Агрофитоценология уходит истоками в те древние времена (историки датируют их отдаленность от наших дней двадцатью тысячами лет), когда по крохотным "полям", разрыхленным острой палкой, ходил одетый в шкуры и изрядно обросший предок современного агронома. Однако и перед ним стояли примерно те же вопросы, что и перед современным элегантно одетым дипломированным специалистом сельского хозяйства:
1. Какие виды отобрать из дикой флоры для создания посева?
2. Какие растения этих видов отбирать на семена?
3. Сколько растений высевать, в какие сроки?
4. Высевать ли полезные виды порознь или в смесях?
5. Как быть с сорняками, насекомыми, вредителями, болезнями?
6. Как восстанавливать плодородие почвы?
Кроме того, естественно, стоял и ряд более частных вопросов: на какую глубину и какой конструкцией палки (и ее потомков — лопат, мотыг, сох, плугов, культиваторов, плоскорезов и т. д.) обрабатывать почву, на какую глубину помещать в почву семена и т. д.
Отвечать на эти вопросы чисто агрономически, т. е. только исходя из особенностей культурного растения, было невозможно, так как за ними стояла фитоценология — отношения между особями внутри популяции культурных растений, отношения между популяциями культурных и сорных растений и, наконец, экология как общее представление об экосистемах.
Степень экологичности земледелия за двадцать тысяч лет его истории можно изобразить U-образной кривой. Вначале человек шел по стопам самой природы и стремился создавать пашенные сообщества в соответствии с ее законами. Раннее земледелие было достаточно экологичным — культурные растения и по своим свойствам и по условиям произрастания были близки к своим диким предкам. Наряду с нужным человеку свойством R (хотя, строго говоря, искусственный отбор стимулировал не то свойство, которое формирует природа: отбирались растения не с большим числом, а с большой массой семян) первые культурные растения сохраняли в себе также способность к конкурентному подавлению сорных компонентов (К) и к неблагоприятным условиям среды (S). Популяции культурных растений в это время были внутренне гетерогенны и, таким образом, способны к внутрипопуляционной дифференциации ниш, повышающей устойчивость посевов к колебаниям условий среды. В это гремя чаще выращивалась смесь культур. Профессор В. В. Туганаев, один из наиболее авторитетных современных советских агрофитоценологов, пишет, что еще двести лет назад в умеренной полосе России выращивалась смесь злаковых культур (по преимуществу выращивались "кашные" культуры: просо, полба-двузернянка, а рожь и пшеница были для них сопутствующими, дополняющими культурами, спасавшими урожай в годы с неблагоприятным климатом). Монокультуры ржи, пшеницы, проса и т. д.- следствие перехода к товарному капиталистическому производству. Сорные компоненты в это время были постоянными и достаточно обильными спутниками культур, но они, несколько снижая урожай, играли и положительную роль — осуществляли обмен минеральными элементами поверхностных слоев почвы с более глубокими горизонтами, куда проникают их корневые системы, принимали на себя удар многих насекомых-вредителей, отвлекая их от культурных растений, создавали в почве благоприятную биологическую среду для развития организмов, разрушавших пожнивные остатки и возвращающих минеральные элементы в почвенный раствор. В тропических странах, где выращиваются по преимуществу крупные растения: кукуруза, сорго, соя и т. д., сорные растения надежно защищали почву междурядий от эрозии в периоды тропических ливней.
В это время не возникало особых проблем с восстановлением почвенного плодородия, так как система была залежно-переложной. После того как участок использовался несколько лет под пашню и урожаи снижались, его забрасывали, он зарастал естественной растительностью (как правило, лесом) и его плодородие восстанавливалось. Таким образом, все системы земледелия, начиная от периода "агрономии в шкурах" и вплоть до начала развития капитализма, были в какой-то мере экологичными и в свойствах нашейной растительности ощутимо проглядывала ее внутренняя связь с принципами организации естественных растительных сообществ.
В период появления "индустриального сельского хозяйства" с его колоссальными вложениями энергии, батареями химических средств поддержания плодородия почвы и защиты растений от сорняков, насекомых-вредителей и болезней, ирригационной техники положение в корне изменилось. Человек почувствовал себя властелином природы и в опьянении этой иллюзией стал создавать систему, которая от начала и до конца была антиэкологичной. По этой причине последние двести лет были периодом экологических ошибок и лишь совсем недавно, всего 10-20 лет назад, наконец наступил период экологического протрезвления. Стало очевидным, что запасы энергии не беспредельны и, кроме того, каждая новая тысяча калорий — это новое загрязнение среды. Высокопродуктивные монокультуры на обогащенных удобрениями и поливом почвах с подавленными сорными растениями оказались настолько капризными и неустойчивыми, что любая оплошность делала их объектом нападения болезней и вредителей. Эти "капризные неженки" были не способны противостоять колебаниям климатических условий, и, лишенные внутрипопуляционной гетерогенности и потому однородные, как полки полиэтиленовых наштампованных солдатиков, такие популяции разом гибли. Сорные растения, напротив, все более изощренно адаптировались к любым мерам борьбы с ними — развивали банки гетерогенных семян, которые могли постепенно всходить десятки лет (а банки эти поразительно богаты и включают многие миллионы и даже миллиарды семян на 1 га). Это нетрудно представить себе, если знать о тех рекордах R-стратегии, которые достигаются сорными растениями. Например, одно растение дескурайнии Софии способно дать до 1 млн семян.