Совместное правление дези и Далай-ламы было, собственно, задумано как система разделения сфер деятельности, что сопоставимо с современной конституционной монархией, при которой король является представителем власти, а премьер-министр правит страной. Соответственно, Сёнам Чёпел являлся ведущим политиком страны и при этом всегда совещался по важным вопросам с Далай-ламой. Эта система работала действительно хорошо до 1656 года — года смерти первого дези.
Его пост оставался сначала долгие годы вакантным, затем никто из преемников не задерживался на этом посту на сколь-либо долгий срок, и, таким образом, Далай-лама постепенно взял всю власть в свои руки.
Считается, что 5-й Далай-лама объединил Тибет и создал современную централизованную систему управления государством. Гелугпинскую крепость Лхаса он превратил в столицу и создал в ней правительственные учреждения. Во времена его правления в различных регионах Тибета, а также в больших монастырях были учреждены должности лояльных по отношению к центральному правительству администраторов, повсеместно была введена налоговая система, издан кодекс законов, содержащий в том числе и драконовские меры наказания. Был положен конец клановой борьбе за власть, чему в немалой степени способствовало применение силы. Далай-лама призвал знаменитого оракула старейшего монастыря Самье в монастырь Нечунг недалеко от Лхасы и назначил его оракулом государственного значения. В 1652 году он совершил короткий визит в западный Китай, где состоялась его встреча с новым императором этой страны.
Восхождение Панчен-ламы.
На времена 5-го Далай-ламы приходится также появление нового выдающегося тулку. К ближайшим ученикам Цонгкхапы в XV столетии причислялся некий Кхадруб Дже — он был назначен настоятелем монастыря Ганден. Его третьей реинкарнацией был Лобсанг Тенпей Гьялцен (1567–1662) — главный учитель 4-го и 5-го Далай-ламы. Из дружбы и уважения он назвал его Панчен Ринпоче — титул, происходящий от «Пандита Кьенпо», что указывает на учёность Лобсанг Тенпей Гьялцена. Его функция настоятеля в монастыре Ташилюнпо была унаследована всеми последующими реинкарнациями Панчен-ламы. В то время как Далай-лама по традиции считается эманацией Любящих Глаз, Панчен-лама представляет собой эманацию Будды Безграничного Света. Хотя Панчен-ламы выступали как в роли учителей, так и в качестве учеников Далай-лам, в духовном воспитании Далай-ламы всегда принимали участие и другие учителя. Нынешний Далай-лама, а также два его предшественника не имели подобных отношений с Панчен-ламами, потому что они оказывались примерно одного с ними возраста.
«Великий пятый» до сих пор пользуется большим уважением тибетцев, — оценка, с которой не все однозначно согласны, в особенности приверженцы старых школ буддизма, пострадавших при его правлении. С другой стороны, Лобсанг Гьямцо не хотел быть политиком, но всё-таки стал им по милости монголов (что справедливо, по крайней мере, для первых годов его правления). Сохранились свидетельства того, что невольная ответственность за весь Тибет превратила его в человека жёсткого и немногословного.
При этом нет сомнений в том, что 5-й Далай-лама обладал незаурядными способностями. Он владел обширными познаниями в буддийском учении, превосходно знал санскрит и написал много книг. Кроме того, он был экспертом в тибетской медицине, мистических танцах, а также занимался искусством. Он смог сделать имя и как архитектор: реконструкция Ташилюнпо, расширение медицинского монастыря на холме Чакпори в Лхасе, а также десятилетиями длившееся возведение дворца Потала, до сих пор остающегося самым большим зданием в мире, — всё это творения Далай-ламы.
5-й Далай-лама умер в 1682 году, и его смерть долгие годы скрывалась — народу было объявлено, что он находится в медитационном отшельничестве. На случай появления в Лхасе высоких гостей, когда невозможно избежать аудиенции, имелся его двойник — монах, обладавший большим сходством с прежним главой государства. Лишь когда монголы высказали своё подозрение, и уже невозможно было скрывать истинное положение дел, регент Сангье Гьямцо официально объявил о кончине Далай-ламы. Каковы были мотивы этой многолетней игры в прятки? Утверждается, что рабочие, принимавшие участие в строительстве Поталы, делали это в первую очередь из любви к Далай-ламе: если бы смерть Лобсанга Гьямцо стала известна раньше, они скоро свернули бы работу, и дворец остался бы незавершённым. Но более убедительное объяснение даёт внешнеполитическая ситуация: у 5-го Далай-ламы были хорошие отношения как с монголами, так и с Китаем (набиравшим в то время мощь). Авторитет 5-го Далай-ламы выполнял защитную функцию, и неизвестно было, как стали бы относиться соседи к независимости Тибета после его смерти.