Осенью 1983 года «Международная амнистия» опубликовала документ, где содержался призыв к освобождению некоторых заключенных. Профессор Хасан Каххар, декан исторического факультета, специалист по афганской истории, который преподавал в Бостонском и Гарвардском университетах, был арестован за то, что оказывал поддержку членам фракции «Парчам» (хоть и не состоял членом НДПА) и давал у себя приют многим нуждающимся в нем людям. Суд над ним шел при закрытых дверях, без адвоката. Он был осужден за контрреволюционные преступления и приговорен к восьми годам лишения свободы. Двое его коллег, тоже профессора, были осуждены на десять и восемь лет тюремного заключения. Единственный афганский физик-атомщик Мухаммед Юнис Акбари был в 1983 году отстранен от работы, арестован и лишен свободы без предъявления обвинения; до этого он уже дважды сидел за решеткой — в 1981 и в 1983 годах, после чего в 1984 году был приговорен к смертной казни. Приговор был приведен в исполнение в 1990 году. Представителей интеллигенции, которые принимали участие в деятельности групп, пытавшихся найти пути к восстановлению мира в стране, также сажали в тюрьмы. Всякого, кто мог представлять хоть малейшую угрозу режиму, методично устраняли.
Любая достоверная информация держалась под строжайшим контролем. Иностранцы, не получившие аккредитации режима, объявлялись persona поп grata; та же участь неотвратимо постигала врачей и журналистов. С момента ареста советские представители препровождали их в центральную тюрьму, где подвергали допросу. Физических пыток к ним не применяли, ведь гуманитарные общества были в курсе, что они находились на территории Афганистана, и незамедлительно требовали их освобождения. И все же, несмотря на гуманитарный характер их присутствия на территории страны, в ходе фальсифицированных, ловко инсценированных судебных процессов их все-таки вынуждали делать ложные признания в шпионской деятельности в пользу иностранных государств и участии в вооруженных выступлениях мятежников.
Поскольку иностранцы были неудобными свидетелями, их не пытали и не убивали. Любого же попавшего под подозрение афганца, напротив, методично и неотвратимо арестовывали, подвергали пыткам, а потом, как правило, убивали. Так, сторонники созданной в 1966 году пуштунской социал-демократической партии (Афган Мелат) были арестованы 18 мая 1983 года, хотя в то время ее члены не оказывали никакой поддержки афганским повстанцам. «Международная амнистия» опубликовала список (дополненный впоследствии новыми именами) из восемнадцати подвергнутых аресту сторонников партии, которые якобы выступили с «публичными признаниями». В период между 8 июня 1980 года и 22 апреля 1982 года правительство официально объявило о более чем пятидесяти смертных приговорах за контрреволюционную деятельность, в 1984 году — о семидесяти семи приговорах, в 1985 — о сорока.
19 апреля 1992 года была захвачена тюрьма Поли-Чарки и освобождены 4 тысячи заключенных. А в мае 1992 года вблизи нее обнаружили место массового захоронения, где были погребены 12 тысяч трупов. Летом 1986 года Шах Базгар провел опрос, в котором участвовали 52 тысячи узников тюрем Кабула и 13 тысяч побывавших в местах заключения Джелалабада. По подсчетам специалистов общее число узников тюрем превысило 100 тысяч человек.
В 1986 году Бабрак Кармаль был лишен всех постов и заменен президентом горбачевского толка Мухаммедом Наджибуллой, который поначалу предпочитал называться «товарищ Наджиб», чтобы избежать каких бы то ни было ассоциаций с Аллахом, и снова стал Наджибуллой, когда пришла пора призвать к общенациональному примирению. Бывший врач, посол в Иране, член «Парчама», Наджибулла был ставленником Москвы. Он возглавлял КХАД с 1980 по 1986 год, и за свою службу был удостоен похвалы Юрия Андропова, прежнего главы КГБ, ставшего впоследствии Генеральным секретарем ЦК КПСС. Его брат, Седдикулла Рахи, прозвал его Быком и сравнивал с Берией. Он утверждал, будто за шесть лет Наджибулла подписал 90 тысяч смертных приговоров. Кроме общего руководства секретными службами Наджибулла не раз лично пытал заключенных. Так, один из немногих оставшихся в живых очевидцев свидетельствовал: «После того, как я многократно отказывался признать обвинения, которые мне пытались инкриминировать, Наджибулла подошел ко мне и нанес несколько ударов в лицо и в живот. Я рухнул на пол. Уже лежа, почти в бессознательном состоянии, я чувствовал, как меня еще долго били ногами по лицу и спине. Изо рта и носа ручьем текла кровь. Я пришел в сознание лишь несколько часов спустя, уже оказавшись в своей камере».