В тот же день в Гори задержаны около 100 вагонов с продовольствием, стройматериалами и другими товарами, предназначенными для Южной Осетии. Этим актом начинается полномасштабная экономическая блокада автономной области.
В рождественскую ночь6 января 1991 годав столицу Юго-Осетии введены войска МВД Грузии и Национальная Гвардия. Значительная часть и тех и других сформирована из бывших боевиков и амнистированных уголовников. «Звиадисты» в 1990-1991 годах освободили 18,5 тысяч из 20 тысяч заключенных. Большая их часть стала боевиками Национальной Гвардии и сотрудниками грузинской милиции. К моменту ввода в Южную Осетию многие из них успели пройти обкатку в Карабахе.
Указ Президента СССР от 7 января 1991 г.,отменявший решения Юго-Осетинского областного совета и Верховного Совета Грузии – опоздал. Начался период активного вооруженного противостояния грузинской и осетинской сторон. Однако Южная Осетия попыталась и в этих обстоятельствах не идти на конфронтацию с Москвой и подтвердить свою общегосударственную лояльность. В тот же день, 7 января, была проведена сессия представителей депутатов советов всех уровней в здании Цхинвальского горкома партии (здания Верховного Совета и Совмина уже были захвачены полууголовной, одетой в милицейскую форму, толпой). Было выражено согласие – отменить принятые ранее постановления в случае, если и Грузия отменит свои решения, которые противоречат Конституциям СССР и Грузинской ССР. Соответствующие телеграммы были посланы в Москву на имя М.Горбачева и А.Лукьянова (как спикера ВС СССР), однако ответ от них так и не пришёл.
На фоне этих событий в Казбеги прошла встреча председателей Верховных Советов Грузии и Российской Федерации, на которой российская и грузинская стороны заключили целый пакет соглашений. Их поверхностный характер, а также использование вызывающе неудачной формулировки – "регион бывшей автономной области", многими были восприняты как дурно пахнущий сговор сепаратистки настроенных лидеров России и Грузии. Подлинным слабым местом заключенных договоренностей было решение о формировании единого отряда грузинской и российской милиции и введении практики совместного патрулирования в зоне конфликта.
23 мартасостоялось совместное собрание депутатов Советов Южной Осетии всех уровней, на котором, во исполнение Указа Президента СССР от 7 января был сделан поворот в сторону возврата к статусу автономной области. Образован Комитет по нормализации положения в Южной Осетии. Учитывая, что Грузия мотивирует карательные операции против мирного населения Южной Осетии необходимостью борьбы с самопровозглашенной Республикой,4 мая 1991 годаСобрание депутатов Южной Осетии приняло решение об отмене Юго-Осетинской Советской Республики и возвращении к статусу автономной области. Зря. Москва и Тбилиси обещание прекратить в этом случае геноцид со стороны грузинских вооруженных сил – не выполнили.
26 мая 1991 годапрошли выборы Президента Грузии. Им стал Председатель Верховного Совета Грузии Звиад Гамсахурдиа. Это незамедлительно привело к раскручиванию нового витка грузино-осетинского противостояния.
В начале 1992 года в Республике Южная Осетия был проведен референдум по вопросу: "Согласны ли Вы с решением Верховного совета Республики Южная Осетия от 1 сентября 1991 года о воссоединении с Россией?". В голосовании приняло участие 53 441 граждан, из них сказавших "да" было 53 297, сказавших "нет" было 57, недействительными комиссия признала 87 бюллетеней.
29 мая 1992 г. Южная Осетия окончательно провозгласила независимость от Грузии и выразила желание объединиться с Россией в рамках единой Осетии. В этот день был принят Акт о государственной независимости РЮО.
Все процедуры были выполнены с точным соблюдением действующих на тот момент законов, но грузинские националисты в ответ развязали истребительную войну. Вооруженные до зубов бандформирования, сформированные из выпущенных грузинским руководством из тюрем уголовников, подразделения милиции и армии – начали активные боевые действия против безоружного мирного населения Южной Осетии. Жесточайшая война не имела единого фронта – она распадалась на очаги и стычки, на местные бои и вылазки, карательные операции грузинских вооруженных сил и отчаянное сопротивление осетин.
Грузинская патриархия активно поддержала геноцид правительства Гамсахурдиа против Южной Осетии.