Не менш важливим кроком в утвердженні влади Брюховецького стала розправа із супротивниками, які належали до табору Сомка. 18 вересня 1663 р. у Борзні були страчені: наказний гетьман Сомко, полковник ніжинський Василь Золотаренко, полковник чернігівський Іоаникій Силич, полковник лубенський Стефан Шамрацький, полковник переяславський Опанас Щуровський, осавул полковий ніжинський Павло Килдій, секретар наказного гетьмана Кирило Ширай. До Сибіру потрапили генеральний писар Михайло Вуяхевич, полковники київський Семен Третяк, іракліївський Матяш Папкевич, прилуцький Дмитро Чернявський, осавул полковий переяславський Семен Кульженко, осавул Леоній Бут, писар полковий Хома Тризна та писар гродський переяславський Самійло Радич, сотники Іван Воробей, Прокіп Кульженко[277]. Разом з неугодними Брюховецькому козацькими старшинами до Москви відіслали і настоятеля Лубенського Мгарського монастиря ігумена Віктора Загоровського[278]. Отже, новому гетьману та його прихильникам вдалося обезголовити й нейтралізувати людей, які могли б створити йому опозицію. Наскільки можна судити, мали ці люди чималий військовий та управлінський досвід — на відміну від запорізьких нуворишів. Певно, могли б вони послужити розбудові гетьманської державі. Але їхні досвід і вміння виявилися непотрібні.
Жорстока розправа з представниками козацької еліти Лівобережної України не могла не викликати негативної реакції в старшинських колах. Згадуваний Патрік Гордон писав, що цими незадоволеними були чимало знатних козаків, які бачили в особі потерпілих заслужених, добрих воїнів, котрі захищали царські інтереси на лівому березі Дніпра[279].
Звісно, Брюховецький вів боротьбу також із противниками московітів. У жовтні 1663 р. він спалив Кременчук, який не визнавав владу московського царя. При цьому новообраний гетьман писав до Олексія Михайловича, що він «зрадників зо три тисячі вбив, а декого живцем упіймав»[280].
Відразу ж на початках свого гетьманства, в 1663—1664 рр., Брюховецький зіштовхнувся з серйозною проблемою — потужною агресією польського війська, на чолі якого стояв сам король Ян Казимир. Тетяна Таїрова-Яковлева вважає, що, власне, обрання цього діяча гетьманом підштовхнуло поляків до воєнних дій[281].
Така думка не видається безпідставною. По-перше, поява козацького гетьмана на Лівобережжі, посадженого при допомозі московітів, нівелювала владу козацького очільника на Правобережжі Павла Тетері, підтримуваного поляками. Гетьманство Брюховецького ніби легітимізувало владу московітів на Лівобережжі. По-друге, очільники Речі Посполитої сподівалися, що вибори на Чорній раді «плебейського гетьмана», викликавши незадоволення козацької старшини, призведуть до підтримки нею польської експансії.
Правда, похід поляків на Лівобережну Україну мав також інші причини. Становище короля Яна Казимира було непевне. Проти нього вибухнув «рокош Любомирського». Оскільки опозиціонер Єжи Любомирський займав високу посаду польного гетьмана й користувався помітною підтримкою в середовищі польської еліти, ситуація видавалася загрозливою для короля. Аби погасити цей рокош, Яну Казимиру необхідна була переможна війна[282]. І в оточенні короля визріла думка, що таку війну можна провести на Лівобережній Україні, оскільки вона виглядала як «слабка ланка». А з Лівобережжя польські війська мали податися на Москву й взяти її.
5 серпня 1663 р. у Львові Ян Казимир проголосив початок походу проти Московії, котрий, як говорилося в королівському універсалі, мав на меті вирвати з рук московітів Україну — «цю зіницю ока Польської Корони». Уже наступного дня армія, котра нараховувала близько 34—35 тисяч чоловік, виступила в похід[283]. До неї приєдналися також козаки з Правобережної України й кримські татари. Це була серйозна сила, яка викликала переполох як на Лівобережній Україні, так і в Московії.
У жовтні 1663 р. король перебував у Білій Церкві. Довідавшись про те, Брюховецький вивів свої війська з Кременчука й Гадяча і попросив допомоги в білгородського московського воєводи Григорія Ромодановського. Проте останній надавати війська на підтримку гетьмана не поспішав. Брюховецький навіть звертався за допомогою в Москву.
Самі ж мобілізаційні можливості козацької армії виявилися незначними. З інформації царського воєводи Кирила Хлопова, який був добре обізнаний у справах Гетьманату, картина вимальовується далеко не найкраща: «...при гетьмані немає зібраного війська, і радий би він був старатися, але козаки його не слухають, ніде не збираються; й через те гетьман не хоче йти до Ніжина, Переяслава та Києва, а хоче бути у містах в осаді до приходу государевих багатьох ратних людей». Водночас зазначалося, що серед козаків спостерігаються хитання[284].