Православна церква — одна із засадничих цінностей народу руського. Про це прямо не говориться у Гадяцькому договорі, але його творці фактично пов’язували руську, власне українську, етнічну приналежність до православної приналежності. У цьому при бажанні можна побачити відстоювання «національних інтересів». Хоча на той час модерні нації як такі ще не сформувалися. У кращому випадку можна говорити лише про початки їхнього формування.
У Гадяцькому договорі маємо іншу картину. Питання православної церкви не лише ставиться на перше місце, а й детально розглядалося. Передбачені були привілеї не тільки для православних ієрархів, кліриків, а й для православної шляхти та міщан. Робилося це, певно, не лише для того, щоб догодити православному духовенству й заручитися його підтримкою. Видається, творці договору розглядали вказане питання в більш широкому плані.
Конфесійний чинник часто відігравав помітну роль у становленні новочасних національних спільнот. Тому захист православної церкви, її культурний розвиток, що передбачався в договорі, її прив’язаність до українського й почасти білоруського етносів працювали на «національну перспективу». Творці договору, висуваючи вказані вимоги щодо православної церкви, творили «руський простір», що міг би формуватися як національний. Передбачалося створення комунікативної системи — сітки шкіл з двома академіями, друкарень, що, відповідно, друкували б літературу на захист православ’я й народу руського.
Поява таких добре опрацьованих вимог щодо православ’я у Гадяцькому договорі не видається випадковою. Уже говорилося, що Виговський був освіченою людиною. Й, схоже, цю освіченість здобув не в єзуїтів, як Богдан Хмельницький[115], а в Київській православній школі-колегії. Також говорилося, що батько Виговського був наближеним до митрополита Петра Могили. І це теж могло впливати на зацікавлення Виговського церковними питаннями.
Гетьман, певно, не міг не розуміти, що відстоювання в Гадяцькому договорі інтересів православної церкви не зможе не викликати негативної реакції з боку католицьких клерикальних кіл Польщі. Адже цей договір ставив крапку на католицькій експансії в Україні. Окрім того, виконання його пунктів вело би до маргіналізації, а то й усунення уніатства. Тому положення договору про привілеї для православних викликали чимало заперечень з польського боку.
Після церковних питань порушувалося питання амністії. Воно стало традиційним для договорів, які укладалися між Військом Запорозьким і польською стороною.
Далі йшлося про те, що «добра і персони всякого чину людей відновлюються у первісний стан»[116]. Правда, це положення в договорі звучало загально, але тим самим передбачалося, що власники можуть повертатися в колишні свої маєтки й володіти ними. Це не могло не викликати незадоволення в нової козацької еліти, яка в період повстання під проводом Богдана Хмельницького зуміла помітно збагатитися — переважно за рахунок колишніх власників. Тепер це набуте під час воєнних подій довелося б повертати. Наприклад, Юрій Немирич, котрий, як уже зазначалося, був одним із авторів Гадяцького договору, перейшовши на бік козаків, вступив у свої давні володіння, які знаходилися тепер на території Полтавського полку. Це принаймні стало одним із чинників повстання під проводом Пушкаря[117]. Також Гадяцький договір передбачав, що римо-католицьке духовенство зможе повернути собі втрачені маєтки на землях, котрі опинилися під контролем козаків. Хоча й обумовлювалося, що це має відбуватися за погодженням короля й гетьмана, які мають узгоджувати між собою питання по конкретних випадках[118]. Безперечно, вказані пункти Гадяцького договору стосовно повернення майна колишнім власникам могли лише активізувати «радикальних революціонерів». І не лише їх, а й козацьких старшин, які встигли експропріювати власність шляхти й католицького духовенства.