Кастро действовал в это время в тесном контакте с близкими ему людьми, добиваясь изгнания демократов из правительства, и опирался на поддержку своего брата Рауля (члена Народно-социалистической партии (PSP), по сути коммунистической) и яростного поклонника Советов — Гевары. С июня 1959 года складываются два противостоящих лагеря — либералы и радикалы, которых разделяет отношение к аграрной реформе, начавшейся 17 мая. В первоначальном проекте предусматривалось создание средней сельской буржуазии путем перераспределения земель. Кастро избрал политику более радикальную, опорой ему послужил ортодоксально-марксистский Народный институт аграрной реформы, INRA (Institute national de reforma agraria), где он стал первым директором. Одним росчерком пера он аннулировал план, предложенный министром сельского хозяйства Умберто Сори Марином. В июне 1959 года для ускорения реализации аграрной реформы Кастро отдал приказ армии — взять под контроль сотню хозяйств в провинции Камагуэй.
Кризис, протекавший прежде в скрытой форме, разразился в июле 1959 года: в отставку ушел президент Республики Мануэль Уррутия, в прошлом следователь, мужественно выступивший в 1956 году в защиту барбудос. Вскоре министр иностранных дел Роберто Аграмонте заменен одним из первых кастровцев — Раулем Роа. Министр социального обеспечения, неодобрительно высказавшийся по поводу приговора, вынесенного летчикам по обвинению в преступлении против гражданского населения, также отправлен в отставку. Усилившийся кризис продолжался на протяжении всего 1960 года, в результате чего в марте министр финансов с января 1959 года Рупо Лопес Фреске порывает с Кастро, уходит в оппозицию, а затем удаляется в изгнание. В том же году окончательно покидает родину и другой член правительства — Анрес Суарес. Исчезают последние независимые периодические издания, ведется методичное обуздание свободы печати. 20 января 1960 года в ссылку отправляется главный редактор антибатистовской газеты «Авансе» Хорхе Зайяс; в июле Кубу покидает главный редактор «Боэмии» Мигель Анхель Кеведо («Боэмия» в свое время печатала заявления Фиделя Кастро на судебном процессе Монкада). Остается только коммунистическая периодика — «Ой». Осенью 1960 года арестованы последние видные деятели оппозиции — политики и военные, такие как Уильям Морган и Умберто Сори Марин. Моргана, бывшего команданте в Сьерре, расстреляли в начале 1961 года.
Из правительства уходят последние демократы — министр общественных работ Маноло Рей и министр связи Энрике Олтуцкий. С этой поры начинается первая волна отъездов: в добровольное изгнание отправляются более пятидесяти тысяч представителей среднего класса, когда-то приветствовавших революцию. Недостаточное количество врачей, учителей и адвокатов еще долгие годы будет давать о себе знать ослаблением кубинского общества.
Вслед за средним классом гонениям подверглись рабочие. Как только выявились истинные черты нового режима, восстали непокорные профсоюзы. Одним из ведущих лидеров стал глава профсоюза сахарной промышленности Давид Сальвадор. Он придерживался левых взглядов, порвал с Народно-социалистической партией, когда она отказалась от борьбы с диктатурой Батисты; организовал массовые забастовки на сахарных заводах в 1955 году; был арестован и подвергнут пыткам за то, что в апреле 1958 года оказал поддержку забастовке, инициаторами которой стали кастровцы из «Движения 26 июля». Избранный в 1959 году демократическим путем генеральным секретарем Конфедерации кубинских трудящихся, он вдруг обнаружил двух навязанных ему заместителей — это были старые партийцы-коммунисты, не прошедшие испытаний демократическими выборами. Он попытался предотвратить возникновение коммунистических ячеек и установление коммунистического контроля над профсоюзом, но с весны 1960 года был все-таки оттеснен на обочину. В июне Сальвадор вынужден был уйти в подполье. Его арестовали в августе 1962 года, после чего он отбыл двенадцатилетний срок тюремного заключения. Еще один из виднейших борцов против режима Батисты оказался отстраненным от дел. В конце концов Кастро создает единый профсоюз СТС и в 1962 году добивается от него отмены права на забастовку. «Профсоюз — не забастовочный орган», — уточнил некий партаппаратчик.