Главный очаг восстания находился в долине Ферганы. После завоевания Ферганы Красной Армией в сентябре 1920 года началось большое восстание, охватившее восточные и южные регионы бывшего Бухарского эмирата и северные области туркменских степей. В начале 1921 года, по оценке штаба Красной Армии, в нем участвовало около 30 000 вооруженных басмачей. Состав руководителей басмаческого движения был неоднородным, в него входили почетные лица кишлака или клана, представители мусульманского духовенства, а также националисты и даже иностранцы, как, например, Энвер-паша, бывший военный министр Турции, убитый при столкновении с отрядом чекистов в 1922 году.
Движение басмачей было стихийным восстанием, поднявшимся против «неверных», против «русского угнетателя» — старого врага с новым лицом, стремившегося не только заполучить их земли и скот, но также лишить их мусульманской веры. Война по «усмирению» восставших была по сути «колониальной войной». Борьба против басмачей мобилизовала на десять лет значительную часть армии специальных войск ОПТУ, одним из главных отделов которой был восточный. И в настоящее время невозможно даже приблизительно оценить количество жертв этой войны.
Второй большой сектор восточного отдела ОПТУ занимался Закавказьем. В первой половине 20-х годов Дагестан, Грузия и Чечня были более всего затронуты репрессиями. Дагестан противостоял советскому проникновению вплоть до конца 1921 года. Под руководством шейха Узуна-хаджи мусульманское братство Нахбандиса возглавило большое восстание горцев, и борьба приняла характер священной войны против русских захватчиков, длившейся больше года. Некоторые регионы так и не удалось смирить даже ценой массированных бомбардировок и жертв среди гражданского населения, покорились они только в 1923–1924 годах.
В феврале 1921 года, после трех лет независимого существования под властью меньшевистского правительства, Грузия была занята Красной Армией, но осталась, по признанию секретаря компартии большевиков в Закавказье Александра Мясникова, «довольно горячим делом». Партия большевиков здесь, оказалась немногочисленной, за три года после прихода к власти она сумела принять в свои ряды только десять тысяч членов, в то время как ей приходилось противостоять мощному слою антибольшевистски настроенной интеллигенции и знати, а это были сотни тысяч человек, не говоря уже о том, что в организации меньшевиков в Грузии в 1920 году насчитывалось более шестидесяти тысяч членов. Несмотря на террор, организованный всемогущей ЧК Грузии, мало зависимой от Москвы и управляемой молодым руководителем тайной полиции Лаврентием Берия, меньшевистские руководители в изгнании к концу 1922 года сумели организовать совместно с другими антибольшевистскими партиями тайный Комитет независимости Грузии, который подготовил восстание. Начавшись 28 августа 1924 года в маленьком городе Чиатура, это восстание, основными участниками которого были крестьяне из Гурии[26], охватило за несколько дней пять из двадцати пяти районов Грузии. Но силы были неравны, в оснащение противника входили артиллерия и авиация, и восстание было подавлено за неделю. Серго Орджоникидзе, первый секретарь компартии большевиков в Закавказье, и Лаврентий Берия воспользовались этим восстанием как предлогом для того, чтобы «покончить с меньшевизмом и грузинской знатью». По недавно опубликованным данным, с 29 августа по 5 сентября 1924 года 12 578 человек были расстреляны. Размах репрессий был настолько велик, что вызвал беспокойство Политбюро. Руководители партии направили Орджоникидзе напоминание о том, что существует приказ не устраивать массовых и чересчур многочисленных казней, особенно политических, без специального разрешения Центра. Тем не менее повальные казни продолжались долго. На Пленуме Центрального комитета, собравшемся в октябре 1924 года в Москве, Серго Орджоникидзе «уступил»: «Может быть, мы немного погорячились, но мы не могли иначе!»