Расположенный на берегу могучей Северной Двины, лагерь в Холмогорах приобрел мрачную славу благодаря способу избавления от заключенных. Несчастных погружали на баржу и там, связав руки, сбрасывали с камнем на шее в реку. Придумал эти массовые утопления один из видных чекистов Михаил Кедров в июне 1920 года. Согласно многим собранным свидетельствам, таким путем было покончено со многими кронштадтцами, казаками и крестьянами Тамбовской губернии, присланными в Холмогоры в 1922 году. В том же году Особая эвакуационная комиссия депортировала в Сибирь 2514 жителей Кронштадта только за то, что они оставались в крепости во время восстания!
Покончив с восстанием в Кронштадте, власть направила свои усилия на преследование активистов социалистических партий, на борьбу против забастовок, на разгром Церкви и на подавление крестьянских восстаний, которые все еще продолжались, несмотря на провозглашенную отмену реквизиций.
Еще 28 февраля 1921 года Дзержинский приказал всем губернским ЧК: 1) Немедленно арестовать всю анархиствующую, меньшевистскую и эсеровскую интеллигенцию, прежде всего тех, кто работает в комиссариатах сельского хозяйства и продовольствия; 2) После этого арестовать всех анархистов и меньшевиков, работающих на заводах и фабриках, способных призывать рабочих к стачкам или манифестациям».
Введение НЭПа вовсе не означало ослабления карательной политики, наоборот, начиная с марта 1921 года оно сопровождалось усилением репрессий в отношении умеренных социалистов. Это усиление было продиктовано не опасениями, что меньшевики и эсеры станут в оппозицию к новой экономической политике, а тем фактом, что именно они призывали именно к подобным мерам, и жизнь подтверждала правильность их анализа. Раздосадованный Ленин высказался в апреле 1921 года вполне определенно: «Единственное место для меньшевиков и эсеров, что бы они ни провозглашали и как бы ни маскировались, — это тюрьма».
Несколькими месяцами позже, сочтя, что социалисты всё еще слишком «суетятся», он писал: «Если меньшевики и эсеры еще раз высунут свой нос — расстреливать их безжалостно!» С марта по июнь 1921 года было арестовано еще две тысячи членов умеренных социалистических партий и сочувствующих им. Все члены Центрального Комитета РСДРП (партии меньшевиков) снова оказались в тюрьмах; протестуя против уготованной им ссылки в Сибирь, они объявили в январе 1922 года голодовку; двенадцать ее руководителей, в их числе Дан и Николаевский, были высланы за границу и в феврале 1922 года обосновались в Берлине.
Одним из приоритетных вопросов, вставших перед режимом весной 1921 года, был вопрос о росте промышленной продукции, объем которой упал до 10 % от уровня лета 1913 года. Далекие от мысли ослабить давление на рабочих, большевики продолжали и даже усилили милитаризацию труда, начавшуюся в предыдущий период. Политика, проводившаяся после введения НЭПа в Донбассе, крупнейшем горнодобывающем и металлургическом районе (80 % угля и стали страны), представляется, на взгляд многих исследователей, показательной для диктаторских методов, применявшихся большевиками, «чтобы заставить рабочих работать». В конце 1920 года один из соратников Троцкого Григорий Пятаков был назначен председателем Центрального правления каменноугольной промышленности Донбасса. За один год путем жесточайшей эксплуатации ста двадцати тысяч шахтеров, основанной на все той же милитаризации труда, Пятаков увеличил добычу угля в пять раз. Была установлена строжайшая дисциплина: любое отсутствие на работе приравнивалось к «акту саботажа» и наказывалось заключением в лагерь и даже смертной казнью — 18 шахтеров были расстреляны в 1921 году за «злостный паразитизм». Продолжительность рабочей недели была увеличена за счет труда по воскресеньям, широкое распространение получила практика «шантажа продовольственными карточками» в целях увеличения производительности труда. Все эти меры предпринимались в то время, когда рабочие в качестве зарплаты получали паек, составлявший от одной трети до половины необходимого для выживания рациона, когда им приходилось в конце рабочего дня отдавать свою единственную шахтерскую обувь товарищам из следующей смены. Само Правление каменноугольной промышленности среди причин многочисленных неявок на работу, помимо болезней, называло «хронический голод», а также «почти полное отсутствие рабочей одежды и обуви». Чтобы уменьшить количество едоков в условиях надвигающегося голода, Пятаков 24 июня 1921 года распорядился выселить из шахтерских городов и поселков всех лиц, не занятых работой на шахтах, избавившись таким образом от «мертвого груза». Продовольственные карточки у членов шахтерских семей были аннулированы. Было проведено строгое рационирование в зависимости от производства, на котором занят работник, вводилась примитивная форма сдельной оплаты.