В рамках СОИ в конце 1980-х годов исследовалась возможность наблюдения баллистической ракеты при помощи космического телескопа на той части траектории, когда двигатели уже выключены и увидеть можно лишь собственное тепловое излучение ракеты, приходящееся на ближний инфракрасный (ИК) диапазон. Исследование показало, что для решения этой задачи в космос достаточно вывести небольшой ИК-телескоп, с диаметром зеркала порядка 30 см. Если учесть, что ранее в подобных проектах рассматривались главным образом метровые зеркала, а стоимость запуска растёт с увеличением телескопа чуть не как диаметр зеркала в кубе (точнее, в степени 2,6), вывод оказался весьма привлекательным. Благодаря ему на свет появился проект обсерватории MSX (Midcourse Space eXperiment).
Создание обсерватории преследовало несколько целей, среди которых собственно обнаружение ракет оказалось, как ни странно, на втором месте. В большей степени её создателей интересовал вообще весь комплекс проблем, которые могут возникнуть при таких наблюдениях. В частности, важно было научиться не путать ракеты с естественными ИК-источниками. Поэтому значительное время было отдано наблюдениям инфракрасного излучения «посторонних» близких и далёких объектов, на фоне которых предстояло отлавливать ракеты. На обсерватории было установлено несколько приёмников излучения, в том числе видимого и ультрафиолетового диапазонов, но основным её инструментом стал инфракрасный телескоп SPIRIT-III с тридцатипятисантиметровым зеркалом, предназначенный для наблюдений в интервале длин волн от 6 до 26 микрон.
Инфракрасное небо к тому времени уже перестало быть абсолютной тайной: его первое картирование было проведено ещё в 1983 году при помощи гражданского телескопа IRAS, созданного совместными усилиями США, Великобритании и Нидерландов. Одним из итогов работы IRAS стал каталог точечных источников ИК-излучения, включающий в себя несколько сотен тысяч объектов. Однако военным целям этот каталог не соответствовал. Низкое угловое разрешение IRAS привело к тому, что многие источники (протозвёзды, далёкие галактики), с которыми можно было бы спутать баллистическую ракету, он просто не увидел.
Телескоп SPIRIT-III, в силу своего специфического предназначения, обладал более высокой чувствительностью, поскольку тело ракеты в ИК-диапазоне светит неярко, и более высоким угловым разрешением, позволявшим разделить собственно боеголовку и сбрасываемые с неё ложные цели. Эти характеристики, несмотря на военную мотивацию, делали MSX весьма привлекательным астрономическим инструментом. К чести военных будет сказано, что они с самого начала осознавали это и согласились передать результаты работы MSX в общее пользование. Так военный телескоп стал поставщиком астрофизических данных для всего мирового научного сообщества.
Обсерватория была запущена в космос 24 апреля 1996 года. Поскольку время работы SPIRIT-III было ограничено запасами охладителя, он пронаблюдал всего около 10 процентов неба, но это тоже был очень важный вклад, поскольку картировались в первую очередь либо участки, совсем не наблюдавшиеся на IRAS, либо наблюдавшиеся с недостаточным разрешением. В их число вошла зона в несколько градусов от плоскости Млечного Пути, а также избранные площадки вокруг внутригалактических областей звёздообразования и нескольких близких галактик (например, Туманности Андромеды). Помимо этого наблюдались (главным образом, в качестве побочного продукта) астероиды и кометы, в том числе удачно попавшие на время работы аппарата известные кометы конца XX века — Хиакутаке и Хейла-Боппа.
Как и IRAS, телескоп MSX оставил после себя обширный каталог около полумиллиона точечных объектов (для военных наблюдений интересны именно они). Но с астрофизической точки зрения одним из основных результатов работы обсерватории стало открытие нового вида галактических объектов — инфракрасных тёмных облаков. Точнее, открыты они были почти одновременно на MSX и на гражданской инфракрасной космической обсерватории ISO, но статистика MSX оказалась богаче, поскольку его наблюдениями была покрыта большая площадь неба.
Обычные тёмные облака, заполняющие галактический диск, видны на фоне Млечного Пути даже невооружённым взглядом. Они непрозрачны в видимом диапазоне, потому что входящая в их состав пыль блокирует излучение фоновых звёзд, создавая впечатление «дырок» на небе. Однако в инфракрасном диапазоне космические пылинки поглощают звёздный свет гораздо хуже, и потому при переходе к ИК-наблюдениям тёмные облака становятся прозрачными, то есть светлыми. Вот здесь можно сравнить два снимка одной и той же тёмной глобулы в видимом диапазоне (фоновые звёзды не видны) и на длине волны около 2 микрон (фоновые звёзды прекрасно просвечивают сквозь глобулу).