В своих научных работах, которые публиковались на протяжении сорока лет, Гук разрабатывал идею основополагающего принципа, который мог бы служить единой основой для развития всей природы. Он называл его «великой единой теорией». Гук считал аксиомой то, что вся природа создана на основе общего принципа, ибо он верил в то, что природа — продукт Божественного разума, а предположить, что Господь был непоследователен или противоречив, разрабатывая и осуществляя великий замысел сотворения мира, было немыслимо. А поскольку человека также сотворил Господь по Своему образу и подобию, то было логично предположить, что человек способен постичь единый принцип, который лежит в основе всего живого. Как сказал однажды Кеплер, «наука думала за Господа Его мысли».
Гук создал свою собственную модель микроскопа. Под ним он исследовал нарезанные скальпелем тончайшие ломтики пробки и сумел разглядеть стенки клеток и пустое внутреннее пространство, которое они окружали. Он назвал эти образования «клетками», от латинского слова «cella», что означает «маленькая комнатка», ибо они напомнили ему монашеские кельи в монастырях. Однако у него не было ни малейшего представления о том, чем же на самом деле они являлись и какую функцию выполняли. Он решил, что это протоки, через которые осуществляется движение жидкостей в растениях.
«Микрография» Гука, в которой содержались первые рисунки клетки, а также зарисовки множества других мельчайших образований, увиденных им в микроскоп, появилась на прилавках книжных магазинов в январе 1665 года. Через шесть лет после публикации записей наблюдений Гука Королевское научное общество в Лондоне получило рукописи от двух других ученых, которые утверждали, что растения состоят из клеток с толстыми стенками. В результате возник спор о том, кто же первым сделал это открытие.
Первым человеком, который сумел увидеть клетку животного, был Антон ван Левенгук. Его и следует называть истинным основоположником исследований при помощи микроскопа. Левенгук был самоучкой — он не учился ни в каком университете, однако стал одним из величайших и наиболее опытных исследователей природы. В 1648 году Левенгук в шестнадцатилетнем возрасте отправился в Амстердам и стал учеником в полотняной лавке. В этой лавке пользовались увеличительными стеклами для того, чтобы сосчитать количество ниток на единицу площади в полотне, — так определяли его качество. На основе увеличительных стекол, которыми пользовались торговцы полотном, Левенгук создал свой первый микроскоп. По-видимому, «Микрография» Гука вдохновила Левенгука на то, чтобы с микроскопом приступить к изучению живых организмов.
Левенгук овладел способами шлифовки линз, которые позволили ему создать микроскоп с увеличением в 300 раз. С его помощью он в 1670 году обнаружил во взятой из пруда воде мельчайшие организмы, которые назвал «анималкулами», то есть «маленькими животными». Эти организмы включали мельчайшие движущиеся образования, состоявшие всего из одной клетки. Однако сам Левенгук еще не понял, что это клетки, — он видел лишь, что они очень маленькие и живые. В изданных в 1683 году «Философских трудах Королевского научного общества» можно увидеть сделанный Левенгуком первый в истории рисунок бактерии.
В 1673 году Левенгук взял на пробу кровь из собственного пальца и увидел, что она состоит из маленьких круглых шариков, которые он назвал «глобулусами». Он решил, что вся живая материя состоит из этих «глобулусов», но это предположение не получило широкого признания, поскольку оказалось, что наблюдения Левенгука мало применимы к монолитным животным тканям. Более популярной стала теория о том, что основным строительным материалом человеческого тела являются животные волокна. В последующие сто лет практически не произошло никакого прогресса в изучении и понимании роли клеток.
В начале XIX столетия многие ученые занялись изучением биологических материалов. В 1820-х годах во Франции ученый Рене Дютроше заинтересовался структурой эмбрионов. Изучая мозг улитки, он ясно увидел его отдельные клетки, поскольку они были весьма велики. Дютроше наблюдал за мельчайшими организмами в неподвижной воде и увидел в микроскоп то, что было уже описано до него Левенгуком. Но Дютроше же заинтересовало постоянное движение этих организмов. Из своих наблюдений он сделал вывод о том, что, возможно, наблюдал прямые проявления той самой знаменитой и ускользающей из поля зрения ученых «жизненной силы». В 1824 году Дютроше написал: «Жизнь, если рассматривать ее с физической точки зрения, есть не что иное, как движение, а смерть — прекращение этого движения». Дютроше считал, что новые клеточные «глобулусы» формируются внутри уже существующих, и не поддерживал идеи спонтанного размножения клеток.