22 апреля произведен пуск по цели КС-10 на дальность 24 км. Скорость катера 20 узлов. В полете произошел отказ маршевого двигателя и РГСН. Точку приводнения ракеты определить не удалось.
После этого пуска Государственная комиссия в связи с большим числом отказов материальной части решила прекратить испытания. Был разработан согласованный с ВМФ план мероприятий по выявлению и устранению причин неполадок работы элементов комплекса. План этот утвердили на заседании Комиссии военно-промышленного контроля при Президиуме Совета Министров СССР за №. 48 от 21 мая 1959 г. Был назначен новый срок окончания испытаний — 30 сентября 1959 г.
В июле 1959 г. испытания возобновились — начался их второй этап.
16 июля 1959 г. проведено сразу два пуска. Первый пуск (ракета № 0103) по неподвижной мишени ЦЛ-61 на дистанцию 21,2 км при скорости катера 28 узлов — достигнуто прямое попадание в борт ЦЛ-61 на 1 м выше ватерлинии и в 7 м вправо от центра мишени. А пуск второй ракеты (№ 0403), произведенный при тех же условиях, только скорость катера составляла 30 узлов, оказался менее удачным. Ракета приводнилась с недолетом перед мишенью. Размер недолета определить не удалось.
30 июля произведен пуск по неподвижной мишени ЦЛ-61 на дальность 26,6 км при скорости катера 24 узла. Ракета прошла над мишенью на высоте Ими 10 м вправо от центра мишени. Зачтено как попадание в «приведенную» цель.
4 августа произведен пуск по движущейся со скоростью 30 узлов мишени КЦ-10 на дистанцию 26,2 км. Скорость катера 28 узлов. Ракета прошла над мишенью на высоте 5,5 м и на 10,5 м вправо от центра мишени. Зачтено как попадание в «приведенную» цель.
6 августа произведен пуск по движущейся со скоростью 29,4 узла мишени КЦ-10 на дистанцию 10,4 км. Скорость катера 28 узлов. Ракета прошла над мишенью на высоте 2,5 м и на 13 м влево от центра мишени. Зачтено как попадание в «приведенную» цель.
15 августа выполнено два пуска. Первый пуск ракетой № 0510 произведен по неподвижной мишени — по цитадели недостроенного тяжелого крейсера проекта 82 «Сталинград» в Каламитском заливе в районе Качи, ближе к мысу Лукулл. Дистанция стрельбы 22 км. Скорость катера 24 узла. Достигнуто прямое попадание в мишень на высоте 1,2 м от ватерлинии и на 1,5 м влево от центра мишени.
Второй пуск был произведен ракетой № 0411 (в боевом варианте) также по цитадели «Сталинграда» на дальность 21,4 км при скорости катера 24 узла. Достигнуто прямое попадание в борт мишени на высоте 2,5 м от ватерлинии и на 10 м влево от центра мишени. Ракета проделала отверстие в броне борта диаметром 40–50 см. Взрыв боевой части произошел внутри мишени.
28 августа была произведена залповая стрельба ракетами № 0311 и № 0110Б в районе Феодосии между мысами Чауда и Опук по неподвижной мишени ЦЛ-61 на дистанцию 22,3 км при скорости катера 28 узлов. Интервал между пусками составил 5 с. Ракета № 0311 попала в борт мишени в самый ее центр. Ракета № 0110Б (в боевом варианте) пролетела над мишенью на высоте 4 м выше ватерлинии и в 10 м вправо от центра мишени и приводнилась в 35 м от мишени.
В результате проведенных пусков (особенно первого) мишень ЦЛ-61 (бывший миноносец «Animoso») затонула спустя полтора часа после пуска первой ракеты.
Далее без перерыва начались совместные испытания комплекса с ракетами П-15, оборудованными тепловой головкой самонаведения.
29 августа состоялся первый пуск ракеты П-15 с тепловой головкой самонаведения (ТГСН). Стрельба велась по неподвижной мишени БРН-21 с тепловым имитатором «Циклон» на дистанцию 20,7 км. Скорость катера 24 узла. Преждевременный переход маршевого двигателя на втором режиме работы привел к приводнению ракеты на 88-й секунде полета в 2,9 км от цели.
8 сентября проведен пуск по той же мишени БРН-21 на дистанцию 19,8 км при скорости катера 20 узлов. Достигнуто прямое попадание в мишень на 73-й секунде полета в 2 м выше ватерлинии и с отклонением 0° от директрисы стрельбы.
17 сентября проведен пуск по мишени БРН-21 на дистанцию 20,9 км при скорости катера 20 узлов. В полете отказала ТГСН, и ракета пролетела мишень на 9,2 км и приводнилась на 95,6 секунде полета.
3 октября проведен пуск по мишени БРН-21 на дистанцию 24,4 км при скорости катера 24 узла. Из-за отказа ТГСН ракета перелетела мишень на 7,1 км и приводнилась на 92-й секунде полета.
8 октября проведен пуск по мишени БРН-21 на дистанцию 22,3 км при скорости катера 24 узла. Достигнуто прямое попадание в мишень на 80-й секунде полета. Ракета попала на 1,1 м выше ватерлинии и влево на 2 м от центра мишени.
9 октября проведен пуск по мишени БРН-21 на дистанцию 28,5 км при скорости катера 24 узла. Из-за неотделения стартового двигателя от корпуса ракеты произошло преждевременно приводнение ракеты на 118-й секунде полета. Недолет до цели составил 6,4 км.