Pētot šī veidojuma plānojumu, 1988. gadā ievērojamu atklājumu izdarīja profesors Jonatans Mizrahi no Hārvarda universitātes Antropoloģijas semināra un profesors Entonijs Aveni no Kolgeitas universitātes. Abi zinātnieki nedomāja, ka "milžu aplis" radies nejauši. Loku un apļu sistēma viņiem atgādināja megalītiskos akmens lokus Ziemeļeiropā, un, kaut arī Golānas nomadu tieša saistība ar Stounhendžas un Eivberi cēlājiem ir drīzāk neiespējama, Gilgala varētu būt pildījusi līdzīgas funkcijas.
Kopš neatminamiem laikiem no ieplakas starp Solsberi līdzenuma zaļajiem pakalniem Anglijas dienvidrietumos paceļas varenie, pelēkie ar sūnām apaugušie Stounhendžas maģiskā apļa akmeņi. Tie fascinējuši jau romiešus, kuru ceļi krustojās šajā vietā, kur tos apsargāja nocietināta nometne Seremā. Šeit ķeltu druīdi izpildīja savus rituālus, šeit netālu no Kamelotas, karaļa Artura pils, par kuru šodien liecina vairs tikai ar zemes vaļņiem aizsargātais pakalns pie Kedberi, dzīvoja gudrais Merlins, varbūt pēdējais svēto akmeņu sargātājs. Runā, ka viņš pats bijis kompleksa cēlājs, turklāt varenie akmeņi ar maģisku spēku palīdzību esot atgādāti no Īrijas, no "milžu deju laukuma". Taču saskaņā ar leģendu Merlins, kurš "sazinājās ar kokiem un runāja ar akmeņiem", šo celtni bija tikai mantojis. Jau tad tā bijusi ļoti veca, un tās sākotne esot meklējama laikā, kad dzimis visu burvju arhetips, pēdējais šamanis. Tolaik, kad dzelzs laikmetā britu salas iekaroja ķelti, par tās sen aizmirstajiem cēlājiem vēstīja vairs tikai mīti un leģendas. Šis veikums pārmaiņus tika pierakstīts milžiem, dieviem un burvjiem. Tajā laikā Stounhendža bija tik slavena, ka ziņas par to nonāca līdz pat Senajai Grieķijai.
Jau ap 300. gadu pirms Kristus Hekatejs no Abderas, viens no ievērojamākajiem Senās Grieķijas ģeogrāfiem, ziņoja par "savādu apaļas formas templi", kas "veltīts Saules dievam". Tas atrodoties uz kādas salas, "ne mazākas par Sicīliju, iepretim ķeltu zemei (Francijai) okeānā, kas apskalo tās krastus", ar ko nepārprotami domāta Britānija. Reizi 19 gados, raksta Hekatejs, "kad Saule un Mēness atkal ieņēma tādu pašu stāvokli", salu esot apmeklējis Apollons. Sengrieķu vēsturnieks Diodors no Sicīlijas turpina šo stāstu 1. gadsimtā pirms Kristus. Ari viņš raksta par "apļveida saules templi", kas paceļas "zaļajā Hiperborejas salā Ziemeļjūrā", ar ko atkal domāta Britānija. Viņš piemin ari Abarīdu, "Apollona augstāko priesteri", gudru burvi un savā ziņā Merlina priekšteci, kas dzīvoja Pitagora laikā (6. gs. pirms Kristus). Diodors apgalvo, ka kādu dienu burvis "uz savas zelta bultas" aizlidojis uz Dienviditāliju, lai personīgi tiktos ar lielo filozofu un matemātiķi.
Šodien mums zināms, ka Stounhendža tiešām bija "Saules templis", kas precīzi orientēts uz punktu, kur pirms 4000 gadiem vasaras saulgriežos lēca saule. Tāpat kā refajiešu Gilgalā, ari Stounhendžā centrālo "altārakmeni" apņēma četri apļi. Pirmo veidoja 19 "zilie akmeņi", kas bija izvietoti pakavveidā ar atvērumu pret ziemeļaustrumiem. Tiem sekoja pieci gigantiski "trilitoni" (trejakmeņi), neapšaubāmi visiespaidīgākā akmens krāvuma sastāvdaļa, un arī tie bija izvietoti pakavveidā. Tie atgādināja milzīgus akmens vārtus, un tos veidoja līdz pat astoņus metrus augsti un 50 tonnu smagi rupji apstrādāti bloki, no kuriem ik divi balstīja uz tiem šķērseniski novietotu ne mazāk masīvu akmeni. Trešo apli veidoja 38 milzīgi stāvus novietoti monolīti, katrs no tiem četrarpus metru augsts, kas balstīja no savstarpēji savienotiem akmens blokiem veidotu gredzenu 29,5 m diametrā.
Šodien mēs zinām, ka kompleksa lielākā daļa izveidota laika posmā no 2100. līdz 1500. gadam pirms Kristus. Turpmākajos gadsimtos "zilo akmeņu" izvietojumā izdarītas dažādas korekcijas.
