К 16 мая 1941 года Советские власти были в отчаянии. Центральный Комитет ВКП(б) и Совет Народных комиссаров издали указ «О мерах по очистке Литовской, Латвийской и Эстонской ССР от антисоветских, уголовных и социально опасных элементов». Указ перечислял категории лиц (и членов их семей) — «значительное число бывших членов различных контрреволюционных, националистических партий, бывших полицейских, жандармов, землевладельцев, фабрикантов, крупных чиновников бывших правительственных аппаратов Литвы, Латвии и Эстонии, а также других лиц, занимающихся подрывной антисоветской деятельностью и используемых иностранными разведками для шпионских целей» — которые подлежали тюремному заключению, ссылке и конфискации имущества, а так же определял процедуры, которые должны были быть для этого использованы, и конкретизировал места нахождение лагерей и пунктов ссылки. Вся операция должна была быть выполнена за три дня, под наблюдением народного комиссара государственной безопасности В. Н. Меркулова, его заместителя И. А. Серова и заместителя комиссара внутренних дел B. C. Абакумова. Говорят, что даже в то короткое время до германского вторжения, Сталин сумел депортировать тысячи людей, достигающих четырех процентов населения Эстонии и двух процентов населения Литвы и Латвии. [63]
Тем не менее, ему не удалось истребить все остатки литовского национализма. 27 мая НКГБ Литовской ССР подготовило материалы по группе, называющей себя «Литовским легионом». Предвидя надвигающееся нападение Германии на СССР, эта группа поставила целью «поднять восстание в тылу Красной Армии и развивать диверсионно-подрывную работу по взрыву мостов, разрушению железнодорожных магистралей, нарушению коммуникаций». В докладе НКГБ от 10 июня сообщается о «Гвардии обороны Литвы», которая искала возможности объединения литовцев вокруг идеи государственной независимой. Группа инструктировала своих членов, что сигналом к национальному восстанию будет момент, когда Германия пересечет границу Литовской ССР; в ее задачи будет входить «арест комиссаров и коммунистических активистов, захват центров Коммунистической партии без уничтожения их архивов, остановка депортации, приводить железнодорожные пути и шоссейные дороги в тылу советских войск в непригодное состояние и, наконец, в случае помощи Литовского корпуса (Красной Армии), разоружать советские войска и создавать панику». Другое сообщение о «Гвардии» и так называемых «Диверсантах» было послано в Москву оперативной группой НКГБ СССР, работающей в Литве; они описываются как готовящиеся оказывать вооруженную помощь германским войскам, которые нападут на СССР. НКГБ Литовской ССР намеревался арестовать 24 членов этих организаций и запросил Москву прислать группу «квалифицированных следователей». Интересно, удалось ли это сделать до 22 июня? [64]
Не только враждебность населения областей, присоединенных Советским Союзом в 1939 — 1940-х годах, создавала напряженность для Красной Армии. Сказывалось и отсутствие хорошо развитой военной инфраструктуры того типа, который существовал вдоль старой границы. Удовлетворение требований полностью отмобилизованной армии означало улучшение шоссейных и железных дорог, коммуникаций и сооружение аэродромов, полигонов, казарм, ремонтных мастерских, госпиталей, складов, нефтехранилищ и т. д. Ценой огромных расходов, эта работа велась безостановочно в течение 1930-х годов в Киевском и Белорусском особых военных округах, а также на Дальнем Востоке — свидетельством того, что Германия и Япония воспринимались как потенциальные противники. После расширения территорий в 1939–1940 годах советские западные границы отодвинулись на 400 километров. Военная инфраструктура, которую многие годы создавали вдоль старой границы, оказалась потерянной. Пропускная способность дорожной сети требовала увеличения, а железные дороги нуждались в расширении, чтобы соответствовать более широкой русской колее. Хотя существующие сооружения, такие как казармы или склады, могли быть приспособлены для военных нужд, многое должно было быть построено на пустом месте. Самой большой проблемой было полное отсутствие укреплений, подобных известной «Линии Сталина», сооруженной вдоль старой государственной границы.