Зрештою, в зазначеному договорі визначалися певні інституції, які б мали здійснювати управління цим автономним державним утворенням. Зокрема, таким є гетьман. «А для ліпшого цих пактів (договорів) утвердження і вірності, — читаємо в цьому документі, — гетьман військ руських віднині має бути до кінця життя свого гетьманом руським і першим сенатором у воєводствах Київському, Браславському, Чернігівському, а після смерті його має бути повне вибрання гетьмана, тобто чотирьох електів [кандидатів] виберуть стани воєводств Київського, Браславського, Чернігівського, з яких одного його величність милість утвердить, не відчуджуючи від того чину рідних братів вельможного гетьмана руського»[125].
Тут варто звернути увагу на деякі деталі. Показово, що очільник цього державного утворення іменувався гетьманом руським, а не гетьманом Війська Запорозького — як це було раніше. Також збройні сили, на чолі яких він стояв, іменувалися військом руським. Отже, він мав би репрезентувати не козацький стан, а всю Русь, до складу якої входили й козаки. Обирався гетьман не козацьким військом, а станами Київського, Брацлавського й Чернігівського воєводств. Сама ж процедура обрання була досить специфічною. На кінцевому етапі виборів із чотирьох висунутих кандидатів король затверджував одного. У порівнянні з Березневими статтями 1654 р., де передбачалися вибори гетьмана козаками з наступним повідомленням про них царя[126], це був крок назад. Окрім гетьманського уряду, очільник цього державного утворення мав би також бути першим сенатором від «своїх» воєводств. Він, стаючи урядником у Речі Посполитій, не мав права приймати іноземні посольства, тобто здійснювати власну закордонну політику[127]. Це також був крок назад у порівнянні з Березневими статтями 1654 р., за якими гетьману дозволялося приймати іноземних посланців (правда, повідомляючи про це царя)[128].
Таким чином, новостворене державне утворення, яке можна назвати Руським князівством, багато що брало від системи управління Речі Посполитої і вписувалося в її структуру. Зокрема, зберігалися воєводства з відповідними управлінськими структурами. Вони мали представляти свої інтереси перед королівським урядом, у т. ч. через своїх сенаторів. І все ж, попри цю «старину», були й «новини». Передусім такою «новиною» стало реєстрове козацтво, яке становило більшу частину війська держави й могло суттєво впливати на перебіг подій. Хоча Виговський намагався зменшити його вплив, передбачаючи створення підвладного гетьману професійного війська.
Руське князівство, попри «прив’язаність» до Речі Посполитої, мало чимало «чинників самостійності». Це не лише своя армія та привілейована тут православна церква, а й власний монетний двір і трибунал[129].
Справді, Гадяцький договір передбачав створення відносно структурованого автономного державного організму, який мав чимало прав самостійності. Реалізація положень договору, зокрема положення про постійне десятитисячне військо, підпорядковане гетьману, зробило би гетьманську державу більш дієвою, посилило б роль державних структур і обмежило можливості для козацької вольниці, простіше кажучи — анархії. Однак це породжувало супротив у козацькій масі, викликало невдоволення. Тому Виговський у свідомості козаків, радше, поставав як антигерой, що і знайшло вияв у літературних пам’ятках.
Багатолітній ректор Замойської академії, лікар, бурмістр, війт і асесор Замойського трибуналу Василь Рудомич (бл. 1620—1672) досить влучно охарактеризував Гадяцький договір: «Переписав для себе окремі пункти порозуміння... з запорозькими козаками. Видно в них величезні привілеї як щодо грецької релігії, так і вивищення їх самих і князівства Руського. Завдяки цим свободам можна Русь прирівняти до Корони і Великого князівства Литовського...»[130] Подібні оцінки зустрічаємо і в інших джерелах. Наприклад, австрійські дипломати, які перебували при польському королівському дворі, вважали, що козаки після Гадяцького договору «творитимуть своє окреме тіло в тілі республіки, приблизно на таких же умовах, як і литвини»[131].