Двойственное отношение к участникам погромов проявилось в ходе полицейского дознания и судебного следствия. Характерно, что в архиве департамента полиции дела о погромах фигурировали под следующим названием «Об антиеврейских беспорядках и проявляемых евреями насилиях к христианам по такой-то губернии». Масштаб и жестокость преступлений, совершенных во время погромов, не позволили предать их забвению. В Одессу и в Киев, где погромы приобрели особый размах, были направлены сенаторские комиссии. В Одессе расследование вел сенатор А.М. Кузмин-ский, в Киеве — сенатор Е.О. Турау. Доклады сенаторских комиссий были опубликованы и до сих пор являются ценным источником для историков и предметом яростных споров для публицистов.
Большинство погромщиков были привлечены к ответственности по статье 269 п. 1 Уложения о наказаниях, предусматривавшей ответственность за участие в толпе, которая учинила насилие над личностью и похищение либо истребление имущества. Показательно, что данная статья была включена в Уложение о наказаниях после погромов в начале 80-х гг. XIX в. Впоследствии указанная статья широко применялась для участников аграрных волнений. По точному смыслу статьи привлечению к ответственности подлежали все участники толпы. Но поскольку в погромы были вовлечены тысячи людей, то под суд отдали только зачинщиков и предводителей.
Состоялось по меньшей мере 205 судебных процессов по погромным делам. Обвиняемые предстали пред судами с участием сословных представителей. Этот вид суда был выделен для особых категорий преступлений, к каковым относились дела о государственных преступлениях, преступлениях по должности и т.п. В состав суда к трем профессиональным судьям присоединялись четыре сословных представителя: губернский и уездный предводители дворянства (или их представители), городской голова и волостной старшина, имевшие те же права при вынесении приговора, какие имели судьи. По сравнению с судом присяжных заседателей суд сословных представителей считался более консервативным. С другой стороны, при массовом характере погромов сложно было бы подобрать беспристрастных присяжных заседателей, особенно в небольших городах.
Впрочем, вопросы о беспристрастности судей возникали и при суде с участием сословных представителей. Адвокат П.И. Корженевский вспоминал о суде над погромщиками в городе Сгародубе «Выяснилось, что погром был вызван речью городского головы, после которой толпа непосредственно бросилась громить. А этот городской голова сидел в составе этого же суда, а мы вынуждены были перед ним обвинять их... Обвиняемым дали чуть ли не арест на несколько дней и присудили с них гражданский иск, а у них не было даже штанов целых»342.
Консервативная печать указывала, что судят лишь несчастных бедняков, тогда как истинные виновники, вынудившие народ устроить погромы, ушли от ответственности. По поводу процесса над участниками погрома в Томске одна из местных газет вопрошала: «Обывателей в настоящее время волнует то обстоятельство, что всех ли виновных судят?.. Будут ли судить только тех, кто попался с шубой, с мешком муки, кожей и т.п., то есть, как говорится, хвосты, последствие злой воли других людей, преследовавших совсем иные цели, или же будут фигурировать на суде и главные виновники октябрьских событий, т.е. та группа людей (часть которой за четыре года до событий попала даже в заправилы городского общественного управления), которая, посредством устройства забастовок и бойкотов всех видов, закрытием торговли всех наименований, прекращением подвоза жизненных припасов, устройством митингов, топтанием в грязь святого Имени Царя и тд. — без конца — добивалась ниспровержения существующего государственного строя, устройства демократической республики, разных автономий»343.