Сформированный таким образом альтернативный центр власти в марте 1998 предпринял усилия, чтобы блокировать возможную поддержку “умеренного” режима Масхадова со стороны России. С этой целью в аэропорту Грозного был предпринят захват представителя МВД России генерала Шпигуна, чья безопасность была гарантирована чеченской стороной. Ответом России были предельно резкие высказывания руководителя МВД С.Степашина, означавшие почти немедленное введение экономической и военной блокады Чечни. Эти высказывания были смягченны лишь через несколько дней.
16 марта на общенациональном сходе в Грозном, Масхадов объявил о начале борьбы с преступностью и о масштабных кадровых перестановках в силовых ведомствах. Он также обвинил Саудовскую Аравию в финансировании оппозиционных сил и бандитских групп, действующих в Чечне. Масхадов предложил в каждом селе создать мобильные группы для противодействия незаконной деятельности как ваххабитов, так и филиалов оппозиционной “шуры”.
Продолжение обострения ситуации на административных границах с Чечней и обстрелы российских блок-постов привели к тому, что уже 28 мая 1999 года российские боевые вертолеты нанесли ракетный удар по территории Чечни — по позициям боевиков Хаттаба на реке Терек. Акция была проведена после того, как боевики попытались захватить заставу внутренних войск на дагестано-чеченской границе.
Летом 1999 противостояние между сторонниками Масхадова и радикальной оппозицией обостряется до предела.
4 июня чеченское телевидение беспрерывно передавало на русском и чеченском языках обращение Масхадова к народу и бойцам сопротивления: “Встаньте рядом со мной. Поддержите меня, как вы это сделали во время войны и на президентских выборах. Помогите мне избавить Чечню от принявшего массовый характер позорного явления, связанного с похищением людей”. Масхадов объявил, что республика “находится на грани междоусобной и межтейповой войны”.
12 июня, на следующий день после встречи Сергея Степашина и Аслана Масхадова, посвященной борьбе с оргпреступностью в Чечне, в Грозном 200 боевиков оппозиции пытались взять штурмом здание Службы национальной безопасности Чечни с целью освобождения лиц, арестованных за бандитизм и захваты заложников. В перестрелке, длившейся почти три часа, шесть сотрудников спецслужбы получили ранения, среди нападавших — более десяти убитых.
В июле 1999 Совет Федерации РФ поручает министру внутренних дел Владимиру Рушайло принять эффективные меры по обеспечению безопасности на территориях, прилегающих к Чечне, и разоружению чеченских бандформирований, после чего по скоплению боевиков численностью 150–200 человек в районе Кизляра был нанесен предупредительный удар с помощью вертолетов, артиллерии и минометов (3–5 июля).
Жесткая позиция Москвы и резкое ослабление Масхадова привели к тому, что официальный Грозный и полевые командиры предприняли попытку консолидации. 12 июля в Грозном прошло предварительное заседание СНБ с участием Масхадова, Басаева, Удугова, Гелаева и других полевых командиров. Решено, что СНБ будет высшим органом государственной власти Чечни и будет возглавляться самим Масхадовым. Фактически с этого момента режим Грозного воссоединился с радикальной оппозицией и принял на себя ее стратегические установки.
В конце июля 1999 чеченские лидеры сделали ряд заявлений в адрес России, предполагая приговорить шариатским судом к расстрелу двести российских политиков, а также наносить превентивные удары по российской территории. В начале августа угрозы применения военной силы были реализованы вторжением в Дагестан, после чего власти России уже не считали себя обязанными добиваться мирного урегулирования и вести переговоры с лицами, причастными к вооруженной агрессии и организации террористических актов.
Таким образом, предоставленная самой себе Чечня не смогла найти внутренних ресурсов для преодоления бандитизма. Режим Масхадова, пытавшийся бороться с преступностью, в конце концов пошел на поводу у лидеров бандформирований и стал лишь игрушкой в их руках. В ответ на вылазки бандформирований, непрекращающиеся похищения людей и широкомасштабную агрессию против Дагестана Россия вынуждена была сначала ужесточить меры безопасности на границе с Чечней, а потом применить военную силу для пресечения агрессии и уничтожения преступного режима.