Ситуация становилась все более тревожной, убийство Кирова привело в движение процесс, который не мог сдержать уже сам нарком ВД Ягода. Ему было все сложнее прикрывать факт существование блока правых и троцкистов, он пытался завести следствие в неочевидный тупик, свалив все преступления заговорщиков только на группу Зиновьева-Каменева, но и тут он провалился. Евдокимов был этим недоволен: «Черт его знает, как удастся выкрутиться из всего этого дела. Никак не понимаю Ягоду, что он там делает, зачем расширяет круг людей для репрессий, или у этих поджилки слабы – выдают. Но можно было бы поставить таким образом ход следствия, чтобы всячески обезопасить себя».
Также стало известно, что на Лившица идут много показаний из Украины, он становился скомпрометированным лицом. Ягода не отказывался его защищать, но вечно он это делать не стал бы. Едвокимов посоветовал Фриновскому прекратить контакты с Лившицом, но тот сказал что пока не может этого сделать, потому что они едут на Дальний Восток. Евдокимов настоял не делать этого.
Об этом в частности писала Хиня Лившиц в своем письме Сталину, в котором сообщала о близкой дружбе своего брата с Фриновским. Однажды она зашла в комнату во время их разговора и они оба сразу же замолчали, гость высказал удивление: «Яша, разве у тебя есть сестра? Я столько раз бывал, ни разу ее не видел.» После этого они ушли. Тогда Хиня Абрамовна не придала значения этой странной сцене, но когда ее брата арестовали, она все это вспомнила. В памяти всплыли и другие подробности преступной связи Лившица и Фриновского, о той предполагаемой поездке на Дальний Восток, последний к тому моменту решил прекратить общаться с Лившицем. Он поехал на Дальний Восток один.2
Во время этой командировки он посетил начальника УНКВД на Дальнем Востоке Терентия Дерибаса, где передал ему письмо от Ягоду неизвестного содержания и сообщив, что Пятаков и Лившиц будут разоблачены. Как раз во время этой поездки Ягода был смещен с поста наркома, сменивший его Ежов назначил Фриновского своим заместителем, наряду с М. Берманом, Я. Аграновым (1-м заместителем) и чуть позже Л. Бельским. Такое быстрое назначение не кажется странным, учитывая, что Ежов давно был в дружеских отношениях с Евдокимовым и Фриновским. На обратном пути у него все таки произошла встреча с Лившицом, который сумел "поймать" его на одном из ж\д вокзалов. В вагон Фриновского вошел агент и сказал, что Лившиц хочет его видеть, надо это было сделать так, чтобы остальные сотрудники органов, что были в поезде, этого не видели.
Наконец они встретились, и начался разговор, вернее требования Лившица обезопасить его. К этому времени его сняли с поста зам. наркома путей сообщения и с которым уже проводились очные ставки с разоблаченными заговорщиками. Фриновский в ответ сказал: «Уж если ты попадешь, поскольку так далеко зашло дело, так держись как следует». Вернувшись в столицу Фриновский, все рассказал Ежову. Причем говорил так, будто не знал, что Ежов сам активный правый, что объяснялось тем, что ему ранее не сообщили о том, какую роль новый нарком играет в заговоре. Но это кажется странным, Фриновский знал, что тот правый. Вскоре в ноябре Лившица арестовали.
После того как сестра обвиняемого написала письмо Сталину, никаких мер по отношению к Фриновскому предпринято не было. Можно, исходя из этого, сделать два предположения: письмо Х. Лившиц так и не дошло до самого Сталина или письмо дошло, но Сталин поручил проверку Ежову провести проверку и то скрыл преступную деятельность Лившица.
Молчание подсудимых
23 января 1937 года в Москве открылся второй процесс над группой обвиняемых, главными фигурантами были: Г. Пятаков, Г. Сокольников, Л. Серебряков, К. Радек, Я. Лившиц и еще 12 обвиняемых. Они по поручению Льва Троцкого создали параллельный антисоветский троцкистский центр, занимались вредительством и шпионажем. Происходившая организация наводит на мысль о том, что власти опасались выступлений троцкистов в ходе процесса. В день его открытия были приняты беспрецендентные меры безопасности, 17 подсудимых охраняло 581 военнослужащих дивизии имени Дзержинского, 188 человек из управлений ГУГБ, 68 милиционеров и группа пожарных. Курировал охрану процесса зам.начальника 3го отдела ГУГБ А.Давыдов, помогал ему л нач. -2о отделения 2-го отдела Я. Родованский. Давыдов сам был правым и должен был соблюдать нужный блоку заговорщиков порядок на процессе.