Вторая попытка освобождения крепости была предпринята отрядом русских в 500 человек, состоявшим из пехоты и конницы под начальством Ивана Можайского. Отряд расположился на расстоянии пушечного выстрела от крепости, но Делавиль атаковал его и разбил. О следующей затем попытке Салтыков пишет Сигизмунду следующее: «Я, холоп ваш, приехав в Великий Новгород, поговоря с бояры, послал под Ладогу на немецких людей воеводу князя Григория Волконского, со многими ратными людьми и с нарядом и велел, государь, ему над немецкими людьми промышлять, сколько Бог помочи даст». В этом отряде было 2000 человек под начальством князя Гр. Конст. Волконского, который, по прибытии сюда, расположился в 12 верстах от крепости, т. е. у устья Волхова. Здесь Делавиль потерпел поражение. Битва была глухой зимой в 1611 году. Одержав эту победу, Волконский пришел под Ладогу; сюда же прибыл и Салтыков из Новгорода. Делавилю предложили очистить крепость за возвращение ему пленников и между прочими его брата. Делавиль не соглашался и предлагал выкуп за пленников, на что, в свою очередь, не соглашались русские. Для устрашения перед крепостью на глазах Делавиля зарезали двоих пленников. Положение французов делалось все более трудным. Запертые в крепости, лишенные всяких припасов, они выносили тяжкие лишения. Наконец, Делавиль согласился сдаться Салтыкову на почетных условиях. С знаменами и оружием, при звуках труб, вышли французы из крепости, получив от Салтыкова пленных. Крепость была занята семь месяцев и освобождена в феврале 1611 года.
Через полгода однако Ладога была уже снова в руках неприятели. За это время Делагарди успел силой овладеть Новгородом после того, как Салтыков умер, замученный пытками по обвинению его новгородцами в измене и желании предать их польскому королю. 15-го июля 1611 года Делагарди заключил договор с новгородцами об избрании на русский престол шведского королевича Филиппа. После этого он отправился с тем же намерением в Ладогу и требовал, чтобы ладожане впустили в крепость войско русского царя, избранного, по его словам, и в Москве. В это время Ладога была занята русским гарнизоном в 200 человек, и стражники били челом в 1611 году, что «сидят де они в Ладоге от немецких людей в осаде и на караулах живут беспрестанно, днем и ночью, и нужда де им в корме в Ладоге великая». Узнав, что новгородцы сдались Делагарди, ладожане впустили к себе на тех же условиях шведские войска, под начальством Ганса Райхенберга.
Шесть лет после этого находилась Ладога под властью шведов. Все время в ней стоял и хозяйничал шведский гарнизон, сначала под начальством Ганса Райхенберга, потом Эверта Горна и, наконец, самого Делагарди.
Между тем русский народ окончательно возмутился против иноземных властителей. В 1613 году образовалось народное ополчение под начальством князя Пожарского. Ополчение изгнало поляков из Москвы, и Россия избрала на царство Михаила Феодоровича Романова. Все города присягнули новому царю, и новгородцы очутились между двух огней. Порвать со Швецией они не могли, потому что Делагарди держал их в руках; порвать с Москвою значило для них порвать со всеми началами своей жизни. В том же 1613 году умер король шведский Карл; преемник его Густав-Адольф прислал брата своего Карла-Филиппа в Выборг для переговоров. Эверт Горн требовал от новгородцев и ладожан прямого ответа: желают ли они окончательно признать своим государем шведского короля или нет? Во всяком случае они должны были знать, что шведский король имел на них право, так как его войска защищали их от врагов. Новгородцы хотели выиграть время. Они ответили, что и раньше присягали королевичу Филиппу с тем, чтобы он шел к ним и оставил у них все по-старому, идти же под власть шведского короля они и не собирались.
Церковь Спаса Нерукотворного образа в Новой Ладоге. Фрагмент фасада колокольни. Фотография С.М. Прокудина-Горского. 1909 г.
