Сходное массовое убийство было совершено в селении Хашамкала, расположенном в провинции Логар. Сто мирных жителей, не имевших отношения к движению повстанцев, были умерщвлены тем же самым способом. Всякий раз, когда советские войска входили в какое-нибудь селение, немедленно начиналась резня: «Завидев селение, вооруженный отряд делал остановку. После предварительного артиллерийского обстрела блокировались все дороги, затем солдаты выходили из бронемашин и принимались обшаривать деревню в поисках врагов. Очень часто — и тому есть бесчисленные свидетельства — обыски селений сопровождались акциями слепого вандализма, перепуганных женщин и стариков убивали на месте при малейшем неосторожном движении. Солдаты, как советские, так и афганские, забирали из домов радиоприемники и ковры, срывали с женщин украшения». Военные преступления и акты варварской жестокости совершались с поразительной регулярностью: «Советские солдаты облили руки мальчика керосином и подожгли на глазах у родителей за то, что те отказались сообщить им какие-то сведения. Чтобы заставить крестьян заговорить, их принуждали подолгу стоять босиком на снегу при очень низкой температуре. «Мы не берем военнопленных, — пояснил один солдат. — Ни единого. Обычно мы расстреливаем пленных на месте (…)» Во время карательных операций женщин и детей не убивали огнестрельным оружием. Их запирали в каком-нибудь помещении и забрасывали гранатами».
Основной целью Советского Союза было посеять страх, запугать население и отбить у людей охоту оказывать поддержку повстанцам. В том же духе проводились и карательные операции. Обнаженных женщин сбрасывали с вертолетов, а в отместку за смерть одного советского солдата уничтожались целые селения. Вот свидетельства очевидцев: «13 октября 1983 года, в отместку за нападение на конвой вблизи селения Мушкизе в районе Кандагара, были уничтожены жители селений Колшабад, Мушкизе и Тимур-Калача. Общее число жертв составило 126 человек, в том числе: 40 — в Тимур Калача, или поголовно все жители этого селения, 51 — в Колшабаде и 35 — в Мушкизе. В основном это были женщины и дети: 50 женщин в возрасте от двадцати до тридцати двух лет и 26 детей; все мужчины, узнав о приближении отряда, покинули селения, чтобы избежать призыва на военную службу». Кроме того, населенные пункты систематически подвергались бомбардировкам, дабы предотвратить контрудары мятежников. Так, 17 апреля 1985 года советские войска стерли с лица земли ряд селений, уничтожив около тысячи жителей, чтобы подорвать тылы сопротивления в районе Лагмана. 28 мая 1985 года советские войска оставили зону Лагман-Кунар и провели «зачистку» населенных пунктов.
При этом систематически нарушались международные конвенции. В ходе бомбардировок советской авиацией сельских районов Афганистана интенсивно применялись напалм и фосфорные зажигательные бомбы. Против гражданского населения также регулярно использовались различные типы токсичных газов. Существуют многочисленные свидетельства о распылении с воздуха в ходе бомбардировок отравляющих веществ возбуждающего и удушающего действия, а также слезоточивых газов. 1 декабря 1982 года было отмечено применение против афганских повстанцев отравляющих веществ нервно-паралитического действия, однако число жертв осталось неизвестно. В 1982 году Государственный департамент США отметил применение биологического оружия — микотоксина. Журнал «Les Nouvelles d'Afghanistan» в декабре 1986 года сообщал: «Этим летом, судя по всему, советские войска применили в Кандагаре химическое оружие, а согласно журналу «Le Point» от 6 октября 1986 года, использование смертоносных химических веществ отмечалось также в Лагмане». Одновременно советские войска отравляли токсичными веществами источники питьевой воды, что вызывало гибель людей и домашнего скота. Советское командование приказывало подвергать бомбардировкам селения, где укрывались дезертиры, дабы афганцам неповадно было предоставлять им убежище. То же самое командование направляло афганских солдат разминировать территории и на аванпосты. В конце 1988 года, чтобы «зачистить» основные направления и таким образом подготовить себе пути к отступлению, Советская армия использовала ракеты типа «Скад» и «Ураган». В 1989 году советские войска вновь ступили на путь, опробованный десятью годами раньше, взяв под контроль дороги, дабы застраховаться от атак повстанцев. Накануне окончательного свертывания военных действий советские войска прибегли к новой стратегии: уничтожению беженцев. «Международная амнистия» отмечала, что «группы мужчин, женщин и детей, бежавших из своих деревень, подвергались интенсивным бомбардировкам со стороны советских и афганских вооруженных сил — это были карательные меры за атаки партизан. Среди упомянутых случаев приводится следующий: группа из сотни семей селения Шерхудо в провинции Фарьяб на северо-западе страны дважды подвергалась атакам на протяжении пятисоткилометрового пути к границе с Пакистаном, где беженцы надеялись найти убежище. Во время первой атаки в октябре 1987 года они, судя по всему, были окружены правительственными войсками, в результате чего были убиты девятнадцать человек, в том числе семеро детей младше шести лет. Две недели спустя с вертолетов был открыт огонь по той же самой группе беженцев, жертвами атаки стали еще пятеро мужчин». Несколько раз подвергались бомбардировкам и селения беженцев на территории Пакистана, которые могли служить тыловыми базами повстанцев; 27 февраля 1987 года целью такой бомбардировки стал расположенный в Пакистане лагерь Матазангар.