Лоренцо въвел Флоренция в златния век. Но дори в разцвета на Ренесанса, в този град на парадокси и противоречия красотата се смесвала с кръв, цивилизоваността — с варварство. През 1478 година съперничещата банкерска фамилия Паци се опитала да извърши преврат срещу управлението на Медичите. В буквален превод името Паци означава „безумци“ и е било дадено на техен прародител в чест на безумната му храброст в боевете край Йерусалим по време на Първия кръстоносен поход. Семейство Паци са били отличени и с двама свои представители в ада на Данте, който надарил единия с „вълча усмивка“.
В една спокойна априлска неделя неколцина убийци, пратени от Паци, нападнали Лоренцо Великолепни и брат му Джулиано в момента, когато били най-уязвими, по време на приемането на Светото причастие на литургията в Дуомо. Те убили Джулиано, но Лоренцо, намушкан няколко пъти, успял да избяга и да се скрие в църковната ризница. Флорентинците били разгневени от нападението срещу фамилията-патрон и огромна тълпа се нахвърлила върху заговорниците. Единият от лидерите им, Джакопо де Паци, бил обесен от прозореца на палацо Векио, след което голото му тяло било влачено по улиците на града и захвърлено в река Арно. Въпреки поражението фамилията Паци оцеляла и скоро след това дала на света прочутата монахиня-мистичка Мария Магдалена де Паци, която удивлявала хората с възторжените пъшкания и стенания, които издавала по време на молитва, когато била докосвана от Божията любов. През двайсети век се появява и един литературен Паци — когато писателят Томас Харис създава в романа си „Ханибал“, един флорентински полицейски инспектор Паци, който печели слава и известност, разгадавайки случая на Чудовището от Флоренция.
Смъртта на Лоренцо Великолепни през 1492 година, в разцвета на Ренесанса, поставя началото на един от онези кървави периоди, които периодично белязват историята на Флоренция. Един доминикански монах на име Савонарола, който живеел в манастира „Сан Марко“, утешавал Лоренцо на смъртния му одър, но по-късно се обърнал срещу фамилията Медичи. Савонарола изглеждал странно, ходел винаги облечен в кафява монашеска роба и закачулен, бил груб, непохватен и мускулест, с орлов нос и поглед като на Распутин. В църквата „Сан Марко“ той започнал да сипе огън и жупел върху Ренесанса и да проклина декадентството му, обявявайки, че Денят на страшния съд идва и разказвайки виденията си и преките си разговори с Бог.
Посланията му намерили отклик сред обикновените флорентинци, наблюдаващи с неодобрение богатствата на Ренесанса и патроните му, до които така и не се докосвали. Недоволството им се засилило след избухването на епидемия от сифилис, която била донесена от Новия свят. Дотогава Европа не познавала тази болест и тя връхлетяла в много по-опасна форма, отколкото ни е позната днес; тялото на заразения се покривало с гнойни пъпки, кожата провисвала и падала от лицето, болните изпадали в яростна лудост преди смъртта милостиво да ги отнесе. Наближавала 1500 година, която за мнозина предвещавала настъпването на Деня на страшния съд. В тази атмосфера Савонарола намерил отзивчива публика.
През 1494 година френският крал Шарл VIII завладял Тоскана. Пиеро Злочестия, който наследил престола на Флоренция от баща си Лоренцо, бил арогантен и некомпетентен владетел. Той предал града на Шарл при неизгодни условия, без дори да се бие с него, което разгневило до такава степен флорентинците, че те прогонили семейство Медичи от града и ограбили дворците им. Савонарола, който си бил създал огромен брой последователи, се възползвал от вакуума във властта и обявил Флоренция за „християнска република“, като се самопровъзгласил за неин водач. Той веднага наредил содомията, която била популярно и повече или по-малко приемливо занимание в светските среди, да бъде наказвана със смърт. Нарушители и всякакви други грешници били редовно изгаряни на клада на централния площад Пиаца дела Синьора или увисвали на бесилките пред градските стени.
Лудият монах от „Сан Марко“ имал силно влияние над обикновените хора в града и разпалил религиозната им жар. Той ругаел декадентството, невъздържаността и хуманистичния дух на Ренесанса. Няколко години след началото на управлението си той издигнал прочутата Клада на суетата. Изпращал слугите си от врата на врата да събират предмети, които според него били символ на греха — огледала, езически книги, козметика, светска музика и музикални инструменти, дъски за шах, карти, хубави дрехи и светски картини. Всичко това било струпано на Пиаца дела Синьора и подпалено. Художникът Ботичели, който попаднал под влиянието на Савонарола, сам хвърлил много от картините си в кладата. Предполага се, че са изгорели и няколко творби на Микеланджело, заедно с други безценни шедьоври на Ренесанса.