В то же время Советский Союз не мог мириться с научными идеями (или даже спорами), которые грозили подорвать фундаментальные посылки коммунистической пропаганды. Более того, сам Сталин, не имевший никакого научного образования или опыта, принимал активное участие в научных дебатах и диктовал «правильные» выводы из многих научных аргументов. В 1920-е годы Россия столкнулась с сельскохозяйственным кризисом, а в 1928 году пропагандистская машина ухватилась за молодого русского земледельца Трофима Лысенко.
Лысенко происходил из бедной семьи, был энергичным молодым оратором и проникся советским идеологическим посылом о скромных людях, преодолевающих укоренившийся истеблишмент. В то время как остальной мир исследовал и развивал дарвиновские теории случайных мутаций и естественного отбора, Лысенко выдвинул теорию, которая была ответвлением теории Ламарка.
В защиту ламаркизма следует сказать, что это совершенно логичная теория, полученная путем ретродукции и полностью соответствующая системе знаний о биологии того времени. Жан-Батист Ламарк, французский натуралист, предположил, что поведение организма может направленно влиять на черты, унаследованные при рождении. Это резко контрастировало с дарвиновским мировоззрением, согласно которому популяции различаются случайными генетическими вариациями, а те вариации, которые наиболее успешно воспроизводятся (в данной среде), становятся преобладающими формами. В теории Дарвина вы рождаетесь с определенными наследственными вариациями, которые дадут вам преимущества или недостатки на всю оставшуюся жизнь. По мнению Ламарка, вы можете изменить структуру своего организма в течение жизни, в зависимости от того, как будете вести себя и с чем столкнетесь.
Лысенко категорически отвергал существование генов и утверждал, что он может резко повысить урожайность и даже превратить одно растение в другое в зависимости от условий, в которых оно произрастает. Лысенко изображали для советских людей героем. В 1935 году Сталин предоставил Лысенко широчайшие полномочия для дискредитации любого ученого или кого угодно, кто осмелится противоречить его теориям. Никакие исследования не допускались, а идеи не могли быть безнаказанно озвучены, если они противоречили представлениям Лысенко. Ему удалось дискредитировать своих научных оппонентов и сместить их с академических должностей. Тысячи его противников были заключены в тюрьмы, а в некоторых случаях казнены.
Лысенко был волком в овечьей шкуре с точки зрения научного диалога или какой-либо науки вообще. Хотя он обернул себя в атрибуты научной легитимности, его научный режим был яркой демонстрацией того, почему непогрешимые авторитеты и запрет подвергать их сомнению абсолютно неприемлемы для любых значимых научных исследований. К 1948 году лысенковщина стала официально поддерживаемой Советским государством теорией, а преподавание любой другой формы биологии осуждалось как подрывная деятельность и антимарксистский заговор. Эти запреты в конечном итоге распространились на многие страны Восточного блока; тем временем в остальном мире генетика быстро прогрессировала, и Советский Союз остался позади. После смерти Сталина Лысенко постепенно терял свое влияние, хотя преемник Сталина сохранял приверженность ламаркизму. Лысенко все больше скатывался к обочине науки, поскольку оппоненты осмелели и могли говорить, не подвергаясь преследованиям. Однако только в 1960-х годах советские генетики смогли, наконец, свободно заниматься научными теориями, отличными от лысенковщины.
Несомненно, авторитарные общества могут поощрять технологическое развитие, но указания центральной власти о том, какие идеи являются «правильными», а какие «ошибочными», несовместимы с современной наукой. Хотя такой подход действительно приводит к формированию совокупности «знаний», он является извращением того, чем является наука в свободных обществах. Лысенковщина служит классическим примером извращения науки авторитарным режимом, но стоит отметить, что попытки подменить научные методы государственной властью неоднократно случались в обществах, которые обычно считаются более свободными. Например, в Соединенных Штатах много раз предпринимались попытки принять законы, объявляющие преподавание эволюционной биологии преступлением. Обучение эволюции было незаконным в Арканзасе до 1968 года (Эпперсон против Арканзаса). Точно так же религиозные консерваторы категорически возражают против преподавания археологии и геологии, потому что их теории противоречат словам Священного Писания о том, что Земле около 6000 лет, как сказано в Библии. Это не меньшее подчинение свободных дебатов абсолютному авторитету, чем лысенковщина. Библия — это, по сути, аргумент в стиле «потому что я так сказал». Печально (но предсказуемо), что эти попытки продолжаются до сих пор. Обновленная позиция противников преподавания эволюции в государственных школах основана на том, что наряду с эволюцией в качестве конкурирующей научной теории следует преподавать разумный замысел (креационизм). На самом деле нет ничего плохого в заявлениях о том, что Библия верна. Это просто правильный научный процесс — выдвигать альтернативные теории и оценивать их с точки зрения соответствия наблюдениям за миром природы. Проблема не в том, чтобы выдвигать аргументы за или против чего-либо, проблема в попытках заткнуть рот сторонникам иной точки зрения (например, объявить преступлением их высказывания или преподавание конкурирующих теорий) и настаивать на единой точке зрения, основанной на власти или авторитете.