Якби Виговському та його оточенню вдалося реалізувати цю програму, то козацька революція «проскочила» б третій етап, коли до влади приходять радикальні революційні елементи, і відразу перейшла би до завершального етапу — «термідору». Однак Виговський не мав належної підтримки в козацькому середовищі. Не було в нього й серйозної підтримки ззовні — від влади Речі Посполитої.
Проти Виговського виступила «московська» партія, котра об’єднала незадоволені владою гетьмана радикальні елементи. Хоча Московія не дуже допомогла козакам у війні з Річчю Посполитою, але в московському цареві вони бачили свого союзника. І велику роль тут якраз відіграв конфесійний чинник. Московський цар був православним, а козаки заради ідеологічної легітимізації своїх дій використовували ідею захисту православ’я. Через те лозунг «волимо під царя московського» багатьма сприймався позитивно[50].
Союз Виговського з Річчю Посполитою спровокував черговий виток війни на українських землях. І хоча цей гетьман, котрий, до речі, так само, як і Хмельницький, опирався на силу татар Кримського ханства, зумів отримати блискучу перемогу над московським військом та козацькими союзниками Московії під Конотопом у 1659 р.[51], зрештою він та його союзники зазнали поразки. Проти них піднялася Запорізька Січ, козацькі полки на Лівобережжі, потім до повстанців приєдналися також козаки Правобережжя.
Ці процеси відбувалися за активної участі низів, які привели до влади радикальні елементи, відсторонивши елементи помірковані. У кінці вересня 1659 р. під селом Германівкою на Київщині зібралася Чорна рада. Так вона називалася через те, що її учасниками були не лише представники козацької старшини, а й козацькі низи — чернь. При підтримці Івана Богуна, Івана Сірка, які, власне, репрезентували радикалів, гетьманом був проголошений Юрій Хмельницький. Там же козаки убили гетьманських послів, які їздили до Варшави на переговори щодо Гадяцького договору 1658 р., котрий передбачав входження Гетьманату до складу Речі Посполитої як автономної частини. Сам же Виговський, склавши тоді гетьманські повноваження, ледве врятувався втечею.
Перемога «московської» партії над Виговським мала для України сумні наслідки. Юрію Хмельницькому 17 жовтня 1659 р. московіти нав’язали т. зв. Переяславські статті, які новообраний гетьман зобов’язувався виконувати. Ці статті помітно обмежували владу гетьмана — він без дозволу московських урядників не мав права посилати війська. Не дозволялося змінювати гетьмана без царського указу. Московські воєводи вводилися в Київ, Переяслав, Ніжин, Чернігів, Брацлав та Умань[52].
На цьому завершився другий етап козацької революції й почався третій, хронологічні межі якого можна визначити Переяславськими статтями 1659 р., з одного боку, й приходом до влади гетьмана Івана Мазепи й укладенням Коломацьких статей (липень 1687 р.), з іншого.
На початку цього етапу Юрій Хмельницький, отримавши гетьманську булаву, не зумів зосередити в своїх руках владу. Його правління стало періодом боротьби між різними старшинськими «партіями». У січні 1663 р. Юрій зрікся своєї посади, вирішивши постригтися в ченці під іменем Гедеона.
У той час помітно посилила свою активність Запорізька Січ, яка й була зосередженням радикальних елементів. Її очільник, Іван Брюховецький, якого навіть проголосили кошовим чи то запорозьким гетьманом, почав претендувати на велику гетьманську булаву. Він вів пропаганду під демагогічними лозунгами, обіцяючи козацькій черні, іншим посполитим різноманітні пільги. Також із вуст його звучали заяви, що він приборкає розбагатілу козацьку старшину. 17—18 червня 1663 р. під Ніжином відбулася Чорна рада, під час якої дійшло до бійки. Гору взяли радикали, проголосивши гетьманом Брюховецького. Останній після свого обрання здійснив розграбування багатьох козацьких старшин. Були схоплені й страчені противники Брюховецького.
Ніжинську чорну раду варто розглядати як вершину третього етапу козацької революції. До влади прийшли діячі, які декларували радикально-революційні вимоги. Але це демагогічне декларування насправді стало прикриттям для чергового розподілу власності. Що, своєю чергою, посилило анархію й розпалило громадянську війну. Розколотим виявилося й українське суспільство.