Для допомоги Хмельницькому та його повстанцям були надані васальні туркам татарські орди з Кримського ханства. Це стало важливим чинником успіхів Хмельницького. У 1648 р. союзне козацько-татарське військо виграло низку важливих битв у військ Речі Посполитої — під Жовтими Водами, Корсунем, Пилявцями. Дійшло до Львова і Замостя. Не треба мати ілюзій щодо благородних цілей цього війська. При бажанні можна подавати це як «визвольний похід», боротьбу за православ’я і т. п. Проте документи свідчать, що Хмельниччина супроводжувалась жорстоким насильством, грабунками. Якщо ж говорити про татар, то для них це був звичний наїзд за здобиччю і ясиром.
Правда, татар можна було перекупити, заплативши їм відповідну суму. Тому польські урядовці намагалися з ними домовитися. Як тільки це ставалося й татари «зраджували», в козацькому війську виникали проблеми. Так було в битві під Збаражем і Зборовом у 1649 р.[45]. Відмова татар від наступу змусила Хмельницького сісти за стіл переговорів, у результаті чого був укладений Зборівський договір. Дещо подібна ситуація повторилася в битві під Берестечком у 1651 р.[46], де небажання татар воювати з армією Речі Посполитої закінчилось для козацького війська катастрофою. Після цієї битви Хмельницький змушений був укласти з Річчю Посполитою Білоцерківський договір[47], умови якого були гірші, аніж у договорі Зборівському.
У козацькому середовищі не було єдності. Існували різні «партії». Деякі козацькі полковники, Лук’ян Мозиря, Матвій Гладкий, Семен Герасимів, були страчені Хмельницьким. Особливу позицію займала Запорізька Січ. У 1649 р. Хмельницькому довелося жорстоко придушувати повстання січовиків. Тобто Хмельницький та його оточення, ведучи війну із представниками «старого ладу», йшли також на придушення радикальних революційних елементів.
Другий етап козацької революції тривав близько десяти років і припав на час від згадуваного Зборівського договору 1649 р. до перемоги в козацькому стані «московської партії», усунення від гетьманської влади Івана Виговського та обрання гетьманом сина Богдана Хмельницького, Юрія (жовтень 1659 р.).
У цей час Україна стала ареною постійних бойових дій, у яких брали участь військові сили різних держав. Розколотим виявилося й українське суспільство. Хоча в українській історіографії є намагання утвердити думку, що повсталих козаків підтримували майже всі інші суспільні верстви і повстання мало ледь не загальнонаціональний характер, це не зовсім так. Звісно, в тих непростих умовах, коли приналежність до козацтва гарантувала певну захищеність, відбувалося рекрутація в козаки представників різних соціальних станів — селян, ремісників, навіть шляхтичів. У цьому сенсі можна говорити про масове покозачення.
Хмельницький намагався залучити до побудови революційної Гетьманської держави «стару еліту», яка мала управлінський досвід. Серед козацької старшини опинилися люди, які свого часу працювали в державних структурах Речі Посполитої. Такими були генеральний писар Гетьманату Хмельницького Іван Виговський і його оточення[48]. Ці люди бачили вихід у поверненні статусу-кво, коли українські землі входили до складу Речі Посполитої, що принаймні гарантувало хоч якусь стабільність і порядок. При цьому вони намагалися виторгувати собі якомога ширшу автономію.
Саме Виговський після смерті Хмельницького в 1657 р. прийшов до влади. Він та його сподвижники починають переговори з урядовцями Речі Посполитої. Результатом цього став укладений у вересні 1658 р. у Гадячі договір (Гадяцька комісія)[49]. Згідно з цим документом, Україна поверталася під владу Речі Посполитої, але не як проста провінція, а як окрема автономна одиниця, подібна до Великого князівства Литовського. Київське, Брацлавське й Чернігівське воєводства утворювали Велике князівство Руське зі своїми управлінськими структурами, казною, монетою і з гетьманом на чолі. Гетьман же обирався станами Великого князівства Руського й затверджувався королем Речі Посполитої. Козацький реєстр мав становити 30 тисяч осіб. Окрім того, мало бути в цій державі ще 10 тисяч найманого війська. Православ’я зрівнювалося в правах із католицизмом. Приналежні православній церкві маєтності мали бути їй повернуті. Київському православному митрополиту і чотирьом православним єпископам забезпечувалися місця в сенаті. Київська академія отримувала права на рівні з Краківським університетом. Також надавалося право заснувати ще одну академію в одному з українських міст.