рынком.
Целенаправленные акции чеченских властей против нечеченского населения, нежелание вести серьезную борьбу с бандитизмом и терроризмом, похищениями людей и работорговлей, использование рабского труда заложников и военнопленных на тяжелых работах по строительству военных объектов в горных районах Чечни, говорило о полном циничном пренебрежении к правам человека.