После ухода с поста министра сельского хозяйства Умберто Сори Марин пытается создать на территории Кубы очаг вооруженной борьбы. Представ перед военным трибуналом, он осужден на смертную казнь. Его мать умоляет Кастро о помиловании, напоминая о его старинном знакомстве с Сори Марином еще с начала 50-х годов. Кастро обещает спасти жизнь Умберто Сори Марину, однако через несколько дней последнего расстреляли.
Периодически, вслед за партизанскими выступлениями в горах Эскам-брай, совершались попытки высадки на кубинскую землю боевых групп коммандос. Большинство коммандос принадлежало к движению Либерасьон Тони Куэста и к отрядам «Альфа 66», появившимся в начале 60-х годов. Почти все эти выступления, вдохновленные поданным некогда самим Кастро примером, окончились неудачей.
В 1960 году упраздняется несменяемость судей, после чего судьи оказываются под контролем центральной власти. Упразднение принципа разделения властей — одна из характерных черт диктатуры.
Насаждение всеобщего повиновения не миновало и университет. Молодой студент факультета гражданского строительства Педро Луис Бойтель выставил свою кандидатуру на звание председателя Федерации студентов университета (FEU). Будучи прежде в оппозиции к режиму Батисты, он являлся не менее яростным противником Фиделя Кастро. При поддержке братьев Кастро на пост председателя FEU был избран ставленник режима Роландо Кубелья. Некоторое время спустя Бойтель был арестован и приговорен к десятилетнему сроку лишения свободы с отбытием наказания в одной из наиболее жестоких тюрем — Бониато. В знак протеста против бесчеловечного обращения он не раз объявлял голодовку. Борясь за сносные условия содержания под стражей, 3 апреля 1972 года он начинает очередную голодовку. Бойтель решительно заявляет одному из представителей тюремного начальства: «Я устраиваю голодовку, добиваясь применения ко мне прав, принятых для политических заключенных. Тех самых прав, соблюдения которых вы требуете по отношению к узникам диктатур всех стран Латинской Америки и в которых вы отказываете заключенным собственной страны!» Однако поступок этот ничем не облегчил его положения. Лишенный медицинской помощи, Бойтель медленно агонизировал. На сорок пятый день состояние его стало критическим; на сорок девятый — он впал в полукоматозное состояние. Власти ни во что не вмешивались. 23 мая в 3 часа ночи, после пятидесяти трех дней голодовки Бойтель скончался. Власти отказались показать его матери тело сына.
Кастро быстро наладил эффективную работу разведывательной службы, ставшей ему опорой во всех делах. Служба безопасности была доверена Рамиро Вальдесу, министерством обороны командовал Рауль Кастро. Он восстановил деятельность военных трибуналов, и вскоре paredon — столб, к которому привязывали приговоренных к расстрелу, — стал полноправным юридическим инструментом.
Прозванный кубинцами красным гестапо, Департамент государственной безопасности (DSE), известный также под названием Генеральное управление контрразведки (Direction General de Contra-Inteligencid), впервые приступил к работе в 1959–1962 годы, выполняя поручение проникнуть в оппозиционные к Кастро организации с последующим их уничтожением. DSE руководил кровавой операцией по ликвидации партизанских отрядов в горах Эскамбрай и курировал отправку провинившихся на принудительные работы. Само собой разумеется, что именно в его ведении находилась и вся пенитенциарная система.
Созданный по советской модели, DSE с момента своего возникновения находится под управлением Рамиро Вальдеса, сподвижника Кастро еще со времен Сьерра-Мадре. С годами DSE усиливает свое влияние на общество, достигая известной независимости. Формально он зависел от Министерства внутренних дел (Minit). Департамент имел множество ответвлений, позднее о них подробно рассказал генерал авиации дель Пино, нашедший в 1987 году убежище в Майами. Существовали подразделения, уполномоченные следить за всеми государственными служащими. 3-е отделение контролировало работников культуры, спорта и людей творческих профессий (писателей, деятелей кино и т. д.). 4-е отделение занималось организациями, связанными с экономикой, министерствами транспорта и связи. 6-е отделение оплачивало более тысячи сотрудников, осуществлявших прослушивание телефонных разговоров. 8-е отделение наблюдало за почтой, то есть фактически нарушало тайну переписки. Другие подразделения осуществляли надзор за дипломатическим корпусом и иностранными гостями. DSE способствовал сохранению кастровской правящей системы — использование на принудительных работах тысяч заключенных было весьма выгодно с экономической точки зрения. Он представлял собой привилегированный мир, наделенный неограниченной властью.