Еще в 1937 году террор против партийных функционеров, заподозренных в оппозиции Сталину, распространился и на Красную Армию. Предположительно, что действия Сталина необходимые для того, чтобы избежать создания «пятой колонны» в случае войны, имели следствием не только потери высшего командного состава — такого как маршал Михаил Николаевич Тухачевский, но и резко сократили ряды офицерского корпуса на всех уровнях. Тысячи офицеров с боевым опытом и с высшим образованием были расстреляны, отправлены в ГУЛАГ или уволены со службы. Эти действия не закончились в 1938 — 39 гг., но продолжались до первых дней германского нашествия. Аресты и казни на этой более поздней стадии были направлены в большей мере на руководящий состав авиационной промышленности и технических специалистов Воздушных Сил Красной Армии, которые были сделаны «козлами отпущения» за провал сталинской системы развития эффективных ВВС.
Другая группа, попавшая в опалу в мае — июне 1941 года, — это ветераны испанской гражданской войны. Бывшие советники республиканского правительства, они были возвращены в Москву под предлогом замены офицеров, попавших ранее в «чистку». Многие из них получили повышения в званиях в Красной Армии. Тем не менее, они выражали независимость суждений, что Сталин допустить не мог. Этих награжденных ветеранов пытали, а потом по настоянию Сталина, казнили без суда, лишив советские войска единственных кадров, имевших действительный опыт сражения с немцами.
Решение Сталина заключить пакт о ненападении с Германией с секретными протоколами, дал возможность СССР отодвинуть свои западные рубежи за счет разгромленной Польши, заложить основание для вхождения Прибалтийских государств в состав СССР и получить территорию в Румынии. Но это расширение обошлось дорого. Вместо улучшения, оборонительное положение Советского Союза оказалось подорвано. Советы получили озлобленное враждебное население, которое снабжало германскую разведку готовым пополнением для ведения подрывной работы накануне вторжения. С военной точки зрения, эти операции наносили разрушение советским коммуникациям и транспорту. Полевые укрепления вдоль старой границы, жизненно важные для передовых частей Красной Армии, были разоружены, а новая фортификационная линия вдоль новой границы так и не была создана. В спорах по этому вопросу Сталин настаивал, чтобы первый эшелон был расположен вблизи новой границы, несмотря на отсутствие оборонительных сооружений, что явилось пагубным решением. Он отказался рассматривать оборонительную стратегию, на которой настаивали такие люди как маршал Шапошников, который твердо считал, что советские оборонительные сооружения вдоль старой границы 1939 года, должны сохраниться, обеспечивая таким образом глубину обороны. Говорилось, что Сталин не хотел уступать ни пяди этих новых земель агрессорам из-за своей гордости за отторжение новых территорий на западе. Его главные военные советники не могли изменить это решение. Но была ли гордость Сталина единственной причиной отказа от стратегии «глубоко эшелонированной обороны»?
Существуют и другие возможные объяснения не только его отказа от «глубоко эшелонированной обороны», но и решения заключить пакт о ненападении. Одним из факторов было твердое убеждение Сталина, подтвержденное Судетским кризисом 1938 года, что ни Франция, ни Англия, как капиталистические государства, никогда не будут сотрудничать с Коммунистической Россией в поддержании мира в Центральной и Восточной Европе. Сталин был убежден, что они скорее будут потворствовать Гитлеру, чтобы гарантировать, что он повернет на восток, оставив Западную Европу нетронутой, и даже пойдут так далеко, что присоединятся к Гитлеру в наступлении на СССР. И снова Сталин был неправ в своей оценке — как только Англия объявила войну Германии и Черчилль вошел в кабинет Чемберлена, осталась очень малая возможность, что эти страхи будут реализованы. Сталин знал только, что, начиная с 1920-х годов, Черчилль был непреклонным противником коммунизма, как системы, и полагал, что он охотно поддержит германскую агрессию против СССР. Казалось, что Сталин плохо осведомлен о том упорстве, с которым Черчилль, описывая Гитлера, как главную угрозу британским интересам, пытался убедить последующее Консервативное правительство улучшить оборону Англии в 1930-е годы. Отсутствие у Сталина информированности о сложностях западной политики и наивное, бездумное принятие марксистской догмы, многое объясняет в его нелогичных действиях в международных делах в годы, предшествующие германской агрессии.