Во главе военно-четнических отрядов стоял Д. Михаилович, который опирался на «Командование четнических отрядов Югославской армии», переименованное после возникновения названия ЮВвО в Верховное командование. Это переименование произошло после того, как 11 января 1942 г. Д. Михаилович был введен в состав нового эмигрантского правительства, заседавшего в Лондоне, но решившего для укрепления авторитета избрать своим министром армии и флота командующего военно-четническими отрядами, что также подняло статус и самого Д. Михаиловича. Кроме этой министерской должности, Д. Михаилович был назначен командующим штабом Верховного командования, что формализовало его статус верховного команданта четников. С поста министра и командующего штабом Д. Михаилович был формально уволен 1 июня 1944 г. приказом короля Петра Карагеоргиевича, оказавшегося под сильным давлением англичан. Впрочем, это никак не повлияло на Д. Михаиловича, который продолжил именовать себя министром и начальником штаба Верховного командования ЮВвО. Непосредственное расположение Верховного штаба также менялось. С мая по декабрь 1941 г. штаб находился на Равна-Горе, почему и само движение получило название Равногорского движения, а четники Д. Михаиловича — название «равно-горцы». В то же время от королевского правительства в изгнании Д. Михаилович принял радиограмму о присвоении ему внеочередного звания бригадира (бригадного генерала). После немецкого наступления на Равна-Гору в декабре 1941 г. Михаилович с небольшой группой приближенных скрывался на горе Рудник. Уже новоиспеченный генерал 11 января был назначен военным министром, после чего 19 января ему было присвоено следующее звание дивизионного генерала. В апреле — июне 1942 г. Д. Михаилович и его окружение перешли в гористую часть Северной Черногории в район Дурмитора, а потом Колашина. Оттуда в мае 1943 г. Д. Михаилович вновь вернулся в Сербию в район Равна-Горы, где и оставался до прихода на Балканы Красной Армии, передавшей Сербию в руки партизан. После этого второго возвращения в Сербию Д. Михаилович реорганизовал штаб ЮВвО, поделив его на Оперативное и Разведывательное отделения, каждое из которых имело по 2 отдела. После захвата Сербии партизанами осенью 1944 г. Д. Михаилович отступил в Боснию, где Верховное командование (группа лиц, приближенных к Д. Михаиловичу) стремительно сокращалось, а потом и окончательно прекратило свое существование.
Отряды четников начали формироваться в различных частях Югославии с лета 1941 г. как по инициативе Д. Михаиловича, так и по инициативе главы предвоенного общества четников К. Печанца, а также по собственной инициативе народных «вожаков», — мелких политиков, священников и полицейских, сплотивших местных жителей для защиты от оккупантов. Последнее в особенности было характерно для территории НГХ, после провозглашения которого начались кровавые погромы сербов со стороны усташей, для защиты от них требовалось создавать группы самообороны. Вклад К. Печанца в деятельность четнического движения был минимален. На К. Печанца давил тяжкий опыт кровавого подавления Топлицкого восстания, пожилой возраст и ряд личностных качеств, в силу чего он начал активно проповедовать пассивность и ненападение на оккупационные войска. Для того «чтобы спасти страну от гражданской войны», К. Печанац уже в августе 1941 г. вступил в сговор с представителями местных немецких комендатур и сербской коллаборационистской администрации[60]. Часть отрядов К. Печанца, разочарованных его соглашением с немцами, ушли под командование к Д. Михаиловичу и в начале сентября 1941 г. участвовали в боевых действиях против немцев в союзе с партизанами. Остатки его четников были легализованы как импровизированные помощники жандармерии и пограничных сил. В декабре 1942 г. глава коллаборационистского правительства Сербии М. Недич подписал указ о расформировании четнических частей, влив их в жандармерию (Сербскую государственную стражу)[61]. В 1944 г. бойцы ЮВвО захватили К. Печанца в плен, и в мае 1944 г. престарелый воевода был казнен[62].
Самоинициативно возникавшие отряды (таких было много на территории НГХ) до конца 1942 г. большей частью попали под командование Д. Михаиловича, который постепенно заменял их командные кадры своими людьми. Небольшая часть этих «самостоятельных» отрядов влилась в партизанские отряды. Большинство названий отрядов четников на территории Сербии и Черногории носило название по местным географическим названиям — по горам, городам или рекам, в районе которых действовали отряды. На территории НГХ большинство отрядов четников носил имена выдающихся людей из сербской истории, чтобы таким образом не только подчеркнуть сербский характер отрядов, но и укрепить боевой дух повстанцев.