Развертывание столь масштабной программы требовало создания соответствующих органов управления, а также пересмотра места и роли РККФ в системе Вооруженных сил. Приказом наркома обороны от 17 января 1937 г. при начальнике Морских сил был образован Штаб Морских сил РККА. 28 марта наркомом обороны было введено в действие «Положение о начальнике Морских сил РККА», в соответствии с которым он приобретал права заместителя наркома обороны.
Идею воссоздания независимого от Наркомата обороны морского ведомства к этому времени разделял и лидер советского государства И. В. Сталин. 30 декабря 1937 г. ЦИК и СНК СССР приняли постановление об образовании Народного комиссариата Военно-морского флота. Нарком ВМФ получил право непосредственно обращаться в Политбюро ЦК ВКП (б), в Комитет обороны и СНК СССР. В январе 1938 г. на базе Штаба Морских сил РККА был создан Главный морской штаб (ГМШ).
Ретроспективно решение о создании независимого наркомата невозможно оценить однозначно. С одной стороны, в результате него несколько упростился порядок формирования и прохождения кораблестроительных программ, нарком ВМФ получил достаточный номенклатурный вес для решения вопросов с промышленностью. С другой стороны, усложнилось взаимодействие с органами военного управления РККА, что имело проявившиеся много позднее негативные моменты по организации взаимодействия армии и флота при разработке планов отражения агрессии и решении вопросов о руководстве силами флотов в условиях военных действий.
Определенные успехи в рассматриваемый период были достигнуты в ходе боевой подготовки на флотах. По мере вступления новых кораблей возобновилась практика осуществления дальних (так называемых стахановских) походов, которые совершались не только одиночными кораблями, но и целыми соединениями. Возрос масштаб общефлотских маневров, на которых практически отрабатывались элементы сосредоточенного и комбинированного ударов. До сотни советских военно-морских советников принимали участие в боевых действиях в период Гражданской войны в Испании (1936–1939). Двое из них – подводники И. А. Бурмистров и Н. П. Египко – были удостоены звания Героя Советского Союза.
ВМФ накануне войны (1938–1941)
При подборе кандидатов к назначению на руководящие должности в новом наркомате и ГМШ сразу выяснилось, что реорганизация системы управления флотом хуже всего обеспечена в отношении кадрового состава. Это стало прямым следствием репрессий против высшего и среднего начсостава флота в 1930–1931 и 1937–1938 гг. Летом 1937 г. был арестован и репрессирован наморси В. М. Орлов. Почти одновременно с созданием наркомата И. В. Сталин отстранил преемника Орлова – флагмана флота 1-го ранга М. В. Викторова – от руководства Морскими силами. Позже он был арестован и также расстрелян. Первым наркомом ВМФ стал бывший сухопутный политработник армейский комиссар 1 ранга П. А. Смирнов, имевший самые приблизительные представления о порученном ему деле. В августе 1938 г. органами НКВД был арестован и он. Вместо него 5 ноября был назначен командарм 1-го ранга М. П. Фриновский, до того работавший в пограничной охране НКВД. Его «правление» продолжалось всего восемь месяцев, после чего и он последовал за предшественниками. В марте 1939 г. заместителем наркома ВМФ был назначен флагман флота 2-го ранга Н. Г. Кузнецов. 24 апреля 1939 г. И. В. Сталиным было принято решение о назначении его третьим за 16 месяцев с момента образования наркомата народным комиссаром Военно-морского флота. Всего в ходе репрессий 1937–1938 гг. было арестовано или уволено из рядов РККФ более 3 тыс. человек командного и политического состава, незначительная часть из которых была реабилитирована и успела вернуться на флот перед началом Великой Отечественной войны.