Манифест 26 августа 1856 года освободил декабристов от ссылки. Якушкин возвратился на родину без права жить в столицах. Спустя время сын выхлопотал ему с большим трудом разрешение возвратиться в Москву. Но он не дождался этого. Умер И. Д. Якушкин на чужих руках в имении Н. Н. Толстого Новинки Тверского уезда 12 августа 1857 года.