Фактическая изоляция Масхадова и распространение сферы деятельности криминальных сообществ Чечни на прилежащие российские территории не могли не привести как к внутричеченскому конфликту, так и к обострению отношений Грозного с Москвой. Действительно, разногласия Масхадова с “непримиримыми” привели к уходу Шамиля Басаева с поста премьера Чечни и к методичной критике Масхадова со стороны Салмана Радуева. В Урус-Мартане и близ Гудермеса происходят атиправительственные выступления ваххабитов. Масхадову приходится концентрировать свои вооруженные силы в Грозном.
20 июня 1998 года Радуев выступил по местному телевидению с призывом чеченцев к активным действиям против руководства республики. На следующий день в центре Грозного состоялся многочисленный митинг. Радуев отдал приказ о захвате телевидения и мэрии Грозного. Но отряды Масхадова рассеяли митинг. В перестрелке были убиты несколько сторонников Радуева и Басаева. 24 июня Масхадов ввел в Чечне чрезвычайное положение.
13 июля произошло столкновение между боевиками Исламского полка спецназначения (А.Бараев) и боевиками Гудермесского батальона Национальной гвардии Чечни. В последующие два дня в перестрелках было убито около 50 человек. После этого Арби Бараев был из генералов разжалован в рядовые и обвинен в похищении людей, в том числе в похищении и убийстве трех англичан и новозеландца. Однако Бараев сохранил хорошо вооруженную группировку и свою зону влияние, неподвластную Грозному. 23 июля 1998 года произошло покушение на Масхадова.
25 июля 1998 года по инициативе муфтията Чечни в Грозном прошел съезд мусульман Кавказа. На нем присутствовали делегаты из Дагестана и Ингушетии. В резолюции съезда говорилось о необходимости запрета ваххабизма в регионе.
Вместе с тем, новая оппозиция тем временем консолидировалась. Антимасхадовскую группировку составили Шамиль Басаев, Салман Радуев, руководитель Антитеррористического центра Чечни Хункар Исрапилов, Арби Бараев, Рамзан Ахмадов и другие.
29 сентября в Грозном на съезде Движения сопротивления (съезд проходил на грозненском стадионе, в нем участвовали около пяти тысяч человек) оппозиционные полевые командиры потребовали отставки Масхадова, обвинив его в нарушении законов шариата и Конституции республики. На его место участники съезда прочили Салмана Радуева. В случае невыполнения их требования оппозиционеры пригрозили организацией акций гражданского неповиновения. Масхадов же заявил, что “таких, как Радуев, надо расстреливать” и устроил демонстрацию военной силы вблизи места проведения съезда оппозиции.
Пытаясь перехватить инициативу у радикальной оппозиции, Масхадов проводит в декабре 1998 года Верховный шариатский суд Чеченской Республики, который рассматривает обвинения со стороны “непримиримых” и не находит достаточных оснований для отстранения Масхадова от должности.
9 января 1999 года Масхадов выступил за создание в Чечне исламского государства и объявил об учреждении Исламского совета из ученых алимов и богословов, который должен был заменить так называемую «шуру», идею которой выдвинул один в декабре 1998 года из лидеров оппозиции вице-президент Ваха Арсанов. Но это не ослабило противостояния с оппозицией. Район Урус-Мартана стал базой оппозиции, живущей по своим законам. Именно здесь иорданский террорист Хаттаб открыл свою диверсионную школу.
26 января в селе Старые Атаги состоялось экстренное совещание оппозиции. В совещании участвовали экс-президент Зелимхан Яндарбиев, вице-президент Ваха Арсанов, “генералы” Шамиль Басаев, Хункарпаша Исрапилов, Руслан Гелаев, экс-министра иностранных дел Мовлади Удугова и бывшие активные сторонники президента вице-премьеры Ахмед Закаев и Казбек Махашев, а также большая группа влиятельных полевых командиров, включая руководство расположенного в городе Урус-Мартан подразделения “Джамаат” (Арби Бараев).
3 февраля 1999 года Аслан Масхадов издал указ о введении в республике шариатского правления “в полном объеме”. Он поручил парламенту и муфтияту в течение месяца разработать проект шариатской конституции.
7 февраля — Масхадов формирует “шуру” и называет ее Госсоветом. В него включены ведущие лидеры оппозиции, которые, однако, не поддержали инициативы Масхадова. Ваха Арсанов заявляет, что не намерен “быть соучастником этого фарса”, а Масхадов должен сложить свои полномочия перед “шурой”.
24 февраля оппозиция избрала амиром “шуры” Шамиля Басаева, который сразу же обвинил Масхадова в “репрессиях против участников войны и сторонников независимости Чечни”, а также в том, что “вместо объединения нации президент разделил народ по религиозному принципу”.