Patiesībā Stounhendža ir vēl daudz vecāka. Fundamentāli pētījumi, ko svētajā vietā veica britu arheologi, parādīja, ka tas, ko mēs šodien redzam, ir tikai pēdējā no četrām fāzēm šī veidojuma vēsturē. Pirmā no tām datējama ar aptuveni 3100. gadu pirms Kristus, kas pamatā sakrīt ar laiku, kad radusies "refajiešu Gilgala". Šodien mēs zinām, ka toreiz tika izrakts grāvis un uzbērts pret ziemeļaustrumiem atvērts gre- dzenveidīgs valnis vairāk nekā 100 m diametrā. Vaļņa iekšpusē acīmredzot atradās pirmais akmens aplis, par ko šodien liecina vairs tikai 56 padziļinājumi, kas 17. gadsimtā nosaukti to atklājēja Džona Obrija vārdā. Ļoti iespējams, ka šajās vietās sākotnēji atradušies "zilie akmeņi", kas vēlāk pārvietoti uz iekšējo apli. Ja tie patiešām bijuši senākā kompleksa sastāvdaļa, to atrašanās šajā vietā ir jo pārsteidzošāka. Šodien zināms, ka "zilie akmeņi" iegūti akmeņlauztuvēs Priselli kalnājā Velsas dienvidrietumos, un tos no turienes nācies transportēt pa zemi un pa ūdeni vairāk nekā 400 km - neticami, ka to spējuši paveikt akmens laikmeta cilvēki, kas pirms 5000 gadiem it kā plānojuši Stounhendžu. Jau pirmajā fāzē kompleks bija orientēts uz ziemeļaustrumiem, atvērums vaļņa gredzenā pavēra skatienam uz neliela paaugstinājuma novietoto tā saukto "papēža akmeni", kas turpmāk ieņēma galveno pozīciju Stounhendžas veidojumā, kurš drīz tika papildināts ar diviem nelieliem stēlu pauguriem ziemeļrietumos un dienvidaustrumos.
Papēža akmens nozīme kļūst skaidra katram, kas 21. jūnija rītā pēc gada īsākās nakts nostājas akmeņu apļa centrā: tiklīdz aust rīts, vēl joprojām gandrīz precīzi virs monolīta lēnām paceļas saule. Grieķu rakstniekiem Hekatajam un Diodoram bija taisnība: Stounhendža tiešām bija milzīgs Saules templis.
Pēc ilggadējiem pētījumiem britu astronoms sers Normens Lokjers pirmais secināja, ka Stounhendža, tāpat kā virkne citu akmens apļu Britānijā, bija aizvēsturisks kalendārs, kas uzrādīja saules gaitu un saulgriežu punktus. Taču, lai cik arī pārliecinošs būtu Lokjera izskaidrojums un viņa modelis atbilstošs Stounhendžai, tajā nebija ņemti vērā visi citi marķējumi, kuriem nebija nekāda sakara ar saulgriežu punktiem. Tikai 1968. gadā zinātnieki iedomājās noskaidrot arī šos punktus. Pirmo impulsu deva astronoms amatieris Sesils A. Ņūhems, kurš savā grāmatā "Stounhendžas mīkla" (The Enigma of Stonehenge) nāca klajā ar teoriju, ka Stounhendža varētu būt bijusi arī Mēness observatorija. Zinātnieku aprindas uz Ņūhema teoriju reaģēja vispirms ar ironiskiem smiekliem, pēc tam ar uzpūtīgu augstprātību, līdz beidzot bija spiesti atzīt, ka kaut kas tiešām liecinot par labu šai teorijai. Jo abi "stēlu pauguri" ziemeļ-ziemeļrietumos un dienvid-dienvidaustrumos kopā ar saviem pretpoliem Obrija bedrēs tiešām veido četrstūri, ar kura palīdzību var noteikt četras "mēnesstāvju" pozīcijas 18,61 gadu ilgstošajā
Mēness ciklā. Tieši tam negribēja noticēt arheologi un astronomi, jo Mēness novērojumi ir daudzkārt sarežģītāki nekā Saules gada fiksēto punktu noteikšana. Mēness kustība ap Zemi un vienlaikus ap Sauli neatkārtojas katru gadu. Zemes dabiskais pavadonis riņķo ap zilo planētu nelielā slīpumā attiecībā pret Zemes orbītu ap centrālo spīdekli. Šis cikls bija zināms jau antīkajā pasaulē, ko apliecina Hekataja konstatējums, ka ik pēc 19 gadiem "Saule un Mēness atkal ieņem to pašu stāvokli". Viņš ziņo, ka šos notikumus Stoun- hendžā svinējuši kā "Saules dieva atpūšanos". Ja Hekatajam un Ņūhemam izrādītos taisnība, tas nozīmētu, ka komplicētie ekliptikas likumi bijuši zināmi jau akmens laikmeta cilvēkiem, kas pirms vairāk nekā 5000 gadiem izveidoja Stounhendžas pirmo apli.