Районами действий подводных лодок в 1944 году являлись: мыс Тарханкут – Севастополь – южный берег Крыма. В эту часть акватории Черного моря за два месяца (январь и февраль) подводные лодки совершили 17 Боевых походов. Из семи выполненных торпедных атак три были успешными.
Развертывание подводных лодок для участия в Крымской операции началось 11 апреля 1944 года. Первыми вышли в поход Л-6, М-35, М-111 и А-5, за ними – М-62. Находившиеся в море С-31 и Щ-215 заняли места в соответствии с общим планом операции. До 9 мая 1944 года было развернуто еще шесть подводных лодок: М-55, Л-4, М-54, Щ-202, Щ-201 и С-33. Боевые действия подводных сил в операции можно характеризуются как исключительно напряженные: за двадцать восемь суток было выполнено пятьдесят торпедных атак, потоплено двадцать три транспорта противника.
В конце Второй мировой войны в состав Подводных Сил Черноморского флота входили 1-я Севастопольская Краснознаменная Бригада подводных лодок и 2-я Констанцкая ордена Ушакова Бригада подводных лодок. В марте 1947 года 1-я Севастопольская Краснознаменная Бригада подводных лодок была переформирована в 1-й отдельный Севастопольский Краснознаменный дивизион.
27 января 1951 года в соответствии с директивой начальника Морского Генерального Штаба была установлена новая организация соединений подводных лодок Черноморского флота. На основе 2-й Бригады было создано управление 21-й Констанцской ордена Ушакова I степени дивизии подводных лодок. В её состав вошли три отдельные Бригады подводных лодок.
В 1956 году в Севастополе 21-я дивизия подводных лодок имела 3 Бригады подводных лодок в Севастополе, Балаклаве и Феодосии. 1 июня 1956 года на базе сокращённого управления 21-й дивизии подводных лодок в Балаклаве было сформировано управление 155-й отдельной Констанцской ордена Ушакова Бригады подводных лодок, в состав которой вошли подводные лодки расформированной 151-й Бригады подводных лодок.
30 марта 1967 года на основании директивы ГШ ВС СССР от 22 декабря 1966 года и ГШ ВМФ СССР от 26 января 1967 года в Балаклаве 30 марта 1967 года была сформирована 14-я дивизия подводных лодок. Дивизия базировалась в трёх Военно-морских базах Крыма, на момент формирования имела в своём составе 47 подводных лодок (из них больших – 1, средних – 34, малых – 12) с суммарным торпедным залпом по морским и береговым целям – более 400 торпед.
С 1969 года подводные лодки дивизии на постоянной основе несли Боевую службу в Чёрном море (на каждую из них выходила 1 ракетная и 1 торпедная подводная лодка).
К началу 1990 года в составе дивизии находилось около 40 подводных лодок различных типов.
14-я дивизия подводных лодок была расформирована 15 декабря 1994 года согласно Директиве Главнокомандующего штаба ВМФ от 9 июля 1994.
С 1 июля 1984 года управление 27-й Бригады подводных лодок было переименовано в управление 475-го дивизиона подводных лодок, а управление 381-го отдельного Севастопольского Краснознаменного дивизиона ремонтирующихся лодок было расформировано. Размещенные в ремонте подводные лодки были подчинены 153-й Бригаде подводных лодок. Почётное наименование 381-го отдельного дивизиона подводных лодок было передано 475-му дивизиону подводных лодок (г. Феодосия).
С 1 декабря 1990 года 475-й Севастопольский Краснознаменный дивизион подводных лодок перешел в подчинение 155-й Бригаде подводных лодок, которая получила статус отдельной.
С 1 октября 1994 года Директивой ГШ ВМФ от 18 июля 1994 года были расформированы:
153-я Севастопольская Краснознаменная Бригада подводных лодок (сформирована в 1944 году на базе отдельного учебного дивизиона подводных лодок, с 1956 по 1996 годы дислоцировалась в городе Феодосия);
507-я береговая база.
16 февраля 1995 года 155-я Констанцская ордена Ушакова Бригада подводных лодок была передислоцирована из бухты Балаклавская в бухту Южная. В январе 2002 года 155-я Бригада подводных лодок была переформирована в 247-й Отдельный Констанцский ордена Ушакова дивизион подводных лодок.
Радикальное обновление Черноморского флота планируется провести в рамках госпрограммы вооружений, рассчитанной до 2020 года. В этот срок Подводные Силы ЧФ должны пополниться шестью современными дизельными подводными лодками проекта 636.3. До 2017 года для Черноморского флота планируется серия из шести подводных лодок 636-го проекта, которые будут построены на заводе «Адмиралтейские верфи» в Санкт – Петербурге.