Рапорт советского военного атташе в Риге от 23 ноября 1939 года иллюстрирует, какой сложной была эта операция для Красной Армии. Латвийские военные, ответственные за ведение дел с советскими войсками по проблемам в гарнизонах, были настроены недружелюбно и отказывались от сотрудничества. Старшие латвийские офицеры выражали надежду, что советское присутствие будет кратковременным. Такое отношение приносило вред всем сторонам деловых связей с Красной Армией [57].
Подобное отношение к советским гарнизонам существовало в каждой Прибалтийской стране. Пока шла «Зимняя война» с Финляндией, Сталин мог мало что сделать. Однако к середине 1940 года Советское правительство было готово приступать к выполнению последней стадии своего плана по ликвидации независимости Прибалтийских государств. Обвиняя их руководство в совместном заговоре с целью создать антисоветский военный союз, СССР потребовал отставки правительств и дополнительного приема советских войск для размещения вблизи всех главных городов.[58]
19 июня 1940 года Проскуров распространил по подразделениям разведывательное донесение, в котором указывалось на увеличение германских вооруженных сил вдоль восточнопрусско-литовской границы после введения дополнительных советских войск в Прибалтику. Через два дня новый нарком обороны Тимошенко получил взволнованную, написанную от руки докладную записку от командующего Белорусским особым военным округом генерал-полковника Д. Г. Павлова. После заявления о том, что невозможно разрешить подразделениям литовской, латвийской и эстонской армий оставаться вместе, Павлов рекомендует разоружить все три армии, а оружие вывезти в Советский Союз, либо «после чистки офицерского состава и укрепления частей нашим комсоставом ‹…›, использовать для войны возможно против афганцев, румын и японцев, но не в Белорусском особом военном округе ‹…›. Считаю необходимым разоружить латышей полностью». После того, как с армиями будет покончено, немедля разоружить все население всех трех стран. «За несдачу оружия расстреливать», — добавляет он. «Особый военный округ готов помочь в проведении этих мер», — писал Павлов, но просил, чтобы приказ об этом «был дан за 36 часов до начала акции». Нет никаких данных о каком-либо ответе Тимошенко.
В то время реакция Павлова на проблемы, вызванные интеграцией армий Прибалтийских стран в Красную Армию, могла показаться преувеличенной, но вскоре сбылись его самые худшие опасения: литовские части на левом фланге Западного фронта взбунтовались и стали помогать наступающим немецким войскам. [59]
К 6 августа 1940 года Верховный Совет признал вхождение Прибалтийских государств в СССР, а 17 августа нарком Тимошенко приказал сохранить на один год существующие армии Литвы, Латвии и Эстонии, очистив их от неблагонадежных элементов. Затем армия каждой республики будет преобразована в корпус в составе РККА. Этот процесс «советизации» военной и гражданской жизни вызывал гнев даже политически умеренных лиц во всех трех странах [60] Но советская контрразведка, казалось, была более озабочена опасностью шпионажа происходившего от присутствия Германской репатриационной комиссии и других организаций, к которым принадлежали ожидающие репатриации немцы. К началу апреля 1941 года стало ясно, что эти немцы пытаются объединить латвийских националистов, создавая группы, известные как «Защитники Латвии» ‹«Тевияс саргс»›, с целью терроризировать латышей, сотрудничающих с советской администрацией. Немцы также снабжали группы оружием и снаряжением для использования против гарнизонов Красной Армии. [61] 3 мая НКГБ Литовской ССР раскрыла в Каунасе германскую разведывательную группу, имеющую радиопередатчик, которая поддерживала радиосвязь со Штеттином, где дислоцировался центр Абвера по подготовке агентов для диверсионных операций в Прибалтике. Руководителем радиостанции в Каунасе был бывший офицер литовской армии. Понятно, что хотя литовское националистическое подполье могло разрастаться медленно, его ярость раздувалась репрессивными мерами советских органов. По сообщению НКГБ, между июлем 1940-го и маем 1941 года им было раскрыто и ликвидировано семьдесят пять нелегальных антисоветских организаций, все из которых имели задания к подстрекательству восстаний против Советского правительства, как только начнется война между Германией и СССР. Среди националистов было много различных группировок, но в январе 1941 года все они объединились в организацию «Литовский союз активистов». [62]