Дружба с литовскими князьями быстро подвинула к концу эпоху величия и свободы господина Великого Новгорода. Давно уже шли в нем смуты и беспорядки из-за утеснений людьми лучшими людей меньших. Сильная и властная торговая знать нажимала на зависимую от нее бедноту и заставляла ее творить ее волю на вече. Свободная новгородская чернь раздражалась все больше и больше от этой зависимости, и Новгород впал в тяжелую непрерывную смуту. Эта смута и была первой и главной причиной падения Новгорода. Вследствие внутреннего непорядка, пригороды и подвластные земли выходили из повиновения, и внешние враги одолевали область. Искание поддержки у литовских князей усилило раздражение черни, которая больше клонилась на сторону Москвы. Наконец, в 1471 году новгородские бояре, во главе с семьей посадника Борецкого, заключили союз с великим князем литовским и королем польским Казимиром Ягайловичем. Великий князь московский Иван III Васильевич взглянул на этот союз как на измену не только князю, но и вере и русскому народу. Никакие убеждения не действовали на новгородцев, и дело кончилось тем, что Московское княжество в 1478 году завоевало Новгород и присоединило к себе все его земли. Отныне князья московские благословляют своих преемников вотчиной великим княженьем новгородским со всеми пятью пятинами, городом Ладогой и другими. Замолк вечевой колокол, отменено было вече, исчезли и посадники.
Вместо посадников пригороды стали получать от князей наместников, с теми же тиунами, и ничего не выиграли, если еще не проиграли.
В дополнении к Судебному Указу 1556 года встречается такая характеристика наместников: «Наместники и волостели изо многих лет, презрев страх Божий и государские уставы, много злокозненных дел на них учиниша и не быша им (городам и волостям) пастыри и учители, но сотворишась гонители и разорители».
Наконец, со второй половины XVI и все ХVII столетие в Ладоге правили воеводы, поставленные от московских царей. Воеводы ведали как государево (ратное) дело, так и земское. Вообще управление их было весьма многосторонне: им подлежали дела иностранные, военные, поместные, судебные, полицейские, финансовые и даже некоторые духовные. В наказе 1671 года, данном при царе Алексее Михайловиче ладожскому воеводе Желтухину, предписывалось: «Приехав в Ладогу, принять городские ключи, наряд (пушки), зелье (порох), разные пушечные и хлебные запасы, письменные дела, денежную казну и списки военно-служилых и прочих людей. По городу держать караулы и сторожи: оберегать, чтобы городу и всяким городовым крепостям и нарядам и зелейной и свинцовой казне ни от кого порухи не было. В управных делах судить по челобитным и сыски всяким сыскивать и по сыску управу делать безволокитно. Пошлины с судных дел имать с рубля по гривне до пересуду и правого десятка по 7 алтын 2 деньги с суда, а спорных судных дел не вершить и отсылать для вершения в Новгород. О всяких государевых делах и о вестях писать в Новгород же, а мимо к Москве не писать, для того что Ладога Новгородский пригород. В Ладоге жить неоплошно и во всем государеву делу искать прибыли. Беречь накрепко, чтобы в Ладоге и на посаде и в слободах и в уезде воровства, корчем, зерни, табаку и всякого непотребства не было, в противном случае воровство унимать, корчемное питье отбирать и сдавать в кабак, а на корчемниках и на питухех имать заповеди и чинить наказанье, отписывая о том в Новгород. Беречь накрепко и учинить заказ всем, чтобы летом в жаркие дни изб и мылен не топили и вечером поздно с огнем не сидели и не ходили, а для печенья хлебов и варки пищи поделать земляные печи в огородах и на удаленных от хором местах. На случай пожара велеть в городе, на анбарах, в рядах и по всем хоромам во дворах держать кади с водою и вениками. Посадским и всяким людям никаких обид и притеснений ради корысти не делать; служилых и посадских и всяких жилецких людей от проезжих, от всяких людей оберегать, чтобы обид и продаж и никаких налог ни от кого не было; проезжих и всяких в Ладоге не задерживать».
Место воеводы считалось почетным и выгодным. Вот как пишет об этой должности известный историк Соловьев: «Бояре, окольничие, думные дворяне и дьяки засели по Приказам; но много еще остается служилых людей не так знатных, которым нет места в Приказах, а покормитьсянадобно; бьют челом в воеводы покормиться – челобитная исполнена. Рад дворянин собираться в город на воеводство – и честь большая, и корм сытный. Радуется жена: ей тоже будут приносы; радуются дети и племянники: после батюшки и матушки, дядюшки и тетушки земский староста на праздниках зайдет и к ним с поклоном; радуется вся дворня, ключники, подклетные, будут сыты. Прыгают малые ребята – и их не забудут. Все поднимается, едет на верную добычу».
