Давайте вернемся к геномам всё тех же живых созданий, которых я уже озвучил выше: Николь Кидман, шимпанзе, кролик, колибри, лягушка.
Допустим, мы анализируем эти геномы по степени их схожести друг с другом и видим, что больше всего геном Николь Кидман походит на геном шимпанзе. На втором месте (после шимпанзе) сходны с генами Николь Кидман – гены кролика. На третьем месте (уже серьезно непохожи, но некоторое сходство всё же определенно угадывается) – гены колибри. И наконец, меньше всего гены Николь Кидман похожи на гены лягушки.
Но самое главное, что примерно то же самое видно даже по синонимичным заменам. Например, между генами Николь Кидман и шимпанзе – даже синонимичных замен – раз-два и обчёлся. А вот между генами Николь и кролика – синонимичных замен уже гораздо больше. Наиболее правдоподобным объяснением для таких фактов, действительно, является эволюционное объяснение. Что и Николь Кидман, и шимпанзе, и кролики имели в прошлом некоего общего предка. Но потом линия, которая в итоге привела к Николь Кидман, разошлась с линией кроликов. Причем разошлась уже сравнительно давно. А вот с линией шимпанзе – совсем недавно. Настолько недавно, что даже синонимичные замены еще не успели как следует «набежать» в эти два генома.
В итоге я, допустим, соглашаюсь, что постепенно убывающее сходство геномов свидетельствует в пользу эволюции от общего предка. То есть, озвученные факты лучше всего объясняются тем, что линия, породившая (в конце концов) Николь Кидман, отделилась от линии, приведшей к древесной лягушке – когда-то очень давно. Много-много миллионов лет назад. И за это время и в геноме Николь Кидман, и в геноме лягушки накопилось много случайных мутаций. Поэтому исходные (когда-то) гены стали теперь почти непохожими.
А вот от линии колибри, линия предков Николь Кидман отделилась уже позже, поэтому и гены сохранили более высокую степень сходства. От кроликов – еще позже, следовательно, и гены отличаются меньше. И наконец, линия Николь Кидман отделилась от линии шимпанзе совсем недавно (согласно современным представлениям, примерно 6 млн. лет назад). Поэтому гены Николь Кидман и шимпанзе имеют так много общего – случайные мутации еще почти не успели «испортить» исходно единый генетический «текст», который имелся у недавнего общего предка Николь и шимпанзе.
Итак, эта (гипотетическая) ситуация четко демонстрирует нам убывающее сходство геномов и доказывает, что Николь Кидман произошла (в конечном итоге) от какой-то древнейшей лягушки.
К сожалению, в реальности всё обстоит далеко не так радужно, как это описывают верующие дарвинисты – «убывающее сходство» часто не хочет красиво убывать, а вместо этого выписывает удивительные «зигзаги», которые на языке современной генетики называются филогенетическими конфликтами. «Филогенетические конфликты» – это такие факты (из той же молекулярно-генетической области), которые не укладываются в принятые эволюционные схемы, а наоборот, противоречат этим схемам (см. ниже).
Кроме того, необходимо отметить, что «нейтральные» мутации, возможно, не так нейтральны, как о них принято думать. Удивительно, но даже синонимичные замены (о которых я уже немало написал выше) могут быть вовсе не нейтральными, а иметь вполне определенный биологический смысл. На такую возможность указывает целый ряд биологических открытий.
Например, в работе (Cuevas et al., 2002) было показано, что синонимичные замены, скорее всего, играют какую-то биологическую роль. Правда, показано это было косвенно, но зато вполне наглядно. В этой работе разные линии вирусов независимо «содержались» в одних и тех же условиях среды на протяжении ряда поколений. И в результате, в разных линиях вирусов стала наблюдаться повторяемая картина одних и тех же генетических изменений («конвергенция» по выражению авторов). В том числе, и синонимичных замен. Естественно, авторы сделали вывод, что такая закономерность указывает на какую-то биологическую роль синонимичных замен. При этом авторы сослались еще и на другие научные работы с аналогичными результатами.
Вообще, было уже давно замечено, что в геномах разных организмов может иметь место «перекос» в пользу того или иного синонимичного кодона (см. например, Grantham et al., 1980; 1981). Что было бы невозможно, если бы кодоны были равнозначны. Ведь тогда бы их замена была равновероятной. Следовательно, в этом «перекосе» имеется какой-то биологический смысл.