Вторая группа причин кризиса цивилизации майя классического периода связывает коллапс с бесконечными войнами и/или внешним вторжением. Войны в Мезоамерике во многом носили элитный и ритуальный характер. Однако с ростом численности аристократии и усилением конкуренции внутри высших слоёв знати частота и масштабы военных конфликтов неуклонно нарастали. Это можно чётко отследить по текстам из южных низменностей. Вероятно, постоянные нападения привели к опустошению больших территорий. В городах южных низменностей найдены укрепления, построенные из блоков, взятых из разобранных стен дворцов и храмов. То есть для самосохранения отчаявшиеся люди решились посягнуть даже на священные почитаемые сооружения. То же самое имело место и на полуострове Юкатан. В городе Эк-Балам обнаружено кольцо стен, возведённое на территории центральных площадей. В отличие от основных городских укреплений, оно было построено на скорую руку из камней, взятых из других зданий.
Если внутренние столкновения между царями майя могли только пошатнуть, но не уничтожить цивилизацию, то внешнее вторжение на истерзанную войной землю, возможно, довершило катастрофу. В IX–X веках в некоторых регионах майя происходит смена типа керамики, появляются новые иконографические черты на монументах, в частности, изображения людей с необычными для майя причёсками и в нехарактерных для региона костюмах. В надписях имеются упоминания о пришествии чужеземного кало’мте и имена правителей немайяского происхождения. Однако чётких признаков масштабного иноземного влияния не получено. Даже популярная некогда теория о тольтекском завоевании Чичен-Ицы или Майяпана в настоящее время подвергается сомнению. Однако возможно, что некоторые иноземные отряды смогли вмешаться в войны царей майя, извлечь для себя выгоду и закрепиться на новых землях.
По мере появления новых научных данных всё более ясным становится, что кризис цивилизации классического периода не может быть объяснён какой-то одной причиной. Скорее всего, имело место сочетание целого ряда роковых факторов. Причём в разных частях мира майя коллапс наступил в разное время, он имел разную скорость и глубину. Очевидно, что на полуострове Юкатан губительные процессы сказались гораздо позже, а последствия были не такими катастрофическими, как в южных районах. Относительно лучшая сохранность цивилизации северного региона майя представляет собой дополнительную загадку периода кризиса. Именно сюда сместился центр культуры, и здесь он сохранялся вплоть до самого прибытия испанцев. Возможно, на север бежали многие выходцы из опустошённых южных земель.
Постклассический период в Мезоамерике характеризуется глобализацией. Многие культуры приобретают сходные черты искусства, иконографии, архитектуры. Отмечается резкий всплеск почитания чужих богов. Ещё во второй половине X века в разгар засухи в Ушмале пошатнулась вера в собственного бога дождя Чаахка и появились изображения центральномексиканского Тлалока. В постклассический период владыки майя перестают использовать слово «к’ухуль» (священный) в своём титуле, их портреты отныне не украшают стелы. В то же время появилось развитое жречество. Функции общения с богами сместились от владыки к специальному сословию. Хоть в ряде царств сохранился титул «ахав», во многих городах правитель стал именоваться «халач виник», что в перевод означало не «священный владыка», а «настоящий человек». То есть в самом термине майя ушли от сферы божественного к реальному человеческому обществу. Возможно, именно потому, что цари перестали быть священными, прекратилось строительство гигантских дворцов и высоких пирамид, требующее огромных усилий и ресурсов.
Должность халач виника была наследственной и переходила от отца к сыну. Правитель ведал всеми внутренними и внешними делами своего государства, в том числе и культовыми, он был главнокомандующим войсками. При нем имелось несколько сановников, отвечавших за различные стороны жизни государства: кальвак, ведавший данью с подчиненных городов и селений, верховный жрец, военачальник и другие. Во главе подвластных городов и селений стояли батабы. Они также передавали власть по наследству, хотя, по мнению некоторых учёных, изначально должность была выборной. В случае малолетства сына власть временно передавалась или его дяде с материнской стороны, или, по выбору халач виника, какому-нибудь лицу из местной знати. Вероятно, своеобразным пережитком прежней выборности батабов был обычай, согласно которому все они через каждые 20 лет должны были являться к своему халач винику, где им устраивался своеобразный экзамен, который должен был доказать их права на власть. Необходимые для этого познания, по-видимому, включали мифологию, обычное право и историю своего рода, передававшиеся изустно от отца к сыну. Кроме того, испытуемые должны были знать какой-то тайный язык (по предположению некоторых исследователей – тольтекский). Многие из задаваемых вопросов представляли собой замысловатые загадки; например, халач виник требовал, чтобы испытуемый принес ему солнце, на котором сидит зеленый ягуар и пьет кровь. Знавший ответ подносил правителю яичницу с зеленым перцем. Ко времени испанского завоевания эти испытания уже представляли собой чистую формальность.