Все едут на верную добычу и получат ее, и всем будет хорошо; только местный житель почесывает затылок, потому что знает, что будут обдирать его, как липку. Конечно, воеводы в Ладоге не были исключением. На притеснения и вымогательства указывает, например, грамота из Приказа Большого Дворца воеводе Неплюеву (1687 г.): «Ныне ты для своей бездельной корысти и многих взятков, того Ивановского монастыря в вотчину посылаешь стрельцов и пушкарей, и крестьян и бобылей волочишь и убыточишь напрасно и от того твоего разорения крестьяне и бобыли бредут врознь». Даже в самых наказах ладожских воевод предупреждают: «Ладожским служилым и посадским и уездным и проезжим всяким людям, для своей корысти обид и иных никаких налог не делать и напрасно на них не наметываться», под угрозой быть за то в великой опале.
В Ладоге, как и во всей Новгородской области, кроме некоторых южных частей, никогда не процветало земледелие. Мшистая, большею частью болотистая почва, всегда была мало плодородна и не могла прокормить население. Кроме того, самое положение Ладоги вблизи реки и озера давало ей в руки другие, более выгодные промыслы. Давали также свою долю добычи и близлежащие обширные леса. Меха пушных зверей, как куниц, бобров, лисиц и соболей, всегда были ценным товаром, также был большой спрос на мед и воск. Звероловство и «бортничество» издавна процветало у всех жителей северных областей. Пчеловодство называлось в прежние времена бортничеством потому, что пользовались обыкновенно медом диких пчел, доставая его из «бортей» – дупел деревьев, естественных или выдолбленных искусственно. Что касается рыбы, то вообще ее водилось в тогдашних реках и озерах множество. Например, в житии св. Антония Римлянина передается, что рыбаки по его совету «ввергоша мрежи своя в Волхов и извлекоша на брег множество великих рыб, едва не проторжеся мрежа». В летописи под 1353 годом значится, что «новгородские людие рыбы руками имаше у брега сколько кому надобе». А в летописи от 1270 года указывается прямо, что Ладога поставляла мед и рыбу для стола княжеского – «а в Ладогу княже слати осетринника и медовара по грамоте отца своего».
Рыболовство и в настоящее время, конечно, является одним из главных промыслов жителей побережья Волхова и Ладожского озера. Особенно много привозят оттуда сигов, и самыми вкусными считаются пойманные на порогах. Рыбаки бродят по порогам в особых кожаных одеждах и ловят сигов небольшими сачками среди самой стремнины.
Из ремесел в северных областях особенно были в ходу в древности плотничество и гончарное ремесло. Сделанные в этих местностях лодки привозились на продажу в Киев. Но вообще ремесла, как добывающий род промышленности, развились, конечно, только со временем. Сначала, когда люди были еще на низкой степени развития, делалось все чрезвычайно просто, грубо и только для своего обихода. Без сомнения, разные грубые ткани, для обыкновенной одежды, выделывались дома так же, как и необходимая глиняная и деревянная посуда. Опять-таки Ладога, благодаря своему положению на торговом пути, вероятно раньше утратила этот грубый образ жизни. Уже в глубокой древности по великому торговому пути «из Варяг в Греки» в Ладогу приезжали всякие иноземные люди и обменивались с ладожанами своими товарами. Весьма возможно, что, по положению своему у Ладожского озера, Ладога была торговым пунктом раньше Новгорода. В курганах – могилах около Ладоги находили восточные монеты от VI века, следовательно, ладожане вели торговлю с восточными народами уже в это время. Затем начала развиваться торговля Новгорода с немецкими городами, и в ней Ладога также принимала участие. В XIII веке в ней так же, как и в Новгороде, имеется немецкий гостиный двор и торговые конторы. Ладога упоминается в торговых договорах этого времени. Так, например, в одном договоре Новгорода с немецкими купцами запрещается им застраивать улицу в Ладоге: «От церкви Св. Николая до гостиного двора по самой улице не должно застраивать никакого места». Из этого видно, что иностранные купцы даже жили в Ладоге.