Несмотря на кадровую чехарду, программа строительства «Большого флота» продолжала выполняться, хотя в нее и вносились постоянные изменения. В феврале 1938 г. была подготовлена «Программа строительства боевых и вспомогательных кораблей на 1938–1945 гг.». Эта программа, хотя и без официального утверждения, с небольшими изменениями реализовывалась фактически до начала войны. Срок выполнения намечался на 1 января 1946 г., а общий объем строительства по кораблям основных классов составил 424 единицы суммарным стандартным водоизмещением 1918,5 тыс. т. Учитывая, что на 1 января 1938 г. ВМФ насчитывал в строю 174 корабля основных классов водоизмещением 191,2 тыс. т, новое судостроение должно было в течение восьми лет обеспечить более чем 10-кратное увеличение корабельного состава флота. План сохранял принципиальные недостатки предыдущих программ 1936–1938 гг. – почти равномерное распределение сил по четырем изолированным театрам, не обеспеченное созданием соответствующей флотской инфраструктуры, ничтожное количество планируемых к постройке авианосцев и т. п. 91,6 % водоизмещения в новом строительстве приходилось на надводные корабли и только 8,4 % – на подводные лодки.
Помимо подлодок фактически сворачивалось производство боевых катеров. Строительство торпедных катеров типа Г-5 переводилось с завода № 194 (Балтийский завод) на заводы в Херсоне и Керчи, до того к выполнению флотских заказов не привлекавшихся. Но что еще хуже, в начале 1940 г., в связи с принятием новой программы интенсивного производства боевых самолетов для ВВС РККА, было фактически свернуто производство единственного отечественного типа катерного мотора ГАМ-34. В производстве, да и то в количестве 350 штук в год, была оставлена модификация данного двигателя для речных бронекатеров, в то время как модификации с форсированным наддувом для торпедных катеров полностью снимались с производства. Задумывавшиеся как смена ГАМ-34 легкие судовые дизели М-50 прошли государственные испытания в конце 1940 г., но освоение их промышленностью затянулось (до начала войны выпущено не более 10 дизелей), и серийное производство развернулось уже после 1945 г. Кроме того, дизеля не обеспечивали высоких скоростных характеристик, что отечественные специалисты считали весьма важным, особенно для торпедных катеров. В результате выполнение программы в части, касаемой катеростроения, оказалось в кризисном положении уже к весне 1941 г., т. е. до начала войны, конверсии производства судостроительных заводов для нужд сухопутного фронта, эвакуации промышленности в тыловые районы и т. п.
Возможности промышленности в части, касающейся возможности реализации судостроительной программы, по-прежнему оценивались излишне оптимистично. Игнорировались финансовые расчеты, хотя в предвоенные годы объем финансирования ВМФ достиг своего максимума. В 1939 г. расходы на флот выразились в цифре 7,553 млрд руб., что составило 18,5 % всех расходов на оборону и 4,9 % расходной части госбюджета СССР. В 1940 г. Наркомату ВМФ, включая судостроение, было отпущено 10 млрд 359,6 млн руб. (18,2 % расходов на оборону), на 1941 г. – 12 млрд 692,7 млн руб. (15,3 %). Некоторое сокращение доли флота в общих расходах на оборону объяснялось значительным увеличением затрат на модернизацию бронетанковых войск и авиации РККА, а также на строительство оборонительных сооружений на западной и дальневосточной границах.
Всего в 1936–1941 гг. для ВМФ было заложено 4 линкора, 2 тяжелых крейсера, 11 легких крейсеров, 4 лидера эсминцев, 69 эсминцев, 15 сторожевых кораблей, 51 тральщик, 10 сетевых заградителей, 6 мониторов, 10 больших охотников за подводными лодками и 139 подводных лодок. Из 533 заложенных в годы советской власти боевых кораблей к 22 июня 1941 г. были сданы флоту 312 единиц общим водоизмещением 243,2 тыс. т, а также 477 морских и речных боевых катеров различных типов. Вступили в строй 4 легких крейсера, 7 лидеров эсминцев, 30 эскадренных миноносцев, 18 сторожевых кораблей, 38 тральщиков, 1 минзаг, 8 мониторов и 206 подводных лодок. Только в течение 1940 г. количество самолетов в авиации ВМФ выросло на 39 %, а общее число батарей береговой обороны – на 43 %.
В октябре 1940 г. по решению правительства строительство крупных надводных кораблей было прекращено, а все усилия направлены на строительство малых и средних боевых кораблей. Это позволило за первую половину 1941 г. сдать флоту легкий крейсер «Молотов», 9 эскадренных миноносцев, 6 подводных лодок, 2 тральщика, 2 сетевых заградителя и несколько десятков катеров. В постройке к началу войны оставались 3 линкора и 2 тяжелых крейсера, 10 крейсеров (включая купленный у Германии «Лютцов»), 2 лидера, 45 эскадренных миноносцев, 15 сторожевых кораблей, 95 подводных лодок и значительное количество малых боевых кораблей и катеров, вспомогательных судов и плавучих средств общим водоизмещением около полумиллиона тонн. Приведенные данные свидетельствуют о значительных успехах советского судостроения, особенно во второй половине 30-х – начале 40-х гг. Однако они же показывают, что к началу войны флот получил реальное пополнение только в части подводных лодок и легких надводных кораблей, составлявших несколько более половины от общего числа боевых единиц, предусмотренных программой 1933 г.