В 1994 г. в ходе очередных выборов к власти в Коломбо пришла левая коалиция Народного альянса, возглавляемая Чандрико Кумаратунгой и выступавшая за мирное урегулирование. Были начаты новые мирные переговоры с ТОТИ, увенчавшиеся подписанием перемирия в январе 1995 г.
Третья война 1995-2001 годов
Перемирие продержалось всего 100 дней. 19 апреля 1995 г. «тигры» прервали его, предприняв ряд атак на правительственные силы. В ответ армия предприняла масштабное наступление на севере страны при широкой поддержке авиации. После семинедельной борьбы и высадки морского десанта 5 декабря 1995 г. правительственные силы установили контроль над полуостровом Джафна. В сентябре 1996 г. армия смогла овладеть другим центром повстанцев — городом Килиноччи. Однако наступление правительственных сил в мае 1997 г. на тогдашнюю фактическую столицу «тигров» Ванни провалилось, тем самым правительственным силам не удалось установить прочную наземную связь с завоеванной Джафной. При этом на самой Джафне под контролем ТОТИ остался город Чавакаччери, бесплодные попытки овладеть которым армия предпринимала до 2000 г., увязнув в позиционной борьбе. В свою очередь, в июле 1996 г. «тигры» захватили военный лагерь в Муллаитиву на северо-восточном побережье острова и убили около 800 захваченных в плен солдат. Все эти бои сопровождались массовыми жертвами среди мирного населения и исходом нескольких сотен тысяч беженцев (к 2000 г. количество перемещенных лиц на Шри-Ланке достигло миллиона).
Третья война ознаменовалась широким применением со стороны ТОТИ управляемых смертниками взрывающихся катеров против кораблей ВМС Шри-Ланки, а также началом использования повстанцами переносных зенитных ракетных комплексов. Одновременно в 1996—1998 гг. боевики ТОТИ совершили ряд терактов в ланкийских городах.
В марте 1999 г. ланкийская армия начала новое наступление на Ванни, но добилась только частных успехов. В ходе длительных боев в джунглях правительственные силы были измотаны и обескровлены. В ноябре 1999 г. силы ТОТИ предприняли неожиданное и стремительное контрнаступление, быстро восстановив контроль над территориями вокруг Ванни, осадив Килиноччи и начав продвижение к Элефант Пассу и Джафне. Для захвата Элефант Пасса «тигры» 22 апреля 2000 г. совершили дерзкую десантную операцию, несмотря на преимущество ланкийского флота, высадив со своих плавсредств 1500 человек, которые нанесли удар во фланг обороняющимся. Элефант Пасс, контролирующий перешеек Джафна, пал, и более чем 30-тысячная группировка правительственной армии (примерно треть всех вооруженных сил страны) оказалась в полном окружении на полуострове Джафна. В довершение в декабре 1999 г. смертник «тигров» совершил покушение на президента Чандрико Кумаратунга, чудом уцелевшую.
Перед лицом очевидных неудач в феврале 2000 г. ланкийское правительство обратилось к Норвегии с просьбой выступить посредником в переговорах с ТОТИ. Вялые переговоры начались, но не имели особого успеха, а к июлю 2000 г. армия Шри-Ланки в ходе контрнаступления вновь смогла установить связь по суше с блокированными на полуострове войсками. Однако все дальнейшие попытки развить успех натыкались на ожесточенное сопротивление отрядов ТОТИ. Наступила оперативная пауза, и в декабре 2000 г. ТОТИ, явно нуждаясь в передышке, объявили одностороннее перемирие, которое было принято Коломбо.
24 апреля 2001 г. «тигры» прервали прекращение огня и начали атаки на правительственные силы на перешейке. На следующий день армия, в свою очередь, предприняла наступление с целью расширения коридора на Джафну. Столкновения ужесточались, и 2 июля 2001 г. правительство Шри-Ланки заявило, что полномасштабная война является «единственным средством решения проблемы сепаратизма», после чего отдало приказ о массированных бомбардировках контролируемых повстанцами территорий. В ответ в ночь на 24 июля группа смертников ТОТИ совершила успешное нападение на главную авиабазу ВВС Шри-Ланки Катунаяке и примыкающий к ней международный аэропорт Коломбо, уничтожив 12 самолетов и вертолетов. В конечном счете к концу 2001 г. ни одна из сторон не смогла добиться преимущества на поле боя.
Тем временем произошли события 11 сентября 2001 г. в США, после которых терроризм окончательно «вышел из моды». ТОТИ в свете новой международной обстановки согласились на переговоры при норвежском посредничестве и 19 декабря объявили новое прекращение огня. 22 февраля 2002 г. стороны подписали меморандум о взаимопонимании, продлевающий перемирие и открывший дорогу к широким переговорам, начатым в сентябре 2002 г. в Таиланде и продолженным в столицах Западной Европы. При этом ТОТИ впервые сняли свое требование создания независимого государства, согласившись на принципы решения на основе федерализма. Казалось, что забрезжила надежда на окончательное прекращение долголетнего конфликта.