Другой маневр сандинистской политики состоял в перемещении населения под предлогом «защиты от вооруженных нападений бывших сомосовских гвардейцев, обосновавшихся в Гондурасе». В ходе этой операции армия совершила множество преступлений. Тысячи индейцев (по примерным расчетам тех лет, от 7000 до 15 000) укрылись в Гондурасе, 14 000 индейцев были заключены под стражу в Никарагуа. Сандинисты стреляли в беглецов, переправлявшихся через реку Рио-Коко. Сложившаяся тяжелейшая ситуация — массовое истребление, перемещение населения и вынужденное изгнание за пределы страны — позволила этнологу Жилю Батайону говорить о «политике этноцида».
Авторитарные методы администрации Манагуа вызвали протест со стороны индейских племен, выступивших единым фронтом в двух партизанских движениях — Мисура и Мисурата. Партизанские отряды состояли вперемешку из индейцев сумо, рама и мискито, чей общинный образ жизни был несовместим с политикой интеграции, проводимой командантес из Манагуа.
На заседании Совета министров Эден Пастора в негодовании воскликнул: «Лаже тиран Сомоса оставил их в покое. Если он их только эксплуатировал, то вы хотите их насильно пролетаризировать!» Крайне маоистски настроенный министр внутренних дел Томас Борхе возразил ему, что «Революция ни для кого не допустит исключения».
Правительство приняло решение, и сандинисты начали осуществлять принудительную ассимиляцию. Военное положение, объявленное в марте 1982 года, длилось до 1987 года. Начиная с 1982 года сандинистская Народная армия «переселила» в глубь страны около десяти тысяч индейцев. Грозным оружием в руках режима становится голод. Правительственные чиновники выдали сгруппированным в центре страны индейцам строго ограниченное количество продуктов. Первые же годы сандинистского правления на побережье Атлантики характеризуются многочисленными злоупотреблениями, очевидными нарушениями прав человека и систематическим уничтожением индейских деревень.
Вся страна, от севера до юга, взбунтовалась против явно тяготеющего к тоталитаризму диктаторского режима Манагуа. Началась новая гражданская война, затронувшая многие регионы, такие как Хинотега, Эстели, Нуэва-Сеговия на севере, Матагальпа и Боако в центре, Зелая и Рио-Сан-Хуан на юге. 9 июля 1981 года почитаемый всеми команданте Зеро, он же заместитель министра обороны Эден Пастора, порывает с СФНО и покидает Никарагуа. Организованные отряды, оказавшие сопротивление сандинистам, обозначаются словом «контрас», то есть контрреволюционеры. На севере под эгидой Никарагуанского демократического движения (FON) бок о бок сражаются бывшие сомосовцы и подлинные либералы. На юге, в Коста-Рике, бывшие сандинисты при поддержке крестьян, отказывающихся от коллективизации, и индейцев, перебежавших в Гондурас и Коста-Рику, учреждают Демократический революционный союз (ARDE), политическим главой которого становится Адольфо Робело, а военачальником — Эден Пастора.
В апреле 1983 года для борьбы против оппозиционных формирований государство основывает Антисомосовские народные суды (ТРА), предназначенные для тех, кто находится под следствием по обвинению в связях с контрас, и участников военных операций. Такие преступления, как неповиновение властям и саботаж, также рассматривались ТРА. Члены ТРА назначались правительством из числа лиц, состоявших в одной из ассоциаций СФНО. Адвокаты, набранные чаще всего из простых судейских служащих, довольствовались соблюдением обычных формальностей. Как правило, ТРА признавали в качестве доказательств внесудебные свидетельства, собранные не следствием, а другими инстанциями. АНС были распущены в 1988 году.
Новая гражданская война набирает силу. Самые жестокие бои ведутся с 1982 по 1987 год на севере и юге страны, бесчинствуют обе стороны. Никарагуанский конфликт протекает в контексте противостояния Востока и Запада. командным составом Сандинистскую народную армию обеспечивает Куба, ее представители есть в каждой армейской части. Присутствуют кубинцы даже на заседаниях Совета министров в Манагуа, а Фидель Кастро не отказывается от роли наставника никарагуанских команданте. Эден Пастора, еще до своего ухода в оппозицию, был ошеломлен, наблюдая за весьма необычной сценой в Гаване: сандинистское правительство в полном составе собрано в кабинете Кастро, который каждому дает советы по управлению сельским хозяйством, обороной и внутренними делами. Манагуа целиком зависел от Кубы. Главным военным советником одно время был кубинский генерал Арнольдо Очоа. В такой обстановке, при поддержке болгар, восточных немцев и палестинцев, сандинисты осуществляют перемещение населения на большие расстояния.