Немецкие войска вплотную подошли к Севастополю, и Саблин повел часть кораблей в Новороссийск. Среди них были линкоры-дредноуты «Воля», «Свободная Россия», эсминцы «Керчь», «Калиакрия», «Пронзительный», «Пылкий», «Громкий», «Поспешный», «Живой», «Лейтенант Шестаков», «Капитан-лейтенант Баранов», «Гаджибей», «Жаркий», «Строгий», «Сметливый» и «Стремительный», вспомогательный крейсер «Троян», 65 моторных катеров, 8 транспортов и 11 буксиров.
С высот Северной стороны германские полевые пушки открыли по ним огонь. «Воля», «Свободная Россия» и шедшие впереди эсминцы прорвались в открытое море. Эсминец «Гневный» был подбит артиллерийским огнем противника и выбросился на берег в районе Ушаковой балки, эсминец «Заветный» был затоплен своей командой в порту. Подводные лодки и малые корабли возвратились в Южную бухту. В Севастополе остались шесть броненосцев, два крейсера и ряд других кораблей, многие из которых не были укомплектованы личным составом.
Русские корабли ушли вовремя. В ночь на 1 мая перед Севастополем заняли позицию линейный крейсер «Гебен» и легкий крейсер «Гамидие». В 1916 г. оба они стали бы легкой добычей одного русского дредноута, но сейчас, когда на русской эскадре почти не осталось офицеров, а «братишки» привели суда в небоеспособное состояние, исход боя был непредсказуем. 1 мая в 15 часов германские войска церемониальным маршем вступили в Севастополь.
2 мая «Гебен» и «Гамидие» вошли в Севастополь. 3—4 мая немцы подняли германские флаги на русских кораблях, оставшихся в Севастополе. Немцы назначили капитана 1-го ранга Остроградского «морским представителем Украинской Державы». Но никакой власти ни Остроградский, ни сама «держава» в Севастополе не имели. Всем распоряжался германский адмирал Гопман. Казенное, равно как и частное имущество в Севастополе бессовестно разграблялось немцами.
13 мая на крейсере «Прут» (бывший «Меджидие») был торжественно поднят турецкий флаг. Затем крейсер «Гамидие» взял «Прут» на буксир и отвел его в Стамбул.
1 июня последний отряд кораблей прибыл в Новороссийск. Тут перед русскими моряками возник вопрос — что делать дальше?
24 мая, еще до ухода кораблей в Новороссийск, начальник Морского генерального штаба Е.А. Беренс представил Председателю Совнаркома доклад, где говорилось: «Германия желает во что бы то ни стало завладеть нашим флотом. Дальнейшие с нашей стороны попытки разрешить вопрос переговорами при вышеизложенных условиях дают только Германии возможность выиграть время и явно ни к чему не приведут. Наши суда в Новороссийске попадут в руки даже не Украине, а Германии и Турции и создадут этим в будущем господство их на Черном море… Все эти условия показывают, что уничтожение судов в Новороссийске надо произвести теперь же, иначе они несомненно и наверное полностью или в части попадут в руки Германии и Турции».
На докладе Морского генерального штаба В.И. Ленин написал: «Ввиду безвыходности положения, доказанной высшими военными авторитетами, флот уничтожить немедленно».
На имя командующего и главного комиссара Черноморского флота 28 мая была направлена секретная директива за подписью Ленина с приказанием «утопить все суда Черноморского флота и коммерческие пароходы, находящиеся в Новороссийске».
Таким образом, болтовня нынешних СМИ о том, что Ленин-де по злому умыслу решил утопить флот, не имеет никаких оснований. Ленин просто доверился специалистам, причем не большевикам, а офицерам царского флота. Между тем 3 июня перед Новороссийском заняла позицию подводная лодка «UC-23». А 52-й германский корпус начал продвижение с целью занятия Новороссийска.
Однако вопрос о судьбе флота решила не ленинская телеграмма, а матросский референдум, проведенный 16 июля в Новороссийске. Референдум дал 939 голосов за возвращение в Севастополь, 640 — за затопление флота в Новороссийске и около 1000 воздержалось от голосования. По дредноутам распределение голосов было таково: на «Воле» за возвращение — 360, за потопление — 140; на «Свободной России» за возвращение — 350, за потопление — 340. В результате 17 июля вечером линкор «Воля», эсминцы «Пылкий», «Поспешный», «Дерзкий», «Беспокойный», «Жаркий» и «Жуткий» и транспорт «Троян» ушли из Новороссийска в Севастополь. Остальные корабли 18 июня были затоплены на внешнем рейде Новороссийска.
Дредноут «Свободная Россия» был потоплен четырьмя торпедами с эсминца «Керчь». Вместе с ним у Новороссийска были затоплены эсминцы «Фидониси», «Пронзительный», «Гаджибей», «Калиакрия», «Капитан-лейтенант Баранов», «Лейтенант Шестаков», «Сметливый» и «Стремительный». Эсминец «Керчь» ушел в Туапсе, где был затоплен своей командой.