Методы защиты конвоев в море изменялись в зависимости от характера действий сил противника и оперативной обстановки на театре. Так как основным врагом транспортов и конвоев являлась немецкая авиация, ордера конвоев строились в основном из расчета противовоздушной обороны: корабли эскорта шли впереди транспорта, сзади него и с обоих бортов на курсовых углах 80 - 90°. Иными словами, в основу походного порядка был положен принцип кольцевой защиты. Этот принцип сохранился и после появления на наших морских сообщениях вражеских торпедных катеров, которые также могли произвести атаку с любых курсовых углов.
Нередко при эскортировании группы транспортов практиковалось усиление охранения со стороны моря, так как конвои обычно шли вблизи берега по малым глубинам под защитой береговых батарей и атаки со стороны берега были маловероятными. Время суток для перехода выбиралось с таким расчетом, чтобы наиболее опасные места проходить в темное время суток. Так, например, на участке Поти - мыс Пицунда - Туапсе транспорты ходили днем, а на участке Туапсе - Геленджик, где угроза подвергнуться атакам вражеской авиации была особенно велика, - ночью.
К началу обороны Кавказа на Черноморском флоте была отработана организация конвойной службы и безопасного плавания транспортов. В апреле 1942 года штаб флота издал новое наставление, в котором были изложены основные положения конвойной службы, определены методы уклонения транспортов от атак самолетов и подводных лодок противника и обязанности начальников конвойной службы. Это наставление сыграло большую роль в обеспечении своих морских сообщений и в деле обучения личного состава транспортов и конвойных сил. Организация, планирование и руководство воинскими перевозками на море возлагались наставлением на начальника отдела военных сообщений штаба флота, получавшего все заявки на перевозку воинских грузов от частей, а планирование движения транспортов и их обеспечения в море - на начальника конвоев штаба флота. За безопасность плавания в районе военно-морских баз отвечали их командиры, а в районах, не входивших в военно-морские базы, - начальник конвоев. Для управления конвоями на переходе в море назначался командир конвоя, обычно старший из командиров кораблей охранения. Ему подчинялись командиры всех кораблей охранения и капитаны транспортов. Все вопросы, связанные с навигационным обеспечением плавания транспортов, начальник конвоев согласовывал с начальником гидрографического отдела Черноморского флота.
Такая организация конвойной службы просуществовала почти всю войну и полностью себя оправдала.
Несмотря на сложность оперативной обстановки во второй половине 1942 года, некоторые потери в составе транспортного и боевого флота в период борьбы за Крым и износ оставшихся в строю транспортов воинские перевозки не уменьшились, а, наоборот, возросли. В этот период, а также в первой половине 1943 года пополнение, грузы и техника для частей Северо-Кавказского и Закавказского фронтов, действовавших на приморском направлении, перевозились на судах большого тоннажа из южных портов Кавказа в Туапсе. Здесь они перегружались на мелкие транспорты, корабли и катера, которые доставляли их в Джубга и Геленджик. Из Геленджика в Туапсе в таком же порядке эвакуировались раненые и гражданское население. Часть раненых и эвакуируемых граждан направлялась из Туапсе до станции Гагры по железной дороге, а оттуда уже на судах в Сухуми, где они еще раз пересаживались в железнодорожные эшелоны и следовали по назначению.
Перевозки совершались в условиях частых ударов вражеской авиации по военно-морским базам и транспортам Черноморского флота. Каждый выход транспортов и конвоев в море рождал новых героев. 14 августа в районе мыса Утриш был атакован шестью Хе-111 базовый тральщик "Взрыв", сопровождавший суда из Новороссийска в Анапу. Первые две атаки врага были отражены метким зенитным огнем, но затем тральщик получил два прямых попадания бомбами. От взрыва их корабль получил большие повреждения, возник пожар, погибла часть личного состава. Команда тральщика под руководством помощника командира корабля коммуниста старшего лейтенанта Бровенко и военкома старшего политрука Воробьева, продолжая отбивать атаки немецких самолетов, самоотверженно боролась за живучесть корабля. Когда взрывной волной снесло за борт орудийный расчет 45-мм пушки, к орудию стали командир артиллерийской боевой части комсомолец лейтенант Смоляков и боцман Умрихин, которые продолжали вести огонь по врагу.
