Согласно плану «Барбаросса» первоочередной задачей морских сил Германии было содействие вермахту в захвате всей Прибалтики и соединении с финской группировкой войск, с обеспечением при этом полного господства на всей акватории Финского залива. Планировалось также содействие с моря германо-финско-норвежским частям при захвате Мурманска и Полярного. Еще до нападения на СССР германское командование начало создавать на Черном море военно-морскую группировку из доставляемых по Дунаю и железной дороге своих небольших кораблей, а также из имеющихся у Румынии и Болгарии ВМС. Перспективной задачей этих сил при содействии Люфтваффе было уничтожение на Черном море ВМС СССР и недопущение туда английских сил. Этим обеспечивались бы морские перевозки из района Босфора до Кавказского побережья с тем, чтобы достичь выхода к Каспийскому морю, а затем через Иран в Индию.
Приказ о переходе на готовность № 1 дошел до боевых сил ВМФ своевременно и в первый день войны потери их были минимальными. С первых же дней войны деятельность отечественного ВМФ была сосредоточена в прибрежной зоне, для чего, прежде всего, были необходимы малые корабли и боевые катера (сторожевые, противоминные, ударные), в которых сразу же стала ощущаться острая необходимость. Использование же больших и даже средних кораблей было ограничено активностью авиации противника и они вынуждены были отстаиваться в базах под защитой ПВО последних. Тяжелый урок по противодействию новой немецкой военно-морской технике получил советский ВМФ во время Таллиннского перехода 28–30 августа 1941 г., закончившегося гибелью и повреждением большого числа боевых кораблей и транспортов. К концу лета 1941 г. положение Балтийского и Черноморского флотов усложнилось в связи с потерей ряда баз, кораблестроительных и ремонтных центров. Таллин, Либава, Выборг, Одесса, Николаев, Херсон, Киев, а затем и Севастополь, Феодосия и Керчь. С лета 1941 г. ВМФ и НКСП на судостроительных заводах Ленинграда, Молотовска, Горького, а также на дооборудованных верфях Наркомречпрома начали реализовываться новые кораблестроительные программы.
В соответствии с ходом военных действий на советско-германском фронте, задачами ВМФ, прежде всего, являлись содействие сухопутным силам, т. е. поддержание благоприятного для них оперативного режима со стороны водных рубежей, уничтожение с морских направлений живой силы, военной техники и инженерных сооружений противника, оборона своих военно-морских баз, портов, островов и участков побережья, способствование захвату и захват с моря перечисленных объектов противника, набеговые операции, высадка десантов, форсирование водных преград, обеспечение перевозок по морским, озерным и речным коммуникациям личного состава, военной техники и народно-хозяйственных грузов, а также переправа их через водные рубежи.
Помимо перечисленных выше задач с начала войны Северному и Черноморскому флотам, Балтийскому с 1944 г., а Тихоокеанскому со второй половине 1945 г. пришлось вести также боевые действия на внешних коммуникациях, а также конвойную и сторожевую службу.
Итоги деятельности ВМФ за период ВОВ сводятся к следующему:
В начальный период войны силы ВМФ содействовали сухопутным войскам в обороне Либавы, Таллина, Моонзундских островов, полуострова Ханко, Кронштадта, Ленинграда, Североморска, Мурманска, Полярного, полуостровов Рыбачий и Средний, Одессы, Севастополя, Керчи, Новороссийска и Сталинграда. Летом 1941 г. ВМФ обеспечил советской авиации возможность бомбежки Берлина, т. к. доставляли самолеты-бомбардировщики на кораблях в пункт, с которого самолеты могли осуществлять бомбежки.
За время ВОВ речными флотилиями было переправлено по водным рубежам более 2,5 млн. человек с вооружением, снаряжением и военной техникой. Перевозки по водным акваториям составили свыше 100 млн. т. войсковых и народно-хозяйственных грузов. Было высажено 113 десантов оперативного и тактического масштаба общей численностью 230 тыс. человек. Подводные лодки совершили свыше 1000 боевых выходов, в ходе которых потопили около 160 транспортов противника и 35 кораблей охранения общим водоизмещением около 465 тыс. тонн.