В приграничных военных округах армейское командование неуклонно исполняло постоянно поступающие сверху указания не поддаваться на провокации (за что и поплатилось после начала боевых действий). Однако на Северном флоте такой самоуспокоенности не было, тем более что гитлеровцы и сами не особо скрывали свои намерения.
Уже в январе 1941 года североморские разведчики выявили сосредоточение германских штабных радиостанций в районах Кеми, Рованиеми, Коккола, Соданкюля, Камиярви, Котала и еще восьми приграничных пунктах. Наша воздушная разведка отмечала усиление морских грузоперевозок из Германии в порты Финляндии и Северной Норвегии. А в апреле 1941 года командующий Северным флотом контр-адмирал Арсений Головко получил к немедленному исполнению сразу три важных распоряжения Наркома ВМФ адмирала Николая Кузнецова.
Первой пришла шифрованная телеграмма о пресечении возможных провокаций, диверсий, поджогов военных объектов и внезапных нападений на базы, аэродромы, склады. Особое внимание уделялось несению вахты на постах средств наблюдения и связи (СНиС) и воздушного наблюдения, оповещения, связи (ВНОС).
Новая шифротелеграмма от 29 апреля предписывала «во всех случаях появления над нашей территорией неизвестных и иностранных самолетов использовать в полной мере зенитную артиллерию и истребительную авиацию с задачей принудить самолет к посадке или уничтожить». На следующий день поступила директива Наркома ВМФ о строительстве убежищ 2-й категории для обеспечения коллективной защиты сотрудников штабов, учреждений, рабочих заводов и предприятий от средств поражения в условиях воздушного нападения.
В штабе Северного флота начали внимательно изучать ранее незамеченную работу военно-морского теоретика Третьего рейха капитана-цур-зее П. Эберта, который еще в 1936 году рассматривал арктические моря как будущий театр военных действий. В этом исследовании, в частности, отмечалось, что «развивающееся судоходство по Северному морскому пути включается в общую систему народного хозяйства России, увеличивается ее уязвимость». Особо подчеркивалось, что здешний короткий судоходный период способен создавать обусловленные временем сильные заторы в судоходстве. А прибытие советских караванов к трем узким проливам Новой Земли на западе и Берингову проливу на востоке можно рассчитать заранее не только за несколько дней, но и за несколько недель. Такие расчеты обещали противнику СССР богатую и легкую добычу.
В мае-июне 1941 года североморские разведчики отметили появление в Северной Норвегии 1-го отряда 26-й эскадры самолетов-торпедоносцев типа Не-111, 406-й группы морских разведчиков тина Не-115, Do-18, 906-й группы морских разведчиков типа Do-16, до шести отрядов из 40-й эскадры дальних бомбардировщиков типа Не-111.
Посты наблюдения и связи Северного флота 17–19 июня 1941 года неоднократно отмечали появление немецких самолетов над главной базой Полярное. После обстрела огнем зенитных батарей самолеты-разведчики улетали курсом на норд-вест.
По сообщениям капитанов советских судов, шедших вокруг Скандинавского полуострова и посещавших Варангер-фиорд, начиная с конца мая в Киркенес, Вардё и Вадсё ежедневно стали приходить по три-четыре транспорта с войсками, вооружением, боеприпасами и продовольствием. Моряки стоявших в Лиинахамари советских судов отметили, что еще 18 июня немцы начали насильственную эвакуацию гражданского населения и запретили местным рыбакам любые выходы в море. Следующей ночью все советские пароходы, стоявшие в Девкиной заводи, были захвачены немецкими горными стрелками, а экипажи — интернированы.
В разведотделе и штабе Северного флота ждали приказа о приведении флота в повышенную готовность. Но его все не было. Обстановка становилась все более напряженной и тревожной. В этих условиях контрадмирал Арсений Головко, правильно оценив поступающую от флотских разведчиков информацию, своевременно среагировал на опасность надвигающейся войны.
В ночь на 19 июня командующий отдал приказ по флоту о рассредоточении подводных лодок типа «Щ» и «М». В 17 часов 19 июня по Северному флоту была объявлена оперативная готовность № 2, в дозор вышла подводная лодка М-176, а на линиях мыс Сеть-Наволок — остров Кильдин и остров Торос — мыс Ретинский были выставлены сторожевые дозоры.