В бою оторвало левую руку наводчику 37-мм зенитного автомата комсомольцу Кузнецову, но он оставался на боевом посту до тех пор, пока силы не оставили его.
Усилиями личного состава базового тральщика "Взрыв" все атаки самолетов противника были отбиты, пожар потушен, а корабль приведен в Новороссийск. Только в течение 1942 года этот корабль участвовал в эскортировании 47 транспортов, во время которых отразил 27 налетов вражеской авиации.
Много усилий моряки-черноморцы приложили к тому, чтобы быстро вводить в строй поврежденные транспорты и береговые объекты. Среди многочисленных примеров героизма, проявленного во время работ такого характера, особенно выделяется эпизод спасения теплохода "Львов". 27 сентября 1942 года этот транспорт, поврежденный авиацией противника, оказался вынужденным выброситься на мель в районе Хосты. Для ремонта его была послана группа моряков аварийно-спасательной службы Туапсинской военно-морской базы во главе с коммунистами мичманом Н. Д. Дубовиком, старшиной 2-й статьи А. С. Чубом и комсомольцем водолазом А. К. Беридзе. Под ударами вражеских бомбардировщиков группа в течение 28 сентября, не прерываясь ни на минуту, заделала пробоины в борту теплохода "Львов", сняла его с мели, и транспорт ушел по назначению.
В ноябре - декабре 1942 года в связи с успешными действиями наших войск под Сталинградом противодействие немецко-фашистской авиации перевозкам Черноморского флота вдоль Кавказского побережья резко упало. За весь ноябрь противник совершил только 19 самолето-вылетов на наши морские коммуникации, а в декабре - ни одного.
Всего за период обороны Кавказа по нашим морским коммуникациям у Кавказского побережья прошли сотни больших и малых судов и барж. Ими было перевезено сотни тысяч людей, сотни тысяч тонн груза, в том числе боеприпасы, нефтепродукты, продовольствие, орудия разных калибров, танки, самолеты, повозки и кухни, автомашины, тракторы, лошади. Авиация Черноморского флота сделала за этот период 2057 самолето-вылетов для прикрытия транспортов и боевых кораблей в море, сбив самостоятельно и совместно с корабельной зенитной артиллерией 10 вражеских самолетов.
Эти данные свидетельствуют о большом напряжении Черноморского флота при обеспечении морских сообщений в период обороны Кавказа. Однако напряжение это во второй половине 1942 года было неравномерным. Так, например, в июле у Кавказского побережья проходило ежедневно в среднем от 10 до 20 судов различного тоннажа, в августе - от 15 до 30, в сентябре - от 25 до 35, в октябре - от 25 до 40, в ноябре - от 11 до 35, в декабре - от 15 до 30.
Из приведенных данных видно, что наибольшая интенсивность перевозок была в сентябре - ноябре 1942 года, т. е. в период боев за Новороссийск и Туапсе. Именно в это самое тяжелое для частей Приморской группы войск и Черноморского флота время в перевозки включались боевые корабли - крейсера, эскадренные миноносцы, канонерские лодки, сторожевые корабли и базовые тральщики. В условиях ожесточенного сопротивления противника они доставляли на фронт пополнение, боевую технику и боеприпасы. Так, только 21 и 22 октября крейсера "Красный Крым", "Красный Кавказ", лидер "Харьков" и эскадренные миноносцы "Беспощадный" и "Сообразительный" перебросили из Поти в Туапсе около 10 тысяч солдат и офицеров с вооружением, обеспечив тем самым перевес под Туапсе в нашу пользу.
В январе - октябре 1943 года Черноморский флот также обеспечивал бесперебойные перевозки в интересах советских войск, наступавших на приморском направлении, а также удерживавших плацдарм Малой земли, созданный в результате высадки морского десанта в феврале 1943 года в районе Мысхако. Питание десантной группировки, находящейся на Малой земле, потребовало от флота большого напряжения сил и средств, а от личного состава катеров, шхун, мотоботов и других мелких плавсредств - мужества и отваги.