Мокроусову удалось объединить разрозненные партизанские отряды, переформировать их в воинскую часть, ввести военную дисциплину. Новая боевая единица получила название «Крымская повстанческая армия». Собственно, название «армия» звучало очень громко, оно предназначалось главным образом для устрашения врага и для привлечения в нее новых бойцов. По численности она не превышала полк — 500 человек, а каждый из трех ее полков соответствовал роте.
Папанин вошел в состав реввоенсовета повстанческой армии, и на него, как на опытного технического специалиста, возложили заботы о хозяйственном обеспечении армии, или, по современной военной терминологии, он стал начальником тыла повстанческой армии. Бойцы Мокроусова действовали во врангелевском тылу партизанскими методами, наносили внезапные ночные удары по вражеским гарнизонам, взрывали военные склады и базы снабжения, выводили из строя коммуникации. Благодаря своей малочисленности и большой мобильности армия успешно ускользала от карательных операций крупных воинских сил врага, а с мелкими сама вела успешные боевые действия. Ряды партизанских полков пополнялись новыми бойцами, но все труднее и труднее становилось снабжение их оружием и боеприпасами.
Мокроусов созвал военный совет. Его армия в это время укрывалась в поросших густым лесом глубоких ущельях горной цепи Южного Крыма, протянувшейся от Алушты до Карадага.
— Товарищи командиры, — обратился он к своим боевым соратникам, — наша повстанческая армия стала грозной боевой единицей, могущей наносить чувствительные потери врагу. Бойцы полны ненависти к белогвардейским оккупантам и рвутся в бой. Но мы оказались в критическом положении: не у каждого бойца есть винтовка, не хватает патронов, мало пулеметных лент. Доставать у врага оружие и боеприпасы становится все труднее. Нам нужна срочная помощь, но как ее получить?
Обсуждение было коротким: все единодушно сошлись во мнении, что надо просить помощи у штаба Южного фронта, а для этого послать туда связного. Но кого же?
— Я предлагаю послать к товарищу Фрунзе Ваню Папанина, — сказал Мокроусов. — Он маленького роста, худой, его легче будет переправить тайно через вражеские кордоны на берег моря. А силы и выносливости у него хоть отбавляй.
В те времена берега Крымского полуострова часто посещали турецкие контрабандисты. Белогвардейцы тайно продавали им муку, а те на своих моторных лайбах и баркасах перевозили ее в Турцию. Через одного из местных жителей удалось договориться с капитаном турецкого контрабандного судна. И вот Папанина посадили в мешок, завязали и под покровом ночи пронесли на плечах мимо белогвардейского патруля на турецкую лайбу под видом мешка с мукой.
Папанину удалось с приключениями добраться благополучно до штаба Южного фронта и вручить командующему фронтом Михаилу Васильевичу Фрунзе донесение командира Крымской партизанской армии о положении во врангелевском тылу вместе с просьбой о помощи боевой техникой. Папанин вспоминает об этой встрече как о примере высокой бдительности командующего: Фрунзе только тогда принял его, когда была установлена подлинность личности связного — мало ли какие могли быть провокации со стороны врагов! После этого Крымской повстанческой армии была оказана реальная помощь — оружием, снаряжением, деньгами.
В течение одного года Папанину второй раз пришлось пересекать ночью Черное море из района Новороссийска до Крыма во главе десанта из 24 бойцов. Среди них был кадровый военный моряк, отважный партизан-пулеметчик, впоследствии знаменитый писатель Всеволод Вишневский. К этому времени войска Южного фронта прорвали неприступные вражеские укрепления на Крымском перешейке, форсировали Сиваш и вели успешное наступление на Врангеля на территории Крыма. Папанин со своим отрядом присоединился к войскам дивизии В. К. Блюхера, которая двигалась по южному побережью на Алушту.
Белые были изгнаны, и в Крыму непоколебимо утвердилась Советская власть. Но победа не принесла спокойной жизни И. Д. Папанину. Он был вызван в Симферополь и назначен комендантом КрымЧК. Это была беспокойная работа, не спали по нескольку суток. В Крыму окопались не успевшие убежать белогвардейцы, оживились различные банды, в лесах скрывались «зеленые». На плечи работников ЧК легла тяжелая и ответственная забота по ликвидации остатков контрреволюционных гнезд, обеспечению безопасности мирной жизни Крыма. На Папанина, как коменданта КрымЧК, свалилось множество дел: он организовывал охрану советских учреждений, проводил обыски, препровождал арестованных в тюрьмы и в ревтрибунал, приводил в исполнение приговоры революционного суда, хранил обнаруженные или реквизированные ценности — золото, драгоценные камни, ювелирные изделия — и затем сдавал их в государственную казну. Это была та черновая работа, которая выпала на долю чекистов в первые годы Советской власти по ликвидации последствий свергнутого строя, мешавших продвижению нового, советского общества вперед, к светлому будущему.