Потом была запущена новая стадия проекта: теперь пользователям предлагалось анализировать слияния галактик. С помощью апплета Java генерировалось множество анимаций того, каким образом объекты приняли своё нынешнее положение. Участнику же оставалось выбрать наиболее правдоподобное.
В рамках большого проекта Zoo Universe также осуществляется поиск сверхновых и обнаружение вспышек на Солнце (Solar Storm Watch). Все эти проекты достаточно популярны по одной причине: всё, что в них делает пользователь похоже на компьютерную игру с социальной составляющей — своими достижениями всегда можно похвастаться перед другими участниками и соревноваться за первенство.