Именно в это время началось проникновение буддизма в Китай. В конце периода Восточной Хань широкое распространение получил трактат «О концентрации мысли в покое» («Аньбань шоуи цзин»), переведенный буддистским переводчиком Ань Шигао, в котором говорится о четырех видах дыхания: «дыхание-ветер», «дыхание-ци», «нормальное дыхание», «придыхание». Для «дыхания-ветра» характерен легкий шум, для «дыхания-ци» — беззвучность, для «нормального дыхания» — вдохи и выдохи, ритмичность, для «придыхания» — поверхностность.
Эта классификация часто использовалась впоследствии в качестве руководства для упражнений на тренировку дыхания. Особый вклад в развитие цигун в этот период внес алхимик Вэй Бонн — автор трактата «Единение триады согласно „Чжоу и“» («Чжоу и цань тун ци»), В своей книге он, объединив существовавшие до него учения, впервые употребил понятие «возвращенной пилюли», или, как ее стали называть впоследствии, «золотой, или внутренней, пилюли», впервые применил опыт «искусства внешней пилюли» для «выплавления внутренней пилюли». До сих пор продолжаются споры о том, что является главным у Вэй Бояна — «искусство внешней пилюли» или «искусство внутренней пилюли». Но неоспоримо то, что его книга является одним из первых теоретических изложений основ алхимии, оказавшим большое влияние на ее последующее развитие. Относительно самого понятия «внутренняя пилюля» у древних имелись самые разные представления. В эпоху Тан считалось, что суть его заключалась в «зародышевом дыхании» и «ведении и привлечении ци». В эпоху Сун полагали, что главным содержанием теории о «внутренней пилюле» является «взаимосвязь сердца и почек, перемещение семенной ци, сохранение духа и задержка дыхания, удаление старого и накопление нового». Первая точка зрения представляется недостаточно законченной, вторая — слишком расплывчата. Если быть более точным, то понятие «внутренняя пилюля» истолковывается следующим образом. Люди путем специфических методов укрепления здоровья «взращивают и закаляют» свои «семя, ци и дух», в результате чего в организме происходят значительные изменения, приводящие к возникновению внутри человека некоего чудодейственного средства, по своим функциям напоминающего то, к чему стремились древние алхимики. Это средство способствует укреплению здоровья, лечению болезней, позволяет продлевать жизнь и повышать умственные способности. Труды Вэй Бояна довольно трудны для понимания простым человеком, так как его рассуждения насыщены терминологией «искусства внешней пилюли». Однако при тщательном их изучении можно обнаружить много ценного. В комментариях к трудам Вэй Бояна периода Цин говорится, что упоминаемые им понятия «осознание происхождения и развития жизни», «истинные и ложные инь и ян», «требования к совершенствованию», «порядок работы» не что иное, как современное понятие «степень совершенства», «устранение недостатков в мастерстве» — «закаливание», «стремительное поступление семени» — «сильный огонь», «постепенное поступление извне внутрь» — «слабый огонь», «инь и ян, сильные и слабые в одинаковой силе» — «зарождение пилюли», «соединение инь и ян, переплавка сильного и слабого» — «приготовление пилюли», «переплавление духа без звука и запаха» — «готовность пилюли». Хотя эти комментарии не совсем совершенны, тем не менее они сыграли большую роль в последующем развитии цигун, и в частности «искусства внутренней пилюли».
В середине периода Восточной Хань основной установкой даосизма становится принцип «следовать небу и земле, инь и ян», который был зафиксирован в первом каноническом даосском документе «Тайпин цзин». Хотя его содержание не свободно от заблуждений и ложных теорий того времени, многие разделы этого документа представляют собой стройное изложение некоторых теоретических положений и методов цигун. В книге говорится: «Небо, земля и человек объединены изначальной ци. Каждое же из трех имеет самостоятельную основу»; «[Существует] ци неба, ци земли, ци человека. Ци наполнено и все сущее»; «Если человек обладает ци, значит, он обладает духом; если у человека есть дух, значит, у него есть ци; если человека покидает дух, то иссякает и ци; отсутствие ци означает отсутствие духа; следовательно, отсутствие духа — смерть, отсутствие ци — тоже смерть». В каноне выдвигается тезис о неразрывном единстве «духа» и «мысли», «ци» и «дыхания» и их тесной связи с жизнедеятельностью. Кроме того, в нем упоминается целый ряд методов и приемов, таких, как «внутреннее созерцание», «сохранение тепла», «овладение дыханием», «сосредоточение», описываются световые эффекты, ощущения телесного блаженства после погружения в состояние «высшего покоя» во время занятий цигун. Все это свидетельствует о том, что развитие цигун в тот период достигло достаточно высокого уровня.