Третій етап козацької революції в літературі часто іменують Руїною. Тоді спостерігалася дезінтеграція Гетьманської держави, змагання в ній різних «партій», які часто орієнтувалися на зовнішню допомогу, що сприяло втручанню в українські справи Московії, Речі Посполитої, Кримського ханства та Османської імперії. Україна опинилася в стані перманентної громадянської війни, в якій помітну роль відіграв зовнішній чинник.
Не вдаючись до висвітлення перипетій цього революційного етапу, зазначимо, що для України він мав трагічні наслідки. Відбувся розпад Гетьманщини на дві частини — Лівобережну й Правобережну Україну. Щодо Запорізької Січі, звідки почалося повстання Богдана Хмельницького, то вона так і не стала частиною Гетьманщини. Кошові отамани, як правило, проводили незалежну щодо козацьких гетьманів політику — навіть доходило до конфліктів між ними. Поряд з цим починається процес переформатування козацьких територій. Великі маси козаків покидають землі, де вони вже укорінилися, й переселяються на підконтрольні Московії терени (Слобожанщину)[53] та Молдавію.
Результатом козацької революції стали величезні матеріальні й демографічні втрати. Валерій Смолій та Валерій Степанков у монографії «Українська національна революція XVII ст. (1648—1676 рр.)» писали: «Від воєнних дій, голоду, епідемій, міграцій на російські та молдавські терени було втрачено щонайменше 65—70 % населення... Оскільки воєнні операції переважно велися на українській території, то саме українці заплатили найвищу ціну. Буквально етноцидом обернулася для них присутність та дії на українських землях польсько-кримських військ протягом січня-березня 1655 р. та у 1664 — першій половині 1665 рр., коли відбувалося масове винищення та захоплення в ясир. Величезних зруйнувань зазнали поселення, було суттєво підірвано економічний потенціал країни»[54].
До цих втрат варто додати ще втрати релігійно-культурні. У 1685—1686 рр. Київська православна митрополія, яка до того часу була відносно самостійною, підпорядковуючись Константинопольському патріархату, тепер опинилася під контролем патріарха московського. Результатом цього став перехід галицьких єпархій (Львівської та Перемиської) до унії, а також поширення унії на інших землях Правобережної України. Тобто із політичним розколом України на Правобережжя й Лівобережжя відбувся розкол церковний. Відносно єдиний православний церковний простір України остаточно розколовся на дві частини — московсько-православну й пропольсько-уніатську. Церковного простору, який би можна було назвати українським, практично не лишилося.
Занадто велику ціну Україна заплатила за свободу. Тим паче, що ця свобода виявилася ефемерною.
Умовною датою закінчення третього етапу козацької революції можна вважати липень 1687 р., коли до влади прийшов гетьман Іван Мазепа, здійснивши своєрідний «термідоріанський переворот». Хоча ще за правління його попередника, Івана Самойловича, спостерігалися елементи «термідору», власне приборкання революційної анархії на українських землях. За часів гетьманування Мазепи почалася відносна стабілізація. Правда, як і повстання під проводом Богдана Хмельницького, що призвело до революції, так і «термідор» відбулися не без зовнішнього втручання. У першому випадку це було втручання Османської імперії й Кримського ханства, в другому — Московії, при допомозі якої Мазепа прийшов до влади. Отримавши владу, гетьман змушений був укласти з московітами Коломацькі статті, які значно обмежували його права. Мазепа не мав права без царського указу позбавляти старшину керівних посад, а старшина — скидати гетьмана. Йому заборонялось підтримувати дипломатичні зносини з іноземними державами. А в гетьманській столиці Батурині передбачалося розміщення полку московських стрільців.
Гетьман Мазепа здавав свої позиції Московії і фактично допомагав цареві Петру І будувати Російську імперію. Хоча на Лівобережній Україні, на якій Мазепа був господарем, не велося широкомасштабних бойових дій, але українських козаків посилали воювати на ті території, де вела війну Росія. І там козаки мали чималі втрати.
Гетьманування Мазепи закінчилося трагічно — Полтавською катастрофою 1709 р. Розгромлений російськими військами шведський король Карл ХІІ мусив втікати разом зі своїм союзником, гетьманом Мазепою, на землі, що контролювалися османами[55].