Второй этап начался в 1958 г. Здесь прежде всего следует отметить К. П. Флоренского, ученика академика В. И. Вернадского. Именно под руководством Флоренского в 1958, 1961 и 1962 гг. были проведены экспедиции АН СССР в район падения ТМ.
Экспедиция 1958 г. обследовала обширный район лесовала и составила его карту. При этом ни в Южном болоте, ни в других местах не были обнаружены метеоритные кратеры. Окончательно была установлена термокарстовая природа воронок. Найденные в пробах почвы металлические вкрапления уже не приписывались метеориту: такие шарики были обнаружены и под Москвой, и под Ленинградом, и в Антарктиде, к даже на дне океана. Это, как выяснилось, была обычная космическая пыль или фрагменты земного происхождения.
Все данные экспедиции Флоренского свидетельствовали о том, что метеорит не достиг земной поверхности, а взорвался в воздухе. Не обнаружив в районе катастрофы метеоритного вещества, эта экспедиция установила совершенно новое явление — аномально быстрый прирост деревьев.
За дело взялись молодые ученые. Молодежь уже не могла удовлетворяться пассивными обсуждениями известных материалов и выдвижением умозрительных гипотез. Именно поэтому группа научных работников, аспирантов и студентов томских вузов решила предпринять экспедицию в районе тунгусской катастрофы. Руководителем этой группы был физик и врач Г. Плеханов.
После длительной подготовки 10 парней и 2 девушки 30 июня 1959 г. Впервые прибыли на место катастрофы. Этот день стал датой рождения КСЭ. Первая экспедиция КСЭ была и самой многоплановой: Шло изучение вывалов леса и района пожара, искали вещество, проводили магнито- и радиометрическую съемку. Последнюю особенно активно вела группа А. Золотова, геофизика из Башкирии. Скажем сразу, исследования не увенчались успехом, но этой экспедицией были заложены принципы работы, направления поисков, которые углубляются и развиваются до сегодняшнего дня. КСЭ объединяет и координирует сегодня усилия всех, кто занимается в нашей стране ТМ. «Фактически это неформальное учреждение, которое выполняет крупную межведомственную программу по данной проблеме», — считает руководитель КСЭ Н. Васильев.
Успешно продолжила КСЭ свои работы ив 1960 г. Параллельно с ней работали Экспедиция молодых инженеров из КБ С. Королева, в состав которой входил будущий космонавт Г. Гречко, а также группа Золотова. Программу работ которой поддержали академики Л. Арцимович, М. Келдыш, Е. Федоров и др. С этого же года в проведении исследовательских работ КСЭ начале активно помогать Сибирское отделение АН СССР.
В 1961 и 1962 гг. на место падения ТКТ Академией наук были направлены новые экспедиции, руководителем которых был Флоренский. Участники КСЭ совместно работали с этими экспедициями по единой согласованной программе.
Основными результатами исследований этого периода (1958–1962 г. г.) являлись:
— определение площади сплошного вывала леса;
— составление карт района вывала леса) области лучистого ожоги зоны «телеграфного леса», границ лесного пожара;
— подтверждение ранее сделанных выводов об отсутствии в данном районе метеоритных кратеров и железных осколков метеорита;
— изучение мутации (изменения) растительности и ускоренный рост леса.
Второй этап исследований ТМ (1958–1962 гг.) позволил воссоздать физическую картину тунгусского взрыва, но две важнейшие проблемы — механизм разрушения и состав ТКТ — остались нерешенными.
Третий этап исследований длился с 1964 по,1969 г. За этот период были разработаны более оперативные и точные методы выделения космического вещества (метеорной пыли) из различных природных объектов, проведены серьезные теоретические исследования и модельные опыты.
В 1965 г. было высказано предположение, что вывал леса в районе падения метеорита обусловлен не только взрывной, но и баллистической волной. Это обстоятельство привело, в частности, к появлению разнообразных работ как поисковых в тунгусской тайге, так и экспериментально-теоретических в лабораторных условиях. Полевые исследования, не прекращавшиеся из года в год, расширили и уточнили, например, представления об энергии световой вспышки Тунгусского взрыва и его ударных воздействиях. Все это создало в итоге предпосылки для четвертого (с 1969 г.) этапа, когда на первый план выдвинулись поиски, сбор и анализ мелкораздробленного вещества метеорита, а также обобщение и синтез данных о физике тунгусского взрыва. Нужно сказать, что этот этап практически продолжается и по настоящее время.