Пока шли эти переговоры, против шведов возрастало все большее и большее неудовольствие и возмущение в разоряемых ими посадах и городах. Князь Волконский начал стягивать войска к Новгороду, Тихвину и Ладоге. В декабре 1614 года было сообщено ему из Ладоги в Белоозерск: «Стоят на Волхове, в 10 верстах от Ладоги, 500 немецких людей, да пришло от Иван-Города, от ямы и Копорья 1500 немецких людей и стали на Масельгском погосте да на Лунчаге (финские поселки недалеко от Ладоги), стоит прежних немецких людей 500 человек, а с Рождества однолично идти всем немецким людям в Тихвин посад». В феврале 1615 года Ладога была сборным пунктом шведских войск, о чем было сообщено в Белоозеро: «Велел-де Ивенгор немецкому воеводе Самойлу Кобрину собирати всех немцев в Ладогу, которые хотели, ходили в Обонежскую пятину и на Масельгу, а собрався с теми немцы велел идти им в Тихвин же, и нынче-де немецкие люди сошлись в Ладогу». Делагарди жил в то время преимущественно в Ладоге и заводил в ней иноземные порядки.
Чтобы окончательно отделаться от шведов, новгородцы отправили послов к московскому царю. Послы сказали ему, что новгородцы только из нужды передались шведскому королю и просят заступиться за них и взять их под свое покровительство. После милостивой грамоты царя новгородцам открылись снова военные действия. Московские отряды стояли на реках Мсте и Ловати, а Волконский сообщил, что он двинулся на государеву службу под Тихвин, Ладогу и Орешек, со всеми атаманами и казаками, и назначал сборный пункт у Рождества Христова на реке Паше.
Но шведский король был склонен к миру и дал приказ Делагарди бросить Новгород, разорив его как следует. Начались долгие переговоры, которые кончились съездом в деревне Столбове, между Тихвином и Ладогой, где был заключен мир 27 февраля 1617 года. По словам летописи: «Немцы с государем помирилися и отдали город Новгород, Порхов и Ладогу». Карела, Орешек, Копорье, Ямбург и другие города оставались у шведов, а ближайшим русским пунктом к морю стала Ладога. Густав-Адольф, прочитав текст договора, улыбнулся и сказал: «Ну, теперь Москва совершенно отрезана от моря, не перешагнет».
Долго не могла оправиться Ладога после этого последнего иноземного владычества. Вся она была выжжена, разорена и разграблена, жители ее почти все разбежались. Еще в 1614 году захваченные неприятелем пленники показывали, что «русских людей в Ладоге нет никого». Все окрестные монастыри и селения также были разграблены неприятелем. Валаамские старцы писали в 1618 году о Васильевском монастыре против Ладоги: «Стоит он пуст, игумена и братии в нем нет, лишь де живут в нем три служки». Этот монастырь был в такой крайности, что когда в 1620 году он начал «ставиться после войны немецких людей вновь», то до 1627 года богослужение в нем совершалось при освещении дранью, и братия, скорбя о том, приносила жалобу, что «у них де в церкви Божией, служача с лучиною, образа закоптели». Вообще кругом Ладоги, начиная с Николо-Медведицкого монастыря у устья Волхова и до Гостинополья (в 20 верстах от Ладоги), царствовало полное разорение. Очевидно, не сразу убрались из Ладоги шведы после Столбовского договора, потому что в грамоте от 1620 года игумена Медведицкого монастыря Кирилла, между прочим, пишется: «В прошлом году Ладожский воевода того Никольского монастыря бывшего игумена Феодорита и служителей монастыря пытал всякими разными пытками и покинул в тюрьму замертво, а в монастырь прислали многих немецких людей и монастырь разорили, образы и колокола и свечи и паникадила и всякую монастырскую казну, лошадей и коров и хлеб монастырский в житницах монастырских и по селам все пограбили, и по полям сеянный хлеб, пожав смолотив, свезли в Ладогу, и старцев и слуг и крестьян многих побили до смерти и монастырь и монастырские гумна все выжгли, и церкви каменные разломали и их разорили до основания». В 1621 году старица Акилина, заботясь о восстановлении Успенского монастыря, писала в своей челобитной: «Оне (сестры) от немецкого разорения скитались между дворами и кормились Христовым именем и их прежнюю жалованную грамоту и всякую монастырскую казну поимали и сестер побили немецкие люди в те поры, как имали Ладогу». А в 1652 году писали посадские люди в своей челобитной, что «в прошлых, государь, годах после немецкого разоренья и мирного договору, собралось нас сирот твоих посадских, тяглых людишек с разных городов на твое государево имя в твою государеву отчину в город Ладогу 49 семей».