На третий день после этой телеграммы произошло событие, которого большевистские главари опасались больше всего: мятеж моряков двух линейных кораблей, стоявших на якоре в Кронштадте, в двух десятках километров от Петрограда. 28 февраля в 23 часа Зиновьев адресует Ленину новую телеграмму: «В Кронштадте два самых больших корабля — Севастополь, Петропавловск — приняли эсеровски черносотенные резолюции, предъявив ультиматум 24 часа. Среди рабочих Питера положение по-прежнему очень неустойчивое. Крупные заводы не работают. Предполагаем со стороны эсеров решение форсировать события».
Требования, квалифицированные Зиновьевым как «эсеровски-черносотенные», были такими же, какие могло предъявить подавляющее большинство граждан страны после трех лет большевистской диктатуры: перевыборы Советов путем тайного голосования и широкого обсуждения кандидатур; свобода слова и печати, однако с уточнением — «для рабочих и крестьян, анархистов и левых социалистических партий»; уравнивание пайков для всех трудящихся, за исключением вредных цехов; освобождение всех членов социалистических партий, всех рабочих, крестьян, красноармейцев и матросов, арестованных в связи с рабочими и крестьянскими движениями; создание комиссии для пересмотра дел заключенных в тюрьмах и концлагерях; отмена реквизиций; упразднение особых частей ЧК; «дать полное право крестьянам над всею землею так, как им желательно, а также иметь скот, который содержать должен и управляться своими силами, т. е. не пользуясь наемным трудом».
Ситуация в Кронштадте развивалась стремительно. 1 марта там на Якорной площади состоялся огромный митинг, который собрал свыше 15 000 человек, четвертую часть всего гражданского и военного населения военно-морской базы. Прибывший в Кронштадт в попытке спасти положение председатель ВЦИК Михаил Калинин был изгнан с трибуны под улюлюканье и свист толпы. На следующий день мятежники, к которым присоединилась почти половина из двух тысяч большевиков Кронштадта, создали Временный Революционный комитет, который сразу же попытался установить связь с рабочими и красноармейцами Петрограда.
Ежедневные донесения ЧК о положении в Петрограде в первые дни марта 1921 года свидетельствуют о растущей народной поддержке восставших Кронштадта: «Кронштадтский Ревком со дня на день ожидает всеобщего восстания в Питере. Установлена связь между мятежниками и многими заводами (…). Сегодня, на общезаводском собрании «Арсенала», рабочие приняли резолюцию, призывающую к восстанию.
Делегация, состоящая из трех чел[овек] — анархист, меньшевик, соц[иалист]-рев[олюционер], — была избрана для поддержания связи с Кронштадтом».
7 марта Петроградская ЧК плучила приказ «предпринять решительные действия на заводах». В двадцать четыре часа было произведено более двух тысяч арестов среди рабочих, членов социалистических партий и анархистских групп, а также сочувствующих им. В отличие от восставших, у рабочих не было оружия, чтобы оказать сопротивление отрядам ЧК. Чтобы покончить с оплотом восстания, большевики тщательно готовили штурм Кронштадта. Подавление восстания было поручено красному генералу Тухачевскому. Для стрельбы по народу этот герой недавней Польской кампании (1920 г.) привлек юных рекрутов из военного училища, «красных курсантов», не имевших опыта революционной борьбы, и специальные войска ВЧК. Операции начались 8 марта, и на десятый день Кронштадт был взят ценой тысяч убитых с обеих сторон. Расправа с восставшими была безжалостной. Тысячи взятых в плен матросов были расстреляны в первые дни после разгрома восстания. Недавно опубликованные документы сообщают о 2103 приговоренных к смерти и 6459 отправленных в тюрьмы и концентрационные лагеря только за апрель — июнь 1921 года. Перед самым падением Кронштадта около восьми тысяч человек успели спастись, уйдя по замерзшему заливу в Финляндию. Они были интернированы в транзитные лагеря в Териоки, Выборге и Ино. Обманутые обещанной амнистией, многие из них возвратились в 1922 году в Россию, где тотчас же были арестованы и отправлены в лагеря на Соловецкие острова и в Холмогоры, вблизи Архангельска, один из самых страшных концентрационных лагерей. Согласно сведениям из анархистских кругов, из пяти тысяч узников Кронштадта, отправленных в этот лагерь, к весне 1922 года в живых оставалось не больше полутора тысяч.